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标题:求助：高人帮我验证下引物合格吗

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发表于 2011-8-22 16:11 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

求助：高人帮我验证下引物合格吗

求助：高人帮我验证下引物合格吗 [转自 丁香园论坛]


各位高人，帮下忙，在下做肺纤维化MAPK通路，细胞是人肺成纤维细胞，引物不会设计，查国内文献，套用文献引物，高人帮我用软件验证下，引物是否合格，不胜感激。

PCR引物：a-SMA（373bp） 正义链5ˊ-GGAAGGACCTCTATGCTAAC-3ˊ
反义链5ˊ-CATAGGTAACGAGTCAGAGC-3ˊ
Ⅰ胶原（458bp） 正义链5ˊ-TGGTGACAAGGGTGAGACAG-3ˊ
反义链5ˊ-GGATGTTCTCGATCTGCTGG-3ˊ
Ⅲ胶原（493bp） 正义链5ˊ-GAATGCCTGGAGAAAGAGGA-3ˊ
反义链5ˊ-GGGTTACCATTACTACCAGG-3ˊ

β-actin(205bp) 正义链5ˊ-CCCACACTGTGCCCATCTACG-3ˊ
反义链5ˊ-GCCATCTCTTGCTCGAAGTCC-3ˊ
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 小中大
自己先顶一个。谢谢各位高手帮忙。
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 小中大
======再顶一下 ======
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发表于 2011-8-22 16:13 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请提供模板序列
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发表于 2011-8-22 16:14 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
把你的目的基因的序列发上来或者把NCBI号发上来。  
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发表于 2011-8-22 16:14 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
谢谢两位啦，我就是悲剧一个，我连序列都不会查，没人带没人教，一个人闭门造车，只知道要做这几个蛋白mRNA表达，细胞是人肺成纤维细胞：

α-SMA
α-smooth muscle actin
collagenⅢ
Collagen I
β-actin
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发表于 2011-8-22 16:15 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
a-SMA（373bp） 正义链5ˊ-GGAAGGACCTCTATGCTAAC-3ˊ
反义链5ˊ-CATAGGTAACGAGTCAGAGC-3ˊ
序列：Homo sapiens actin, beta (ACTB), mRNA
ACCGCCGAGACCGCGTCCGCCCCGCGAGCACAGAGCCTCGCCTTTGCCGATCCGCCGCCCGTCCACACCC
GCCGCCAGCTCACCATGGATGATGATATCGCCGCGCTCGTCGTCGACAACGGCTCCGGCATGTGCAAGGC
CGGCTTCGCGGGCGACGATGCCCCCCGGGCCGTCTTCCCCTCCATCGTGGGGCGCCCCAGGCACCAGGGC
GTGATGGTGGGCATGGGTCAGAAGGATTCCTATGTGGGCGACGAGGCCCAGAGCAAGAGAGGCATCCTCA
CCCTGAAGTACCCCATCGAGCACGGCATCGTCACCAACTGGGACGACATGGAGAAAATCTGGCACCACAC
CTTCTACAATGAGCTGCGTGTGGCTCCCGAGGAGCACCCCGTGCTGCTGACCGAGGCCCCCCTGAACCCC
AAGGCCAACCGCGAGAAGATGACCCAGATCATGTTTGAGACCTTCAACACCCCAGCCATGTACGTTGCTA
TCCAGGCTGTGCTATCCCTGTACGCCTCTGGCCGTACCACTGGCATCGTGATGGACTCCGGTGACGGGGT
CACCCACACTGTGCCCATCTACGAGGGGTATGCCCTCCCCCATGCCATCCTGCGTCTGGACCTGGCTGGC
CGGGACCTGACTGACTACCTCATGAAGATCCTCACCGAGCGCGGCTACAGCTTCACCACCACGGCCGAGC
GGGAAATCGTGCGTGACATTAAGGAGAAGCTGTGCTACGTCGCCCTGGACTTCGAGCAAGAGATGGCCAC
GGCTGCTTCCAGCTCCTCCCTGGAGAAGAGCTACGAGCTGCCTGACGGCCAGGTCATCACCATTGGCAAT
GAGCGGTTCCGCTGCCCTGAGGCACTCTTCCAGCCTTCCTTCCTGGGCATGGAGTCCTGTGGCATCCACG
AAACTACCTTCAACTCCATCATGAAGTGTGACGTGGACATCCGCAAAGACCTGTACGCCAACACAGTGCT
GTCTGGCGGCACCACCATGTACCCTGGCATTGCCGACAGGATGCAGAAGGAGATCACTGCCCTGGCACCC
AGCACAATGAAGATCAAGATCATTGCTCCTCCTGAGCGCAAGTACTCCGTGTGGATCGGCGGCTCCATCC
TGGCCTCGCTGTCCACCTTCCAGCAGATGTGGATCAGCAAGCAGGAGTATGACGAGTCCGGCCCCTCCAT
CGTCCACCGCAAATGCTTCTAGGCGGACTATGACTTAGTTGCGTTACACCCTTTCTTGACAAAACCTAAC
TTGCGCAGAAAACAAGATGAGATTGGCATGGCTTTATTTGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGGTTTTTTTTTT
TTTTTTGGCTTGACTCAGGATTTAAAAACTGGAACGGTGAAGGTGACAGCAGTCGGTTGGAGCGAGCATC
CCCCAAAGTTCACAATGTGGCCGAGGACTTTGATTGCACATTGTTGTTTTTTTAATAGTCATTCCAAATA
TGAGATGCGTTGTTACAGGAAGTCCCTTGCCATCCTAAAAGCCACCCCACTTCTCTCTAAGGAGAATGGC
CCAGTCCTCTCCCAAGTCCACACAGGGGAGGTGATAGCATTGCTTTCGTGTAAATTATGTAATGCAAAAT
TTTTTTAATCTTCGCCTTAATACTTTTTTATTTTGTTTTATTTTGAATGATGAGCCTTCGTGCCCCCCCT
TCCCCCTTTTTTGTCCCCCAACTTGAGATGTATGAAGGCTTTTGGTCTCCCTGGGAGTGGGTGGAGGCAG
CCAGGGCTTACCTGTACACTGACTTGAGACCAGTTGAATAAAAGTGCACACCTTAAAAATGAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
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 小中大
Ⅲ胶原（493bp） 正义链5ˊ-GAATGCCTGGAGAAAGAGGA-3ˊ
反义链5ˊ-GGGTTACCATTACTACCAGG-3ˊ

