热分析 » 讨论区 » 经验共享 » 【求助】测OD值时,温度下降会不会造成DNA复性影响测量结果

采购询价

点击提交代表您同意 《用户服务协议》 《隐私政策》

 
需要登录并加入本群才可以回复和发新贴

标题:【求助】测OD值时,温度下降会不会造成DNA复性影响测量结果

rrra6[使用道具]
一星
Rank: 6Rank: 6


UID 129717
精华 0
积分 3070
帖子 1780
信誉分 100
可用分 10395
专家分 0
阅读权限 255
注册 2014-12-17
状态 离线
1
 

【求助】测OD值时,温度下降会不会造成DNA复性影响测量结果

如何用熔点法测定G+C mol%含量?所用的DNA是总DNA还是16s rDNA?
每一温度处理多少时间?用普通的紫外可见分光光度计没可以吗?
测OD值时,温度下降会不会造成DNA复性影响测量结果?
有没有具体的操作步骤?
顶部
wwwh[使用道具]
一星
Rank: 6Rank: 6


UID 128411
精华 0
积分 3084
帖子 1727
信誉分 100
可用分 10252
专家分 0
阅读权限 255
注册 2014-11-1
状态 离线
2
 

【回复】

Marmur, J. & Doty, P. (1962). Determination of the base composition of deoxyribonucleic acid from its thermal denaturation temperature. J Mol Biol 5, 109-118.
一般可以用热变性发测定,也可以用HPLC测定,得自己好好看下书。
顶部
妮子@[使用道具]
五级
Rank: 5Rank: 5


UID 128300
精华 0
积分 2457
帖子 1334
信誉分 100
可用分 8201
专家分 0
阅读权限 255
注册 2014-10-29
状态 离线
3
 

【回复】

熔点法应该就是热变性温度测定法(Tm法)吧。
1. 所用DNA是基因组DNA,且无RNA污染,用紫外分光光度法测定纯度,天然DNA在260、230、280nm处的比值为:OD230:260:280=0.454:1:0.515,并结合琼脂糖凝胶电泳检测。DNA含量测定使用紫外分光光度法。
2.按照每分钟升温1℃的速度设置升温程序即可。
3.普通的紫外分光光度计没有加热系统测不了,现在有专门测G+Cmol%的仪器,比普通的紫外分光光度计多了加热系统和温度记录系统,可以设置升温程序。
4.测OD值时,温度下降,如果是在低温还没有开始解链的过程,是不会造成DNA复性的;如果已经开始解链,温度下降肯定会造成DNA复性,肯定会影响测量结果。
5.具体步骤(这《微生物学实验技术》上的,可行):
顶部
女儿情[使用道具]
五级
Rank: 5Rank: 5


UID 131730
精华 0
积分 1740
帖子 919
信誉分 100
可用分 5956
专家分 0
阅读权限 255
注册 2015-2-4
状态 离线
4
 

【回复】

)DNA提取 参照地衣芽胞杆菌染色体DNA提取方法,提取普通变形杆菌和E.coli K-12的DNA,并分别用0.1×SSC溶液溶解并稀释,使测定用DNA的最终浓度为A260nm=0.15~0.30,纯度为A260:A280:A230≥1:0.515:0.450。
(2)将带测菌株普通变形杆菌DNA的参比菌株E.coli K-12的DNA分别装入两只石英比色杯中,塞好带有晶体管点温度计热敏电阻探头的塞子,另一带塞子的石英比色杯装入0.1×SSC作空白对照。
顶部
蓝色雨梦[使用道具]
五级
Rank: 5Rank: 5


UID 128278
精华 0
积分 2012
帖子 1064
信誉分 100
可用分 6513
专家分 0
阅读权限 255
注册 2014-10-28
状态 离线
5
 

【回复】

比色杯放入分光光度计的带有加热装置的比色架内,固定波长在260nm。
(4)迅速将比色杯内的温度上升到50℃左右,取出比色杯检查有无气泡,如有气泡用手指轻弹除去。
(5)设置测定程序 按照每分钟升温1℃的速度设置升温程序,具体的设置方法按仪器使用说明进行。
(6)测定终点判断 从50℃开始继续加热,同时记录变性曲线,当温度增加到A260吸收不再增加时即为测定终点。
(7)GC含量计算
在0.1×SSC溶液中,G+C mol%的计算公式为:
G+C mol%=51.2+2.08×(Tm(X)- Tm(R))
其中Tm(X)为待测菌Tm值,Tm(R)为E.coli K-12的的Tm值
顶部
跳跳哈里[使用道具]
五级
Rank: 5Rank: 5


UID 128275
精华 0
积分 1920
帖子 999
信誉分 100
可用分 6341
专家分 0
阅读权限 255
注册 2014-10-28
状态 离线
6
 

【回复】

现在正在做一个菌种鉴定的项目,需要检测G+C含量。
请问北京地区什么地方可以做DNA G+C含量测定或者碱基含量测定?
顶部
p1900[使用道具]
一星
Rank: 6Rank: 6


UID 129716
精华 0
积分 3273
帖子 1925
信誉分 100
可用分 11045
专家分 0
阅读权限 255
注册 2014-12-17
状态 离线
7
 

【回复】

中科院微生物所就可以
顶部
jishiben[使用道具]
一星
Rank: 6Rank: 6


UID 129862
精华 0
积分 3162
帖子 1864
信誉分 100
可用分 10818
专家分 0
阅读权限 255
注册 2014-12-22
状态 离线
8
 

【回复】

所有菌种保存中心都可以,微生物所;工业微生物中心;农业微生物保存中心等等
顶部
双子座[使用道具]
五级
Rank: 5Rank: 5


UID 128418
精华 0
积分 2482
帖子 1323
信誉分 100
可用分 8147
专家分 0
阅读权限 255
注册 2014-11-1
状态 离线
9
 

【回复】

中科院微生物所,中国农业科学院资源与规划所,中国农大微生物系陈文新院士课题组。这几处都做菌种鉴定,有这方面仪器。
顶部
yuanyuan[使用道具]
一星
Rank: 6Rank: 6


UID 128419
精华 0
积分 3587
帖子 2093
信誉分 100
可用分 12003
专家分 0
阅读权限 255
注册 2014-11-1
状态 离线
10
 

【回复】

中科院可以,我的就是委托那里做的
顶部