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标题:【转帖】【分享】realtime 咖啡屋

园丁##[使用道具]
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【转帖】【分享】realtime 咖啡屋

咖啡者,香甘醇酸苦五味俱全,原始而又粗犷,深邃而又耐人寻味。
早期“科学咖啡馆”的雏型为J.J.汤姆森在19世纪末建立的卡文迪许物理学会,科学家每天午后茶时漫谈,他们谈他们看到、听到、测试、观察到的现象和发生的事件。卢瑟福在领导这个实验室时把午后茶漫谈变成他领导的科学家们每天最重要时刻。后来传于世的剑桥风格——“在悠闲中治学”、“自由和独立的工作”便源于此。
卡文迪许实验室为国际顶尖实验室,在物理、分子生物学方面培养了20多位诺贝尔奖获得者,和数以百计的优秀科学家,被誉为"现代物理学的发源地"。
PCR版开此咖啡吧,绝非奢望能望顶尖实验室之项背。PCR版只是希望借咖啡之名,网络广大战友,一同来畅谈实验经验、实验感受和实验生活。既能探讨科学,又能交朋访友,岂不快哉!
然而无规矩难以成方圆。PCR版就咖啡吧的发贴规定如下:
有以下情况者优先加分(1~3分):
1. 原创
2.实验经验
3.实验感受
4.实验生活
5.文献阅读后感受或分析
6.反驳战友观点,且有理有据者
7.得票超过5且言之有物者
8.在咖啡屋系列帖子中前10个发贴,且言之有物者
咖啡吧容许争论、异议,但不欢迎漫骂、侮辱和灌水。为了保持园子和谐安宁的学术氛围,有以下情况者,版主保留删贴甚至扣分的权利,还请各位战友体谅:
1. 灌水(类似于纯“顶”、"支持"的帖子归为灌水之列)
2. 有漫骂侮辱性语言者
3.侵权性转贴
4.留email邮箱索要资源者
5.涉及评论国家政策者
6.涉及攻击或赞扬某些生物公司者
现在,请大家开始开始畅谈吧!
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yizhi[使用道具]
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相关疾病:
头痛先天性卵巢发育不全综合征
非常高兴看到版主在qPCR专区能成立“咖啡屋”,使我们在qPCR方面遇到问题可以相互讨论,互相学习,也便于在实验中的一些经验体会有一个交流的空间,更使我这样的
qPCR初学者多了一个“智囊团”。本人做qPCR的时间不是很长,也就是两个月吧,但其中遇到很多问题,但都一一解决,因为没有多少钱,我做的是荧光染料的PCR,这种方法最重要的一点就是对引物的要求高,我遇到的最头疼的问题就是引物经常不是出现杂带就是出现引物二聚体,温度调整了很多次都不是很好,所以换了三次引物,最后终于把引物试好了,对于引物来说,我觉得最好扩增长度在100-200之间,我们实验室几乎都是在这一范围之内,片段短了容易扩增,但也不是越短越好,如果小于100的话跑电泳可能会出现目的条带和引物二聚体重叠,这样也不利于判断有没有二聚体的存在,所以我建议如果是做染料的qPCR扩增片段最好不要小于100,然而做探针的就不存在这个问题了。扩增片段太短不好,太长也会出现一些问题,如果太长在延伸的过程中就要求延伸的时间长一些,这难免会出现杂带。从一开始做实验,向老师及同学咨询怎么摸条件的时候,他们都说在做qPCR的过程中,退火温度很重要,主要是看退火温度,出现了杂带或者二聚体就调整退火温度,所以我就一直围绕着退火温度来调整,但调了很多次仍然有一杂带,所以怀疑引物不好,但我一直忽略了延伸时间的问题,我的延伸时间用了45秒,感觉是不是太长了,所以就缩减了延伸时间,分别用30秒和25秒跑的,最后都跑出来了,并且杂带也消失了,所以我感觉在试引物的过程中,退火温度固然重要,但延伸时间也不能忽略。
这是我在做实验过程中的一点点体会,拿出来和大家分享,不知其中有没有不对的地方,也请大家给我提出宝贵意见。谢谢
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veiwu[使用道具]
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1、TaqMan探针法的试剂一般我都是自己配,不用买什么昂贵的专用试剂。用普通的Taq没也能得到很好的效果,Mg一般用4或4.5mmol的浓度。一般不用担心非特异性问题,因为探针法是引物和探针双特异性的,即使有非特异性扩增出现也检测不出荧光来。
2、染料法最好用ABI的试剂,我使用过几家国产的试剂和东洋坊的等消除非特异性扩增的效果都不如ABI的。当然,如果你的引物设计的足够理想的话也可以使用一般的试剂甚至非热启动的试剂都能得到很好的效果。所以引物设计也非常重要。
3、如楼上所说,染料法扩增片段最好不要设计太小,以100-200bp为宜,以方便与引物二聚体区分。
4、关于标准曲线,常见有国内文献说目的基因和内参基因共用内参基因的标准曲线来计算拷贝数的,理由是两条曲线的斜率相近云云。这是一个非常愚蠢的说法,表明此君并不很明白定量算法的原理,数学的指数也没学好。实际上这种做法得到的结果和比较Ct发得到的结果是一致的,可以通过原理来推算,大家也可以用实验数据去验证,不在这里详细解释了。所以要么就做双标准曲线,要么就用比较Ct法来进行定量分析。