Homo sapiens collagen, type III, alpha 1 (COL3A1), mRNA
GGCTGAGTTTTATGACGGGCCCGGTGCTGAAGGGCAGGGAACAACTTGATGGTGCTACTTTGAACTGCTT
TTCTTTTCTCCTTTTTGCACAAAGAGTCTCATGTCTGATATTTAGACATGATGAGCTTTGTGCAAAAGGG
GAGCTGGCTACTTCTCGCTCTGCTTCATCCCACTATTATTTTGGCACAACAGGAAGCTGTTGAAGGAGGA
TGTTCCCATCTTGGTCAGTCCTATGCGGATAGAGATGTCTGGAAGCCAGAACCATGCCAAATATGTGTCT
GTGACTCAGGATCCGTTCTCTGCGATGACATAATATGTGACGATCAAGAATTAGACTGCCCCAACCCAGA
AATTCCATTTGGAGAATGTTGTGCAGTTTGCCCACAGCCTCCAACTGCTCCTACTCGCCCTCCTAATGGT
CAAGGACCTCAAGGCCCCAAGGGAGATCCAGGCCCTCCTGGTATTCCTGGGAGAAATGGTGACCCTGGTA
TTCCAGGACAACCAGGGTCCCCTGGTTCTCCTGGCCCCCCTGGAATCTGTGAATCATGCCCTACTGGTCC
TCAGAACTATTCTCCCCAGTATGATTCATATGATGTCAAGTCTGGAGTAGCAGTAGGAGGACTCGCAGGC
TATCCTGGACCAGCTGGCCCCCCAGGCCCTCCCGGTCCCCCTGGTACATCTGGTCATCCTGGTTCCCCTG
GATCTCCAGGATACCAAGGACCCCCTGGTGAACCTGGGCAAGCTGGTCCTTCAGGCCCTCCAGGACCTCC
TGGTGCTATAGGTCCATCTGGTCCTGCTGGAAAAGATGGAGAATCAGGTAGACCCGGACGACCTGGAGAG
CGAGGATTGCCTGGACCTCCAGGTATCAAAGGTCCAGCTGGGATACCTGGATTCCCTGGTATGAAAGGAC
ACAGAGGCTTCGATGGACGAAATGGAGAAAAGGGTGAAACAGGTGCTCCTGGATTAAAGGGTGAAAATGG
TCTTCCAGGCGAAAATGGAGCTCCTGGACCCATGGGTCCAAGAGGGGCTCCTGGTGAGCGAGGACGGCCA
GGACTTCCTGGGGCTGCAGGTGCTCGGGGTAATGACGGTGCTCGAGGCAGTGATGGTCAACCAGGCCCTC
CTGGTCCTCCTGGAACTGCCGGATTCCCTGGATCCCCTGGTGCTAAGGGTGAAGTTGGACCTGCAGGGTC
TCCTGGTTCAAATGGTGCCCCTGGACAAAGAGGAGAACCTGGACCTCAGGGACACGCTGGTGCTCAAGGT
CCTCCTGGCCCTCCTGGGATTAATGGTAGTCCTGGTGGTAAAGGCGAAATGGGTCCCGCTGGCATTCCTG
GAGCTCCTGGACTGATGGGAGCCCGGGGTCCTCCAGGACCAGCCGGTGCTAATGGTGCTCCTGGACTGCG
AGGTGGTGCAGGTGAGCCTGGTAAGAATGGTGCCAAAGGAGAGCCCGGACCACGTGGTGAACGCGGTGAG
GCTGGTATTCCAGGTGTTCCAGGAGCTAAAGGCGAAGATGGCAAGGATGGATCACCTGGAGAACCTGGTG
CAAATGGGCTTCCAGGAGCTGCAGGAGAAAGGGGTGCCCCTGGGTTCCGAGGACCTGCTGGACCAAATGG
CATCCCAGGAGAAAAGGGTCCTGCTGGAGAGCGTGGTGCTCCAGGCCCTGCAGGGCCCAGAGGAGCTGCT
