小中大求助：求助引物跨内含子问题
求助：求助引物跨内含子问题
做real time PCR要设计跨内含子的引物，
GAPDH 序列如下：
up5; GAGTCAACGGATTTGGTCGT 3;
down 5; TTGATTTTGGAGGGATCTCG 3;
我在MFEprimer上搜索了下结果是：
1: Seq1 + Seq2 ==> gi|83641890|ref|NM_002046.3| Homo sapiens glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH), mRNA
PPC = 100.0%, Size = 238 (bp), GC content = 47.5%
Fp: Tm = 58.8 (°C), ΔG = -21.5 (kcal/mol), 3'ΔG = -3.6 (kcal/mol)
Rp: Tm = 55.7 (°C), ΔG = -19.9 (kcal/mol), 3'ΔG = -3.3 (kcal/mol)
Binding sites: 122(20/20) ... 359(20/20)
>>>Seq1
1 20
5; GAGTCAACGGATTTGGTCGT 3;
:::::::::::::::::::: 359
5; GAGTCAACGGATTTGGTCGTattgggcgcctggtcaccag...ccatcaccatcttccaggagCGAGATCCCTCCAAAATCAA 3;
122 ::::::::::::::::::::
3; CGAGATCCCTCCAAAATCAA 5;
20 1
然后我把NM_002046.3在NCBI里搜索了下结果如下：见网址：cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_002046.3')，其中
附件中显示的为外显子，这里显示外显子分别从80到131, 132 到231, 232到338， 339到429，我上边的引物是120到359，请问是不是应该跨了内含子了，因为跨了外显子1,2,3,4，外显子之间应该就是内含子吧。谢谢请告诉我哪里错了，还有就是请告诉我怎么去找一个基因的完整的DNA和mRNA序列，我每次找到的都是partial，谢谢。
[ 本帖最后由 miracle 于 2011-9-5 15:14 编辑 ]
