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标题:【讨论帖】（表观）遗传学/转化医学

yhz1973[使用道具]
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发表于 2015-7-7 16:57 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【讨论帖】（表观）遗传学/转化医学


相关疾病：
46XX性发育睾丸疾病
开版专题前言：
鄙好为人师，曾在“核酸版”开版了“表观组学(epigenomics)的实验技术交流”一贴，其中大都涉及技术方面，但涉及理论方面欠系统，后来兴趣一度陷入miRNA启动子甲基化及其启动子转录因子调控的方面，偶有些发现，但是由于种种原因又没能深入工作，故每日在DXY寻找些寄托得以延续残生。
学能与时俱进，斯是兴事，故附“转化医学（Translational Medicine)", 终身希望遗传学能够服务于人类健康。
受版主之邀，开辟此专题（表观）遗传学/转化医学，筑梧桐以引才子佳人，发扬互组的精神，为epigenetics和Translational Medicine在本土的研究献出自己的微薄之力；
附上之前的工作链接：
cuturl('http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=64&id=8146022&sty=1&tpg=1&age=0')
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zhy平平[使用道具]
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发表于 2015-7-7 16:58 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我是第一次接触转化医学（Translational Medicine)这个名词，极为新鲜。网上搜索一下，得到许多相关信息。 下面引用2008国际药物临床研究与转化医学研讨会会议通知其中的一部分
转化医学（Translational Medicine）或称转化研究（Translational Research），是近两三年来国际医学领域出现的崭新概念，是基因组学和生物信息学革命的产物，常被作为“分子医学”和“个体化用药”的代名词，被称为“从实验台到病床”（BtoB—Bench to Bedside）的一种连续过程。转化医学的核心就是在从事基础科学的研究者和了解病人需求的医生之间建立起有效联系，尤为关注如何将基础生物医学研究向最有效和最合适的疾病诊断、治疗和预防模式转化这一过程。主要目的是为了打破基础医学与药物研发、临床医学之间固有的屏障，弥补基础实验与临床应用间的鸿沟,在其间建立起直接联系。通过实践多学科交叉，把实验室基础研究成果快速转化为临床实践，从而为新药开发和新治疗方法研究开辟一条具有革命性意义的新途径。目前，转化医学正在向发挥双通道效应方向发展：从实验台到临床，再从临床到实验台，以此良性循环。
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yhz1973[使用道具]
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发表于 2015-7-7 17:06 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

偷懒了！
通过母亲血液可检出胎儿唐氏综合症
cuturl('http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=116&id=12909207&sty=1&tpg=1&age=0')
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发表于 2015-7-7 17:06 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
“DNA甲基化与基因沉默密切相关。然而，甲基化并非基因沉默的原因而是基因沉默的结果。”“启动子区CpG甲基化可直接导致相关基因的表观遗传学基因沉默。”您对此有何看法? 谢谢！
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shkudo[使用道具]
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发表于 2015-7-7 17:06 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
DNA的修饰一般认为是转录前调控机制，所以，大家一般说“。”启动子区CpG甲基化可直接导致相关基因的表观遗传学基因沉默”，但是，作为网络，有的基因沉默，也可导致下游或上游基因启动子区域甲基化的情况，所以“甲基化并非基因沉默的原因而是基因沉默的结果”，因此，这是个很难有定论的议题。你认为呢？
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发表于 2015-7-7 17:07 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

是呀,任何事都不能仅仅割裂来看，表观遗传调控错综复杂，调控信息网络化，而信息表达和传递之间又是交叉组合和相互调节。非常感谢您的答疑。
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remonte[使用道具]
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发表于 2015-7-7 17:07 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
表观遗传学现在似乎很热，我博士三年基本都是在做DNA 甲基化，总体感觉很难发较好的文章，我个人觉得这方面研究的最大限制就是研究手段，不能特异敲除掉某个特定基因调控区的甲基化，就像做基因敲除一样，而同时不影响其它基因的表观修饰状态，因此研究结果难以令人信服。通常都会用叠氮化纳去抑制甲基化来做，而这种抑制作用是global的，不是gene specific。所以我在答辩时，那些委员会长老们劈头盖脸的问，“DNA甲基化变了，基因表达变了，你就能说DNA甲基化的变化导致了基因表达的改变？”，不能，因为叠氮化纳也许也改变了组蛋白修饰，染色体结构等等，很难得出可靠结论。
所以很多人不得不把含CpG的序列拿出来，装到报告载体上，再做体外甲基化验证。送稿时人家又让你做体内实验，是啊，体内和体外环境肯定不一样啊，体外的结论不一定适于体内，没法做，只能退而求其次。所以我觉得做DNA甲基化实验可作为大实验中的一个小实验，只做DNA甲基化和基因表达，文章的点数会很低。
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yhz1973[使用道具]
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 小中大

相关疾病：
自闭症
看法很深刻，这里从实验角度再探讨一下”甲基化“和”基因表达“关系的研究。
单纯的用去甲基化试剂（如5-AZA）和/或组蛋白抑制剂，都是整体水平的作用而非gene-specific，所以，我认为实验可以这样来设计，（以5-aza为例）
1、药处理前后的表达谱的变化；
2、药处理前后甲基化谱的变化；
结合1，2的结果，a)找出去甲基化后基因上调的一类基因；b)找出去甲基化后基因下调的一类基因；对于a）类情况，可能得出：启动子甲基化后基因表达下调；对于b）类情况，启动子甲基化不是基因沉默的原因；
在这个基础上，可继续做一些深入研究，比如，你找到一个抑癌基因的启动子区域甲基化后，其下调明显！那么可以到正常的临床标本中去核对这个基因，如果其启动子没有甲基化，那么就直接证明了甲基化导致了基因沉默的结论；
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kulee[使用道具]
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发表于 2015-7-7 17:13 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
目前看来可能是比较好的方法了。
最近中南大学在BMC molecular biology 发了篇甲基化的论文，所用的方法可以说是目前做甲基化的经典，该杂志IF 在3.3左右。感兴趣可看看
cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18976507?ordinalpos=5&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Pubmed.Pubmed_ResultsPanel.Pubmed_DefaultReportPanel.Pubmed_RVDocSum')
BMC Mol Biol. 2008 Nov 3;9(1):99. [Epub ahead of print]
Promoter Hypermethylation-mediated Inactivation of LRRC4 in Gliomas.Zhang Z, Li D, Wu M, Xiang B, Wang L, Zhou M, Chen P, Li X, Shen S, Li G.
PMID: 18976507 [PubMed - as supplied by publisher]
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zhy平平[使用道具]
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发表于 2015-7-7 17:14 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

应该没有问题，那几个大峰是蓝色的，ATGC都不是蓝色，并没有影响你的测序结果。
你也可以咨询一下测序公司问问是怎么回事？一般来说是没有的。可能是试剂不太好，出现的杂乱信号。
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