GGAGAACCTGGCAGAGATGGCGTCCCTGGAGGTCCAGGAATGAGGGGCATGCCCGGAAGTCCAGGAGGAC
CAGGAAGTGATGGGAAACCAGGGCCTCCCGGAAGTCAAGGAGAAAGTGGTCGACCAGGTCCTCCTGGGCC
ATCTGGTCCCCGAGGTCAGCCTGGTGTCATGGGCTTCCCCGGTCCTAAAGGAAATGATGGTGCTCCTGGT
AAGAATGGAGAACGAGGTGGCCCTGGAGGACCTGGCCCTCAGGGTCCTCCTGGAAAGAATGGTGAAACTG
GACCTCAGGGACCCCCAGGGCCTACTGGGCCTGGTGGTGACAAAGGAGACACAGGACCCCCTGGTCCACA
AGGATTACAAGGCTTGCCTGGTACAGGTGGTCCTCCAGGAGAAAATGGAAAACCTGGGGAACCAGGTCCA
AAGGGTGATGCCGGTGCACCTGGAGCTCCAGGAGGCAAGGGTGATGCTGGTGCCCCTGGTGAACGTGGAC
CTCCTGGATTGGCAGGGGCCCCAGGACTTAGAGGTGGAGCTGGTCCCCCTGGTCCCGAAGGAGGAAAGGG
TGCTGCTGGTCCTCCTGGGCCACCTGGTGCTGCTGGTACTCCTGGTCTGCAAGGAATGCCTGGAGAAAGA
GGAGGTCTTGGAAGTCCTGGTCCAAAGGGTGACAAGGGTGAACCAGGCGGTCCAGGTGCTGATGGTGTCC
CAGGGAAAGATGGCCCAAGGGGTCCTACTGGTCCTATTGGTCCTCCTGGCCCAGCTGGCCAGCCTGGAGA
TAAGGGTGAAGGTGGTGCCCCCGGACTTCCAGGTATAGCTGGACCTCGTGGTAGCCCTGGTGAGAGAGGT
GAAACTGGCCCTCCAGGACCTGCTGGTTTCCCTGGTGCTCCTGGACAGAATGGTGAACCTGGTGGTAAAG
GAGAAAGAGGGGCTCCGGGTGAGAAAGGTGAAGGAGGCCCTCCTGGAGTTGCAGGACCCCCTGGAGGTTC
TGGACCTGCTGGTCCTCCTGGTCCCCAAGGTGTCAAAGGTGAACGTGGCAGTCCTGGTGGACCTGGTGCT
GCTGGCTTCCCTGGTGCTCGTGGTCTTCCTGGTCCTCCTGGTAGTAATGGTAACCCAGGACCCCCAGGTC
CCAGCGGTTCTCCAGGCAAGGATGGGCCCCCAGGTCCTGCGGGTAACACTGGTGCTCCTGGCAGCCCTGG
AGTGTCTGGACCAAAAGGTGATGCTGGCCAACCAGGAGAGAAGGGATCGCCTGGTGCCCAGGGCCCACCA
GGAGCTCCAGGCCCACTTGGGATTGCTGGGATCACTGGAGCACGGGGTCTTGCAGGACCACCAGGCATGC
CAGGTCCTAGGGGAAGCCCTGGCCCTCAGGGTGTCAAGGGTGAAAGTGGGAAACCAGGAGCTAACGGTCT
CAGTGGAGAACGTGGTCCCCCTGGACCCCAGGGTCTTCCTGGTCTGGCTGGTACAGCTGGTGAACCTGGA
AGAGATGGAAACCCTGGATCAGATGGTCTTCCAGGCCGAGATGGATCTCCTGGTGGCAAGGGTGATCGTG
GTGAAAATGGCTCTCCTGGTGCCCCTGGCGCTCCTGGTCATCCAGGCCCACCTGGTCCTGTCGGTCCAGC
TGGAAAGAGTGGTGACAGAGGAGAAAGTGGCCCTGCTGGCCCTGCTGGTGCTCCCGGTCCTGCTGGTTCC