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zhihui小新[使用道具]
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realtime pcr在加样时要比普通pcr更加小心
首先,由于不能做标记,如果是八连管还稍微好一点,样本少。如果是96孔板,最好是两个人一起加,一个人操作一个人监督,这样可以减少误差。当然在加样时不能聊天,分心,这是所有实验的要求。
其次,由于检测时,光是从管顶穿过,所以在盖管子时,一定要戴手套,尽量不要碰到。96孔板封口的时候也尽量要一次性的贴好。
最后,九十六孔板为了减低空泡对检测的影响,可以用离心机甩一下,要专门的离心机,注意要配平。我们一般2000转10分钟。
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feiya[使用道具]
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我经常做96孔板的Real time,楼上的建议不错,“最好是两个人一起加,一个人操作一个人监督,这样可以减少误差”,哈哈,但是我们如果2个人做的话,一说话更容易错。
根据我的经验,Real time实验最重要的还是实验的一致性,一般都要做2到3个重复,然后得出一个bar来,做得好的话,bar就比较小,从循环数上看,不同的重复误差在0.5个循环数之内。
为了把bar减小,通常要做Master MIX,然后把Primer留在最后加,因为Primer一般情况下是过量的。
另外,加样的时候都统一加到孔壁,最后在离心一下,不过好像没有必要10分钟那么久,2-3000rpm离心2分钟已经足够了。
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tianmei001[使用道具]
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我们实验室都是用384板做realtime,过程真是很痛苦。而且如果样本rna比较少不能做纯化,就要特别注意基因组dna污染。所以引物设计很重要。一定要保证跨内含子!否则结果是不可靠的。
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vvmmoy[使用道具]
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前一阶段做q-pcr的心得:我们实验室曾经设计的引物都是三、四百bp的产物,做q-pcr也没什么问题,相信很多人也这样做过,溶解曲线也ms没有什么问题,但前几天突然发现一个比较严重的问题,就是假阴性的结果:
此图中,我的目的产物是500bp左右,由于目的基因在该细胞中表达较少,从q-pcr上分析,两个泳道没有什么差异,但是我将产物取出跑了个电泳,发现还是有差异的,q-pcr所反应的只是总的结合了染料的双链dna的荧光强度,而如果非特异性的产物片段过大,则溶解曲线不能反应出问题。提醒大家注意。


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vvmmoy[使用道具]
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相关疾病:
先天性卵巢发育不全综合征
在这里再给大家说一个内参的问题。如图,曾经我用的三个细胞系来看某基因在不同细胞系内的表达情况,结果总是很奇怪,后来用普通pcr一看,原来内参差异很大,gapdh和actin差的很多。我的经验是:一般肿瘤体系里,gapdh含量比较大,但是容易受药物和生长状态的影响,所以不推荐使用,而actin表达相对稳定一点,但在不同的细胞、组织里差异又比较大。至于18s,我也琢磨过一段时间,因为有人用,也有人说它没有polyA,不能用于q-pcr,我觉得,是不是在反转的时候不用OligdT而用随机引物就可以了。


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txwuyan[使用道具]
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500bp,真够长的,我们实验室只试过400多的,还没有人试过500以上的。好像一般都是300一下的比较有保证,400以上成功的几率就大大下降了。
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purrr[使用道具]
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我是最近才开始做的q-pcr。我在第一次做的时候扩增片段有550bp结果做出来的曲线没有平台期。后来改了引物,扩增150bp。结果立马就好了。扩增曲线正常了。感觉只要做的时候细心点注意把管里面的气泡赶出来也没什么难的。
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