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标题:【求助】如何知道某个基因某个SNP位点的最小等位基因频率

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发表于 2011-8-20 17:05 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】如何知道某个基因某个SNP位点的最小等位基因频率

【求助】如何知道某个基因某个SNP位点的最小等位基因频率 [转自 丁香园论坛]


正在准备实验，设想研究ATM基因的SNP与放射性损伤的关系，看了论坛里有关如何筛选某个基因的SNP位点原则，参考国外文献多以以下几个标准进行筛选：1、a minor allele frequency of at least 5%；2、Location in the promoter untranslated region or coding region of the gene；3、previous reports of an association with other cancers.已经知晓如何在NCBI里查基因的SNP，但不知可否从其中探寻出是否该位点满足上述前两个条件，如何看出来。烦请各位高手解答。
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发表于 2011-8-20 17:06 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
大家看看这样判断最小等位基因频率对不对


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发表于 2011-8-20 17:07 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
选择rs1800057——Display/Linkout——点击Taqman之Genotyping Assays


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发表于 2011-8-20 17:08 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
如图，出来个Minor Allele Frequency 。这个是不是就是不同人群种族的MAF？
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发表于 2011-8-20 17:08 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
1、a minor allele frequency of at least 5%

这个一般是自己设置，然后软件可以帮你找出来
如果你已经选好位点了，那么这个位点的频率最小
不能小于10%，一般是20%，hapmap chb的频率可以
做一定的参考
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 小中大
1、a minor allele frequency of at least 5%

这个一般是自己设置，然后软件可以帮你找出来
如果你已经选好位点了，那么这个位点的频率最小
不能小于10%，一般是20%，hapmap chb的频率可以
做一定的参考
——————————————————————
请问这个软件是什么？能给个简介吗
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发表于 2011-8-20 17:09 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
在hapmap数据库就可以看到基因频率，不同国家的
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发表于 2011-8-20 17:09 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

hapmap中是可以查到一个rs号的基因型、等位基因频率，但是哪个才是最小等位基因频率呢？频率较小的那个等位基因频率一吗？



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 小中大
另，下面这个图是怎么得到的啊？我输了好几遍就是找不到一模一样下面这个图，display 一栏中没有Linkout ,右下方倒是有一个，可是点了之后没得选了。


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 小中大
我点出来的也是一样的
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