CGAGGTGCTCCTGGTCCTCAAGGCCCACGTGGTGACAAAGGTGAAACAGGTGAACGTGGAGCTGCTGGCA
TCAAAGGACATCGAGGATTCCCTGGTAATCCAGGTGCCCCAGGTTCTCCAGGCCCTGCTGGTCAGCAGGG
TGCAATCGGCAGTCCAGGACCTGCAGGCCCCAGAGGACCTGTTGGACCCAGTGGACCTCCTGGCAAAGAT
GGAACCAGTGGACATCCAGGTCCCATTGGACCACCAGGGCCTCGAGGTAACAGAGGTGAAAGAGGATCTG
AGGGCTCCCCAGGCCACCCAGGGCAACCAGGCCCTCCTGGACCTCCTGGTGCCCCTGGTCCTTGCTGTGG
TGGTGTTGGAGCCGCTGCCATTGCTGGGATTGGAGGTGAAAAAGCTGGCGGTTTTGCCCCGTATTATGGA
GATGAACCAATGGATTTCAAAATCAACACCGATGAGATTATGACTTCACTCAAGTCTGTTAATGGACAAA
TAGAAAGCCTCATTAGTCCTGATGGTTCTCGTAAAAACCCCGCTAGAAACTGCAGAGACCTGAAATTCTG
CCATCCTGAACTCAAGAGTGGAGAATACTGGGTTGACCCTAACCAAGGATGCAAATTGGATGCTATCAAG
GTATTCTGTAATATGGAAACTGGGGAAACATGCATAAGTGCCAATCCTTTGAATGTTCCACGGAAACACT
GGTGGACAGATTCTAGTGCTGAGAAGAAACACGTTTGGTTTGGAGAGTCCATGGATGGTGGTTTTCAGTT
TAGCTACGGCAATCCTGAACTTCCTGAAGATGTCCTTGATGTGCAGCTGGCATTCCTTCGACTTCTCTCC
AGCCGAGCTTCCCAGAACATCACATATCACTGCAAAAATAGCATTGCATACATGGATCAGGCCAGTGGAA
ATGTAAAGAAGGCCCTGAAGCTGATGGGGTCAAATGAAGGTGAATTCAAGGCTGAAGGAAATAGCAAATT
CACCTACACAGTTCTGGAGGATGGTTGCACGAAACACACTGGGGAATGGAGCAAAACAGTCTTTGAATAT
CGAACACGCAAGGCTGTGAGACTACCTATTGTAGATATTGCACCCTATGACATTGGTGGTCCTGATCAAG
AATTTGGTGTGGACGTTGGCCCTGTTTGCTTTTTATAAACCAAACTCTATCTGAAATCCCAACAAAAAAA
ATTTAACTCCATATGTGTTCCTCTTGTTCTAATCTTGTCAACCAGTGCAAGTGACCGACAAAATTCCAGT
TATTTATTTCCAAAATGTTTGGAAACAGTATAATTTGACAAAGAAAAATGATACTTCTCTTTTTTTGCTG
TTCCACC
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发表于 2011-8-22 16:17 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我自己按网上教的跑去查的，不知道是不是我要的基因。比如 type III, alpha 1 (COL3A1), 加啦个alpha 1 ，不知道是不是我要的三型胶原
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 小中大
http://biocompute.bmi.ac.cn/CZlab/MFEprimer-2.0/
使用上面网站去核查。  
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