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标题:real-time PCR引物设计— LOX-1基因五对引物全部失败

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real-time PCR引物设计— LOX-1基因五对引物全部失败

real-time PCR引物设计— LOX-1基因五对引物全部失败,请求高手指点~[转自 丁香园论坛]



我打算做实时定量PCR(sybr green),以人cDNA为模板,检测人LOX-1基因,先后设计了五对引物(上海生工合成),无一成功。请各位战友帮我看看设计的引物为什么不好使呢?犯了原则性的错误还是怎样的啊?请大家帮帮我,帮我度过这坎。。。以下电泳图是跑普通PCR后的结果、摸索的条件、以及设计的五对引物


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(从左至右 第1泳道Maker 100 200 300 400 500 600 ,第2-4泳道 LOX-1(第一对引物)三个复孔 193bp,曾尝试摸索54-62度退火温度、0.1-0.5umol引物浓度、从低到高的模板浓度、增减MasterMix量、均存在拖尾现象,第5泳道 阴性对照(加入MasterMix、水、引物,未加模板),条带上方隐约可见多条杂带,但加入模板、MasterMix、水、引物,扩增后其上方大于600bp处未见模糊条带,阴性对照条带上方隐约可见多条杂带一直伴随摸索条件的整个实验过程。对于第五泳道阴性对照,做其它的基因,其上方大于600bp处未见类似模糊条带,排除模板、MasterMix问题,引物不纯??其现象很难解释,困惑中。第6-8泳道 LOX-1(第二对引物)三个复孔 144bp,条带杂乱无章,放弃此引物,未摸索条件,第9泳道阴性对照(未加模板)仍出现单一条带。引物二聚体??第10-12泳道LOX-1(第三对引物)三个复孔 230bp,条带杂乱无章,放弃此引物,未摸索条件,第13泳道阴性对照(未加模板)仍出现单一条带。引物二聚体??第14-16泳道另一基因,只出现二聚体。第四对电泳条带像MAKER(未显示图片) ,第五对有引物二聚体,及杂乱无章的非特异性条带无目的条带(未显示图片)。

下图为另一基因的电泳图(所用模板和MasterMix均与上面LOX-1基因引物摸索条件的试剂相同,能不能说明模板和MasterMix都没问题,只是引物的问题)


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LOX-1 引物设计 primer 5.0
LOX-1 第一对引物(跨内含子)
产物长度 193bp
forward primer, 20bp 5-TTACTCTCCATGGTGGTGCC-3
reverse primer, 20bp 5-AGCTTCTTCTGCTTGTTGCC-3


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上游引物


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下游引物

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Oligo 6.0 验证

上下游引物在pubmed中blast的比对


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LOX-1第二对引物
产物长度144 (跨内含子)
F 21bp 5' GGGTCCTTTGCCTGGGATTAG 3'
R 19bp 5' CTTGTTGCCGGGCTGAGAT 3'


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LOX-1第三对引物 (产物长度230)跨内含子
F 19bp 5' CCTGGCTGCTGCGACTCTA 3'
R 19bp 5' GCTTCCGAGCAAGGGTTTC 3'



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LOX-1第四对引物


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LOX-1第五对引物147bp(跨内含子)
S TTGCCTGGGATTAGTAGTGAC
A GCTTCTTCTGCTTGTTGCC


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