请教：兔 ICAM-1 cDNA序列和 RT-PCR引物

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标题:请教：兔 ICAM-1 cDNA序列和 RT-PCR引物

鲁西西[使用道具]
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发表于 2011-9-5 17:00 资料个人空间短消息加为好友

小中大

请教：兔 ICAM-1 cDNA序列和 RT-PCR引物 [转载]

无文献报道兔ICAM-1的引物，只有自己查
好象PUBMED里没有兔子的序列，是吗？

我还有什么办法！
希望得到大家的帮助

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发表于 2011-9-5 17:01 资料个人空间短消息加为好友

小中大

Genbank一样收集了大量的与兔相关的资料，看下面资料：
Oryctolagus cuniculus
Taxonomy ID: 9986
Genbank common name: rabbit
Rank: species
Genetic code: Translation table 1 (Standard)
Mitochondrial genetic code: Translation table 2
Other names:

domestic rabbit[common name], Japanese white rabbit[common name], rabbits[common name], European rabbit[common name], New Zealand rabbit[includes], Lepus cuniculus[misnomer]
Lineage( abbreviated )
Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Lagomorpha; Leporidae; Oryctolagus

--------------------------------------------------------------------------------

Nucleotide (6161) Protein (5506) Structure (141) Genome records (1)
见：cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/htbin-post/Taxonomy/wgetorg?id=9986')
也就是说，在基因库中很大一部分有关兔的记录物种名称使用的并不是rabbit，你应该通过Oryctolagus cuniculus这一术语去查，同时上面的资料还显示库中共有6161条核甘酸记录，可能是记录没有及时跟新的缘故，我用Oryctolagus cuniculus一词来查，一共有7100条核甘酸的记录。
希望上面的信息对你有所帮助。

鲁西西[使用道具]
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发表于 2011-9-5 17:01 资料个人空间短消息加为好友

小中大

还请教一下，按您的提法，我还是没有发现该序列，我该怎么办呢，放弃，还是有别的办法？

鲁西西[使用道具]
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发表于 2011-9-5 17:02 资料个人空间短消息加为好友

小中大

我要用兔子内皮细胞做ICAM-1的RT-PCR检测，没有现成的引物但我查不到ICAM-1的序列，你觉得下步该怎么办？
FICQ 12500
OICQ 2911017

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发表于 2011-9-5 17:03 资料个人空间短消息加为好友

小中大

兔的基因组并未完成，找不到也很有可能。我帮你找了一下,也没找到明确的icam-1.,但下面这个很可能有用：

L13199. Rabbit telencepha...[gi:473642] OMIM, Protein, PubMed, Taxonomy

LOCUS RABTELCEPH 3013 bp DNA linear MAM 26-MAY-1994
DEFINITION Rabbit telencephalin mRNA, complete cds.
ACCESSION L13199
VERSION L13199.1 GI:473642
KEYWORDS ICAM-like protein; dendritic glycoprotein; immunoglobulin
         superfamily; telencephalin; transmembrane protein.
SOURCE Oryctolagus cuniculus (strain Japanese White) (library: lambda
         gt11) adult brain, telencephalon DNA.
  ORGANISM Oryctolagus cuniculus
         Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
         Mammalia; Eutheria; Lagomorpha; Leporidae; Oryctolagus.
REFERENCE 1 (bases 1 to 3013)
  AUTHORS Yoshihara,Y., Oka,S., Nemoto,Y., Watanabe,Y., Nagata,S.,
         Kagamiyama,H. and Mori,K.
  TITLE An ICAM-related neuronal glycoprotein, telencephalin, with brain
         segment-specific expression
  JOURNAL Neuron 12 (3), 541-553 (1994)
  MEDLINE 94206534
PUBMED 7794412
FEATURES Location/Qualifiers
   source 1..3013
                  /organism="Oryctolagus cuniculus"
                  /strain="Japanese White"
                  /db_xref="taxon:9986"
                  /tissue_type="brain, telencephalon"
                  /dev_stage="adult"
                  /tissue_lib="lambda gt11"
   CDS 125..2863
                  /note="extracellular domain basepairs 212-2586,
                  transmembrane domain basepairs 2587-2676, cytoplasmic
                  domain basepairs 2677-2860"
                  /codon_start=1
                  /product="telecephalin"
                  /protein_id="AAA18478.1"
                  /db_xref="GI:473643"
                  /translation="MPGPSPGLRALLGFWVALGLGILRLSAVAQEPFWADLQPRVALV

做个blastn,可以发现telencephalin在基因水平上与ICAM-5有90%以上的同源，而人的telencephalin即为ICAM5。兔、鼠、人种属同源性较高，可以试着用这条序列做模板来设计引物。

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发表于 2011-9-5 17:03 资料个人空间短消息加为好友

小中大

我又用ICAM1做了个blastn,没看见有兔的。很可能是没有，你的问题可能只有试了，用人的ICAM-1或兔的ICAM-5做模板来试。

另外，你想做ICAM的什么？为何要用兔？老鼠的可不可以？

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发表于 2011-9-5 17:04 资料个人空间短消息加为好友

小中大

确实找了很久没有发现有关兔ICAM-1序列的资料。
在其他的文章里面有运用兔ICAM-1抗体的，检索原文可以看到他们使用的抗体多半就是Santa Cruz 的抗体，再在他们的资料库里可以找到他们针对兔ICAM-1抗体是以人源ICAM-1的表位为准进行设计的，你可以利用其同源性，同样以人或鼠的ICAM-1为模板进行引物设计（可参考chubuyi上面的资料）。假若你RT-PCR的目的只是检测ICAM-1基因表达的话，这种方法比较可行；要是你用该方法扩增特定片断的话，尤其是牵涉到后期表达等工作的话，这种方法不一定见得好，同源毕竟不是相同。
另外就是再通过相关文献看看，可能会有新的发现。

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发表于 2011-9-5 17:04 资料个人空间短消息加为好友

小中大

谢谢各位的热心帮助哦
我就是用RT-PCR检测ICAM-1的表达而已，没其他的目的。
由于整个实验都用的兔内皮，不知道中间插个其他种的细胞是不是有点怪啊，假如我用人的引物序列作出有结果的话是不是有说服力力？这样发表结果好吗？

各位觉得是换细胞好呢，还是用其他种的引物作，困扰中！