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标题:【求助】RNA 电泳出现4条带,不知道什么原因

langlang[使用道具]
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发表于 2015-9-4 17:42 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】RNA 电泳出现4条带,不知道什么原因


今天提RNA，跑电泳后感觉28s，18s，5s都不错，28s和18s都挺亮的，但就是在28s上面还有一条清晰的条带，不知道什么原因，用rna酶处理后所有条带消失，证明应该不是DNA污染，请高手指点？
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发表于 2015-9-4 17:42 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

不知楼主是如何确定28s，18s和5s的，是否有加Marker对照？还有楼主提RNA的材料是动物的还是植物的？如果是动物的，那确实有些奇怪；如果是植物叶片，那出现4条带是正常的，因为除了28s，18s，5s外，植物叶片中还有叶绿体RNA。不过这叶绿体RNA是在18S后面5S前面。如果真的如楼主所说是在28S前面而又会被RNase所降解，那这种现象确实有值得讨论的价值。
建议把图片贴上来，这样更容易判断。
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qianqin1977[使用道具]
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发表于 2015-9-4 17:43 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
绿色植物的RNA条带多了叶绿体RNA，有时还不止多一条。
是水稻叶片的RNA，除去28s，18s，5s，还有两条带！
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langlang[使用道具]
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发表于 2015-9-4 17:43 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我提的是动物的RNA，用的是QIagen的试剂盒，因为我看第二条带(可能是28s)比第三条带（可能18s）亮差不多1倍，第四条带（可能5s）可见但不是很清楚。第一条要比第四条清楚，比第二和三要弱些。
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xue258[使用道具]
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发表于 2015-9-4 17:44 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
还是建议把图贴上来，这样更加的直观，交流更加方便。还有能把哪种动物哪部分组织都讲得详细些吗，相信园内会有这方面的高手。
判断28S、18S，一般情况下是可以不用RNA Marker的，但你的情况真的比较奇怪。建议可以用RNA Marker做个参照，比如人的28S、18S的rRNA分别是5.0kb和1.9kb，老鼠的28S、18S的rRNA分别是4.7kb和1.9kb。
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langlang[使用道具]
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发表于 2015-9-4 17:45 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

谢谢各位战友！
我提的是大鼠的肠道组织，图片在附件中


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2015-9-4 17:45
44475222.jpg (48 KB)
 
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txwuyan[使用道具]
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发表于 2015-9-4 17:47 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

貌似28S部分降解形成，我以前也遇到过
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发表于 2015-9-4 17:49 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

从图来看，确实很奇怪。看起来像是基因组或者是蛋白污染，但楼主说用RNase处理全部条带消失，所以我也不能确定哪一条是28S。
最直接的方法就是拿RNA Marker对照大小来判断。或者是把胶中的最上面的那一条带割胶，加入少量融胶液或者在低于55度下融胶，再加入少量RNase，然后电泳。如果电泳结果没看到任何条带，那应该就是RNA了。如果是RNA，那真的是很奇怪的现象，因为以前从来没有听说动物的组织RNA电泳有四条带的。如果电泳能看到条带，那应该是基因组污染或蛋白污染。
我知道的就只有这些了，祝实验顺利
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发表于 2015-9-4 17:50 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

几种可能:
1.可注意RNA的降解：RNA部分降解的可能性很大，要求塑料耗材需要用DEPC浸泡过夜后高压灭菌。如果使用的是一次性的塑料耗材，可以直接高压灭菌用于实验。使用的蒸馏水需要配成0.1%DEPC水过夜后高压灭菌。操作过程，尽量不要交谈，可以不带口罩。
2.注意DNA或蛋白质的污染：细胞裂解后离心，取样时需要小心，只能取上清夜，如果取到中间层则可能引起DNA的污染。
RNA完整性的鉴定：一般我们使用的是琼脂糖凝胶电泳。由于我们使用的是公共设备，电泳槽及缓冲液中含有RNAase，所以需要用洗衣粉彻底清洗，并换新配置的TAE/TBE。否则会将电泳过程造成的讲解误认为是提取RNA过程中的降解。
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dog002[使用道具]
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发表于 2015-9-4 17:50 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

不对，那不是蛋白或DNA污染。
那一条带叫大分子RNA，常见于鼠组织。用RNA酶处理后会消失。
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