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标题:看看我奇怪的酶切图 [转自 丁香园论坛]

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看看我奇怪的酶切图 [转自 丁香园论坛]

看看我奇怪的酶切图 [转自 丁香园论坛]

图中第三泳道是只加了内切酶和酶切缓冲液,其他是DNA的酶切图。

高手帮忙啊!有谁碰到过这种情况?我后面又作了PAGE,发现只要是加了酶切缓冲液的泳道都出现图中的那条很宽的带,而只加内切酶不加酶切缓冲液的泳道在相同位置只是颜色稍显黑色。

我开始怀疑是内切酶和酶切缓冲液的问题,可后来新买的试剂依然是这样。现在我怀疑是胶染色过程中出现了什么问题,烦请高人指点!给我提供一个银染的方案。在此先谢谢了。


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2011-8-19 16:59
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怎么没人回答,没有人碰到过这种情况吗?
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你要做什么实验? 普通的酶切没必要银染。琼脂糖就行。
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1 “发现只要是加了酶切缓冲液的泳道都出现图中的那条很宽的带,而只加内切酶不加酶切缓冲液的泳道在相同位置只是颜色稍显黑色。”

哪条宽的带啊?

2 是不是需要观察切下来的很小的带?否则如PCRfan版主所言,琼脂糖就OK了,银染太麻烦。

3 酶切buffer体系中除了盐离子,还有BSA。

4 如果怀疑是盐离子的影响,可否先纯化再电泳?
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图中第三泳道就出现了那条很宽的带啊!

我是作PCR-RFLP,作一个基因的SNP多态性,PCR产物,我没有纯化,就直接做了酶切。(PCR产物跑琼脂糖时没有发现杂带,只是有点引物二聚体。时间跑久一点,引物二聚体也很淡,应该可以不用纯化就做RFLP吧?我要做300个左右,不纯化也可以省点事。)

PCR产物做PAGE时,只在目的位置出现条带,但一做酶切,就如上图所示了。

回amberly 战友,酶切后,如上图所示,最下面两条带,分别是139bp和120bp,相差19个bp,琼脂糖分不开啊!所以只得跑PAGE。

我以前看师兄做的时候,酶切产物作PAGE,并没出现我碰到的情况啊!

多谢PCRfan版主和amberly 战友的答复。我现在不知找哪方面的原因,为什么加了内切酶缓冲液就不行了(我分别只用内切酶缓冲液Buffer R和Buffer Tango,没加DNA,也没加内切酶,做了PAGE,结果和上图的第三孔一样。)是内切酶缓冲液里的什么成分和胶起了什么反应吗?为什么别人作可以,我做就不行?
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俺印象中,银染可以同时染蛋白和核酸地
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我做的也遇到这种情况,郁闷了一段时间了.还没有出现目的带,你用的胶是多少的,具体的能告诉一下吗?还有染色方法
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我用的是8%的胶。硝酸银作染色剂,氢氧化钠和甲醛作显色剂。
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这个奇怪条带的原因是因为酶切混合物里面含有过量的酶和BSA,也就是蛋白质,因为银染不仅染核酸,还染蛋白质的。建议可以纯化以后再跑一个,应该就没有了
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