[讨论]做完荧光定量后如何统计数据

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标题:[讨论]做完荧光定量后如何统计数据

春雨[使用道具]
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发表于 2011-9-2 15:24 资料个人空间短消息加为好友

小中大

[讨论]做完荧光定量后如何统计数据[转自丁香园论坛]

大家好,最近本人做了几种肝癌细胞的某一目的基因和内参GAPDH的相对定量的表达，数据出来了，但是本人不知该用哪种统计方法统计数据比较合适，请大家不吝赐教，谢谢！

@花开花落@[使用道具]
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发表于 2011-9-2 15:25 资料个人空间短消息加为好友

小中大

请问楼上用的是标准曲线法还是ΔΔCT法呢？我做的是ΔΔCT法，实验已经做完，但是也是不知道怎么处理数据，是将几组ΔCT值拿来统计分析还是分析ΔΔCT值？如果是分析ΔΔCT值的话，问题是我的几个组是随机组，没有配对设计，那该如何相减得到ΔΔCT值呢？急需得到大家的帮助，谢谢！

@花开花落@[使用道具]
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发表于 2011-9-2 15:28 资料个人空间短消息加为好友

小中大

鼓励大家畅谈标准曲线法和ΔΔCT法的分组和统计方法。

同样征集各位已发表文章、或已完成论文当中所使用的实验分组和统计方法。
同样将与以鼓励。希望各位战友积极参与。

[ 本帖最后由 @花开花落@ 于 2011-9-2 15:29 编辑 ]

冰激凌小姐[使用道具]
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发表于 2011-9-2 15:31 资料个人空间短消息加为好友

小中大

是啊，现在在做RT，不知道数据怎么处理。

阿福[使用道具]
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发表于 2011-9-2 15:32 资料个人空间短消息加为好友

小中大

相对定量简介
分析方法： ①双标曲法 ②2 － △Ct ③2 － △△Ct ④Pfaffi法
①双标准曲线法简介
公式：

优点：分析简单，实验优化简单
缺点：对每一个基因，每一轮实验都必需做标准曲线；必需有固定的标准品做标准曲线；这些标准品并不代表样品扩增的真实状态
应用：基因表达调控研究中最常用与公认的两种相对定量方法之一

附件

2011-9-2 15:32

91279933.jpg (9.59 KB)

阿福[使用道具]
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发表于 2011-9-2 15:33 资料个人空间短消息加为好友

小中大

②2－△Ct法应用举例：测定Jun基因在某因子作用前后的表达变化

假设扩增效率（E=10－1/斜率）为2（即每个循环模板量翻倍）
比率（处理后/处理前）＝2 － Ct（处理后）－Ct（处理前）
＝2 － △Ct＝2 －（16－18）＝4
所以Jun基因在处理后表达水平比处理前高4倍
实验数据：

附件

2011-9-2 15:34

65490841.jpg (4.29 KB)

阿福[使用道具]
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发表于 2011-9-2 15:34 资料个人空间短消息加为好友

小中大

③2－△△Ct法应用举例：测定Jun基因在某因子作用前后的表达变化

假设目的和参照基因扩增效率都接近100％且相对偏差不超过5％
△Ct（处理前）＝18－17＝1 △Ct（处理后）＝16－17.4=－1.4
△△Ct=△Ct（处理后）－△Ct（处理前）＝－1.4－1＝－2.4
比率（处理后/处理前）=2－△△Ct＝2－（－2.4）＝5.3
所以Jun基因在处理后表达水平比处理前高5.3倍
修正方法：如果我们知道目标基因和参照基因有相同的或增效率，但扩增效率不等于2，那么2－△△Ct可以修正为：E－△△Ct，例如扩增效率为1.95，那么计算公式可修正为1.95－△△Ct

实验数据：

附件

2011-9-2 15:34

62270687.jpg (7.69 KB)