小中大终于把实验做完了,做的是相对定量法。想把自己做定量PCR写下来,和大家一起分享学习。
1、首先要确定引物的溶解曲线,最好的是一个峰,而且TM值在80度以上,有人说太低可能是D二聚体,但我做过82度的也有D二聚体,所以一定要把产物跑电泳才能确定引物的特异性。
產物的Tm并不規定一個標準的範圍,但儘量在80以上,主要還是要結合電泳結果來看。我做過Tm 79度的。
2、配引物一定要在无菌操作台里,因为定量PCR要求比较高,一点污染都会出现非特异性扩增,我就试过引物污染,阴性对照出现扩增曲线。
恩,磨刀不誤砍柴工。支持!
3、确定引物后要确定模板的浓度,我觉得说明书说的都不准,最好是自己调,把内参和目的基因的CT值调到8到26之间,最低不超过30,太高难以分辨,太低出现非特异性扩增,低的情况溶解曲线也变成多个峰。
這個,Ct在8肯定是不准的。ABI儀器自動生成閾值的計算方法是Ct 8-16。大的不要超過35最好,不過我做過Ct 38,電泳產物大小是正確的,數值也拿來用了。哎。
4、要做阴性对照,有人说阴性对照是不加引物,有人说是不加模板,我觉得是后者比较好一点。
陰性對照不加引物還是頭一次聽說。
5、一定要把PCR后的产物跑电泳,因为你机子分辨不了你的产物的大小。我试过溶解曲线很漂亮,但跑出来电泳多条带。
同感,我也遭遇過。很令人鬱悶、費解。
6、有条件就做标准曲线。
這個主要是看選擇什麽方法處理數據。
7、好的试剂和引物对你的实验帮助大,假如做3次曲线不漂亮,建议换引物或者试剂,定量PCR的引物设计要求比普通PCR的高,建议让专业设计,我的是在宝生物设计的,不错。
定量引物和普通引物設計上各有側重,不能籠統的說要求孰高孰低哈,沒有最好的,只有最適合的,哈哈。
謝謝樓主分享經驗。