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标题:我认为最好的在线引物设计软件 [转自 丁香园论坛]

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我认为最好的在线引物设计软件 [转自 丁香园论坛]

我认为最好的在线引物设计软件 [转自 丁香园论坛]


看到版上经常还是有许多战友为引物的设计感到头疼。不过这也难怪,虽然原理我们都知道,但是设计的时候却未必能都考虑的很完全。
在这里我向大家隆重推荐一个在线的引物设计软件,是斯坦福大学的,我认为是最好的在线引物设计软件,我用它设计接近100多对引物,可以说是屡试不爽。它用起来也很简单,最重要的是效果非常好,考虑的因素也非常的多。
先不说那么多了:网址:cuturl('http://seq.yeastgenome.org/cgi-bin/web-primer')
下面我继续图示。
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首先输入你想要p的片断,含有数字也无所谓,选择pcr选项。


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点击“submit”进入下面的页面。
其中在Select YES to Amplify a region with EXACT endpoints of the DNA sequence entered NO YES这一项中,一定要选择yes,其他的各项目,大家可以点击查看说明,也都是非常的好理解。暂时,我们先不要改软件自设的默认值,直接submit


[ 本帖最后由 小鼹鼠 于 2011-8-13 16:42 编辑 ]


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然后我们就得到了结果,它会把所有可能的引物都会列出来,而且会把最好的一对帮你挑选出来,of course,我们要选择最好的。


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然后点击“This is the BEST pair of primers”就得到了设计好的引物。而且也会显示出“The sequence of DNA that will be amplified by these primers is ”如果你不放心,你可以将该序列和你的原始序列比较一下,不会有问题的了。


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然这是最顺利的情况,但是有时并不是这么简单,例如我前两天帮一个战友设计引物,他想要的序列:
atcgat cagattatca aataatatac caaaattgat acatatgata catatgaatg
721 atatatgttt tggatatatt atttgttaaa attaattcat caggtgatga tgtgatgata
781 atcattgaaa aatgacaaaa atcccctgat taagtataat aaaaatagta agtaaaaaag
841 gcaaattttt acttacaaaa tattacatat tggaataaat aatttaatct ttcatatata
901 taactgtgat acatcataaa tatatatata gcaaaagaaa gatataaatt attatcattt
961 tttttgatca ttattgctat aattattatc ctgcttgttt aactataata atagcaatga
1021 atgaatcaaa atttaaatga tacgttaaaa tccaaccaat atgttataaa ttttctttca
1081 ttt
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我们直接提交得出的结果:


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这样的话,按照默认的设的值并不能得到合适的引物,很明显如果让我们自己人工设,可能就不会考虑这么的详细:首先第一个问题,GC含量太低。


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为了重新设计,我们点击浏览器上的后退,回到前一页,也就是默认值的设定这一页。


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可是我的基因出来的是这种结果怎么办?
Primers for PCR

There were 1 forward primers in the valid range for GC content.
There were 4 reverse primers in the valid range for GC content.
There were 1 forward primers in the valid range for melting temperature.
There were 0 reverse primers in the valid range for melting temperature.

ERROR
The Tm range was too stringent, no primers were found in that range
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