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标题:【求助】引物设计为何要跨2个外显子

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发表于 2015-8-31 17:06 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】引物设计为何要跨2个外显子


文献说。为避免基因组的扩增，引物设计最好能跨两个外显子。这是值什么？是上游引物在第一个外显子上，下游引物在第2个外显子上吗？这样不就把2个外显子之间的内显子给扩出了？
还是2个引物在2个内显子上，中间是外显子，
另外是否外显子和内显子都是一个一个间隔的
如果我扩的是cDNA，无内显子，是否不用考虑这些了？
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发表于 2015-8-31 17:08 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我们知道， 一个基因如果有多个外显子，那么在基因组中这个基因的 多个外显子之间就会有内含子。在基因表达过程中，首先是合成mRNA；mRNA是外显子连续排列在一起，内含子就不表达出来了。如果我们要设计引物研究该基因的表达情况，首先就要提取总RNA，但是提取过程中不可避免的要有一些基因组DNA的污染，怎么样避免基因组DNA污染对实验结果的影响呢？就要引物设计最好能跨两个外显子！怎么样才是跨外显子呢？就是两条引物中的每一条都要横跨两个外显子，也就是说每条引物大约一半在一个外显子上，另一半就在另一个外显子上。这样引物就可以特异性的与mRNA结合了，而不与基因组DNA结合。
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发表于 2015-8-31 17:09 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

那会不会把2个外显子之间的内含子给扩出来了
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发表于 2015-8-31 17:12 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

你抽提出的mRNA逆转录以后已经不存在内含子了啊，设计跨两个外显子的引物是为了避免扩增出外源的DNA，这种引物就不会和外源DNA互补，而能够特异的与目的cDNA结合，从而扩增出目的cDNA。
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发表于 2015-8-31 17:13 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

外源的DNA是否是指交叉污染造成的
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发表于 2015-8-31 17:15 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

geneback上的序列是基因组DNA还是不含内含子的cDNA?
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发表于 2015-8-31 17:15 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

都可能，查的时候注意一下说明。如下2例：
1. Trachelomonas rugulosa strain ST2 large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence
2. Mus musculus GATA binding protein 3 (Gata3), mRNA
显然前者是部分基因序列，而后者是cDNA (它说是mRNA，但实际就是cDNA)
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发表于 2015-8-31 17:17 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
都可能，查的时候注意一下说明。如下2例：
1. Trachelomonas rugulosa strain ST2 large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence
显然前者是部分基因序列

======================================================

ribosomal RNA gene 不是核糖体RNA 基因吗？怎么是基因组的呢
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发表于 2015-8-31 17:19 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

谢谢各位的说明，但是查出来的mRNA序列，怎么知道是由几个外显子组成？
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发表于 2015-8-31 17:20 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

谢谢各位的说明，但是查出来的mRNA序列，怎么知道是由几个外显子组成？
可以去ＵＣＳＣ搜索基因名，得到的序列很清楚地显示出其 CDNA, DNA sequences 以及外显子组成情况。
没听过ＵＣＳＣ？　去ｇｏｏｇｌｅ一下就有地址了　：）
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