小中大BSP结果不是纯不纯的问题，也不是修饰完全不完全的问题，而是在不同的时间和阶段细胞的甲基化程度是不同的，存在着随机性，即使是同一个位点，在不同的细胞的DNA双链上甲基化也不是相同的，它有一个频率的问题。所以BSP扩增出来的产物是特异性条带，是不错的，在电泳胶上能看到一条特异性条带，但是这是一个包含了不同位点甲基化的总体片段，是一个pool。所以不能将BSP产物直接去测序，而是应该将其插入T载体中，分别挑取6~10个clones进行测序，这样可以算出一个频率，反映某个位点的甲基化程度。
当然，假如你的基因是全部甲基化或非甲基化，那么BSP的产物就是纯的，不存在半甲基化的问题，可以用产物直接测序。不过，重亚硫酸盐修饰后的模板，因为碱基序列变得单一而增加了测序的难度，有时需要重复挑克隆才能测序成功，可以要求公司多测几次，正向不行，用反向测，多试几次，还是可以测得通的。我的感觉是BSP可能还比较顺利，但是测序是比较困难的。BSP一个周期是3~4天，得到真阳性克隆，但是测序可能得一周才能有结果，多数还需要我再挑克隆，和公司交流多次才能拿到序列。
