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标题:【求助】q-pcr,关于cDNA加的多少量的问题

hyuu[使用道具]
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【求助】q-pcr,关于cDNA加的多少量的问题


请问各位战友,你们cDNA浓度怎么算的呢?做q-pcr加多少量?我是用分光光度计测A260,然后公式计算得cDNA浓度,然后确定q-pcr上样量,加100ng左右,我用的罗氏的FASTStart universal sybr green master(rox)试剂盒,试剂盒要求cDNA量不超过50ng,我现在用100ng了,目的基因CT值还在30-31,今天听说CT值不能超过30,不知道各位战友如何解决这个问题?
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vcve[使用道具]
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我们是这样算的,举个例子,1OD260/280=33ug,RNA提取后测得OD260/280=1.0,那么这个CDNA浓度即是33×1.0=33ug ,一般忽略则RT过程中丢失的量。CDNA的多少主要看你做RT-PCR时你加入RNA的量以及目的基因表达水平,是在你做了几次PCR后,观察电泳结果,得到最佳的反映体系,如果电泳条带模糊很弱,应该适当的加大模板的量;如果出现拖带,增加模板的量;如果引物二聚体出现,可以适当的增加模板的量;但是如果条带过浓,需要减量。有些条件是需要摸的,你可以根据你上次的结果适当增减,或者查一下文献参考一下。
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hyuu[使用道具]
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QUOTE:
原帖由 vcve 于 2015-8-31 10:37 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

我们是这样算的,举个例子,1OD260/280=33ug,RNA提取后测得OD260/280=1.0,那么这个CDNA浓度即是33×1.0=33ug ,一般忽略则RT过程中丢失的量。CDNA的多少主要看你做RT-PCR时你加入RNA的量以及目的基因表达水平,是在你做了几次P ...

260/280应该是代表RNA纯度的吧,怎么会和浓度有关系呢?还是不太明白
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vcve[使用道具]
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原帖由 hyuu 于 2015-8-31 10:37 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

260/280应该是代表RNA纯度的吧,怎么会和浓度有关系呢?还是不太明白

代表纯度也是相对纯度,并不是绝对的,好像都是用这种方法测DNA浓度的啊,还有一个看看电泳结果分析分析。别的我就不知道了。
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园丁##[使用道具]
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我是这样认为的,cDNA的浓度并不能十分准确的测得,知道大概范围就可以了。你做定量PCR的时候首先要对你的目的基因进行扩增效率的调整,做个标准曲线,确定最佳的模版浓度、引物浓度等条件。分析定量时候一般取Ct:15-35。太大或者太小都会导致定量的不准确。下面一段是转自生物吧的一篇文章,你可以看看。你可以知道怎么调整CT值和做比较准确的定量,如果你需要具体的protocol我有关于定量PCR的文章,部分信息也来自丁香园的战友,如果需要,相应的资料我可以发送到你邮箱里(把邮箱地址给我就可以)
2.影响Ct值的关键因素
模板浓度
模板浓度是决定Ct的最主要因素。控制在一个合适范围内,使Ct在15-35之间。
反应液成分的影响
任何分子的荧光发射都受环境因素影响----比如溶液的pH值和盐浓度。
PCR反应的效率
PCR反应的效率也会影响Ct值。在PCR扩增效率低的条件下进行连续梯度稀释扩增,与PCR扩增效率高的条件下相比,可能会所产生斜率不同的标准曲线。PCR效率取决于实验、反应混合液性能和样品质量。一般说来,反应效率在90-110%之间都是可以接受的。
(转自cuturl('http://www.biobars.cn/a/jishu/PCRshiyan/20110618/7374.html'))
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hyuu[使用道具]
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我是这样认为的,cDNA的浓度并不能十分准确的测得,知道大概范围就可以了。你做定量PCR的时候首先要对你的目的基因进行扩增效率的调整,做个标准曲线,确定最佳的模版浓度、引物浓度等条件。分析定量时候一般取Ct:15-35。太大或者太小都会导致定量的不准确。下面一段是转自生物吧的一篇文章,你可以看看。你可以知道怎么调整CT值和做比较准确的定量,如果你需要具体的protocol我有关于定量PCR的文章,部分信息也来自丁香园的战友,如果需要,相应的资料我可以发送到你邮箱里(把邮箱地址给我就可以)
2.影响Ct值的关键因素
模板浓度
模板浓度是决定Ct的最主要因素。控制在一个合适范围内,使Ct在15-35之间。
反应液成分的影响
任何分子的荧光发射都受环境因素影响----比如溶液的pH值和盐浓度。
PCR反应的效率
PCR反应的效率也会影响Ct值。在PCR扩增效率低的条件下进行连续梯度稀释扩增,与PCR扩增效率高的条件下相比,可能会所产生斜率不同的标准曲线。PCR效率取决于实验、反应混合液性能和样品质量。一般说来,反应效率在90-110%之间都是可以接受的。
(转自cuturl('http://www.biobars.cn/a/jishu/PCRshiyan/20110618/7374.html'))
谢谢您的解答。我现在遇到的问题是实验的重复性不好,下图

同一个样本做了3次平行实验,CT值相差很大,像1号样本从30.14到34.07,CT值相差4,实验结果不可用(cDNA同一个,加的量也一样),请教你这是什么原因呢?困惑。。这是我q-pcr之后跑的电泳,你看cDNA加的量可以不?亮的是看家基因,淡的是目的。

扩增曲线,溶解曲线如图,两个基因,一个目的,一个看家。


......
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eric930[使用道具]
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我觉得你的引物有问题,目的基因和内参的扩增效率明显不一致,内参都已经到平台期了,目的基因还没有到指数期,首先定量PCR的计算方程只有在指数期成立,所以扩增效率对于你的定量起到至关重要的作用。至于重复性,你的内参基因做的怎么样,因为没有标明哪个是内参,我不知道,如果内参的重复性也不好,就很可能是加样时造成的误差。但是从图上看,似乎还可以啊。
我建议你先做个梯度实验,调整下扩增效率,如果不行,要考虑换引物。
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hyuu[使用道具]
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原帖由 eric930 于 2015-8-31 10:46 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

我觉得你的引物有问题,目的基因和内参的扩增效率明显不一致,内参都已经到平台期了,目的基因还没有到指数期,首先定量PCR的计算方程只有在指数期成立,所以扩增效率对于你的定量起到至关重要的作用。至于重复性,你的内参基因 ...

以前没注意看,扩增效率从图上看真的不同,不知道哪些因素能影响扩增效率?要调整引物浓度?还是其他方法?
......
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eric930[使用道具]
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原帖由 hyuu 于 2015-8-31 10:47 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')


以前没注意看,扩增效率从图上看真的不同,不知道哪些因素能影响扩增效率?要调整引物浓度?还是其他方法?
......

我不是给你链接了吗?你好好看看啊。很多因素,得根据你实验的情况进行调整呀。
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hyuu[使用道具]
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我不是给你链接了吗?你好好看看啊。很多因素,得根据你实验的情况进行调整呀。
刚才又想了下,从扩增曲线应该不能看出扩增效率是否相同,因为看家基因初始模板量多,所以用的cycle很小就到平台期了,而目的gene初始模板量相对少,所以要cycle大一点才能到达平台期。不知道我说的对不对?扩增效率是很有必要看一下的,我现在的主要问题是实验的重复性不好,相同的模板量q-pcr之后CT值相差比较大。
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