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标题:求助：怎样查基因序列

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发表于 2011-8-23 15:16 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

求助：怎样查基因序列

求助：怎样查基因序列 [转自 丁香园论坛]


我是刚开始做pcr,最基本的都不懂,哪位能告诉我怎样查基因序列?如孕激素受体基因?盼望答复
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何去何从[使用道具]
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发表于 2011-8-23 15:17 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
根据我个人的实验经验，提供以下几点供参考：
1. 首先你要明确你的目的基因是什么.
2. 查阅你的目的基因的序列,在pubmed网站,核酸序列中查找你的目的基因(关键词要输入正确)
3. 查出来的目的基因,在你所感兴趣的一段DNA片段中设计引物(一般来说这段DNA序列是其表达为蛋白的关键序列)
4. 购买PCR试剂盒,让厂家给你合成引物(需要你提供正确的引物序列)
5. 参照试剂说明书进行实验操作.
6. 如有疑问,可以去图书馆查询相关PCR工具书,具体事宜具体学习.
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蓝蜗牛[使用道具]
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发表于 2011-8-23 15:17 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
谢谢，可是我第二点还是不明白，查不出序列，能告诉我具体的步骤或者给我一些资料？
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冰激凌小姐[使用道具]
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发表于 2011-8-23 15:18 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
楼主试试这个方法吧，个人觉得还可以呵呵，属于偏方类的

google中输入：目标基因名 primer 5' 3' 即可　比如：Tie-2 primer 5' 3'

这样检索出的引物，再上NCBI比对一下，因为有的时候，文献上的序列也会有错误，所以比对之后再去公司合成。这个方法，大多数引物序列都能找到。

通过GOOGLE查找引物序列别具一格，不过最好还是找到全序列针对性设计引物，知其然且知其所以然。
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蓝蜗牛[使用道具]
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发表于 2011-8-23 15:18 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
谢谢!能否再麻烦你教我一下在NCBI上查BSEP基因的方法步骤？不胜感激
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发表于 2011-8-23 15:19 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
登陆NCBI主页后，选择Nucleotide database,然后在搜索框内输入BESP及其他限制词，点go搜索。在结果中寻找符合的序列。
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小困[使用道具]
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发表于 2011-8-23 15:20 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
1、进入NCBI主页
　NCBI

2、在“Search”栏选择“Gene”，用“BSEP”来搜索，即可得到多个物种的该基因的简介及其序列的相应连接，如人BSEP基因的简介与序列连接如下：

2: ABCB11
Official Symbol: ABCB11 and Name: ATP-binding cassette, sub-family B (MDR/TAP), member 11 [Homo sapiens]
Other Aliases: ABC16, BSEP, PFIC-2, PFIC2, PGY4, SPGP
Other Designations: ABC member 16, MDR/TAP subfamily; bile salt export pump; progressive familial intrahepatic cholestasis 2; sister p-glycoprotein
Chromosome: 2; Location: 2q24
MIM: 603201
GeneID: 8647

3、打开相应连接进入下面的页面：
[ifr


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2011-8-23 15:20
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蓝蜗牛[使用道具]
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发表于 2011-8-23 15:21 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 小困 于 2011-8-23 15:20 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
1、进入NCBI主页
　NCBI

2、在“Search”栏选择“Gene”，用“BSEP”来搜索，即可得到多个物种的该基因的简介及其序列的相应连接，如人BSEP基因的简介与序列连接如下：

2: ABCB11
Official Symbol: ABCB11 and Name: ATP- ...

谢谢!  
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发表于 2011-8-23 15:21 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
楼主写的真好,感谢 ~~~~~~
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大仙[使用道具]
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发表于 2011-8-23 15:22 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
~~~~~~~·学习了~~~~~
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