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标题:紧急求教各位高手：引物设计

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发表于 2011-9-15 17:01 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

紧急求教各位高手：引物设计

紧急求教各位高手：引物设计 [转载]


我要作半定量RT-PCR,在文献上查引物序列用Primer分析，才50-60分，不知是直接引用文献的好，还是自己设计.下面是我从文献上查的几对引物，请帮忙看一下，可否直接引用，还是要重新设计。本人就要开始作RT-PCR了，急需您的帮助。
Smad3 (308 bp, GenBank Accession No. NM_005902)
5’-CAGAACGTCAACACCAAGT (nt 238–256)
and 5’-ATGGAATGGCTGTAGTCGT (nt 545–527);

Smad3
5’-TCCCCAGCACATAATAACTT-3’
and 3’-TAAAAACAGGTCAGAGGGT-5’

Smad3
上游 TAAGTGAGCAGAACAGGTAGTATT
下游 CTCCCTCCCTCCCCACTCCCAAGTC

Smad2 AF027964

Sense aag aag tca gct ggt ggg t nt 161–179
Antisense gcc tgt tgt atc cca ctg a nt 406–388

Smad2

上游 TAGGTGGGGAAGTTTTTGCTGATG
下游 CGTCTGCCTTCGGTATTCTG

Smad7 AF015261

Sense gcc ctc tct gga tat ctt ct nt 843–862
Antisense gct gca taa act cgt ggt ca nt 1162–1143

Smad7

上游 ACCGCAGCAGTTACCCCATCTT
下游 GGCTACCGGCTGTTGAA

Human connective tissue growth factor (hCTGF), GenBank Accession No. X92511;
sense 5-CTCGCGGCTTACCGACTG-3 (positions663–681);
anti-sense 5-GCACTTGAACTCCACCGC-3 (positions1032–1050);

CTGF forward primer: 5-GAGGAAAACATTAAGAAGGGCAAA-3,
reverse primer: 5-CGGCACAGGTCTTGATGA-3,
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发表于 2011-9-15 17:01 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
50-60分太低了
没啥希望
还是自己设计罢

我做70分的，p出率是50%，还对模版挑替
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 小中大
用primer5自己设计，很简单，或者让公司设计（一般是免费的）更保险一点。
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发表于 2011-9-15 17:02 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
用primer5自己设计，很简单
公司设计就没锻炼机会了
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嘉年华[使用道具]
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发表于 2011-9-15 17:04 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我设计地引物为：
1、
sense
5-TTT,GCG,TCA,GTG,TCA,TCG-3
anti sense
5-cct,cag,tct,aaa,ggt,tgt,g-3

2
sense
5-atg,cca,cgg,tag,aaa,tag,c-3
anti sense
5-ttg,agc,aac,gca,ctg,aag,g-3
3
sense
5-gac,ctg,tgc,ctg,cca,tta,c-3
anti sense
5-tac,cct,ccc,act,gct,cct,a-3
请各位高手帮忙看一下，我设计地引物是否合适。感激不尽。
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发表于 2011-9-15 17:04 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
说实话，引物的设计并没有你们想象的那么重要，只要你能够正确的设置反应条件，大部分只要匹配的引物都可以使用
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发表于 2011-9-15 17:06 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我设计地引物为：
1、
sense
5-TTT,GCG,TCA,GTG,TCA,TCG-3
anti sense
5-cct,cag,tct,aaa,ggt,tgt,g-3

2
sense
5-atg,cca,cgg,tag,aaa,tag,c-3
anti sense
5-ttg,agc,aac,gca,ctg,aag,g-3
3
sense
5-gac,ctg,tgc,ctg,cca,tta,c-3
anti sense
5-tac,cct,ccc,act,gct,cct,a-3
请各位高手帮忙看一下，我设计地引物是否合适。感激不尽。

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你的三对引物都是自己用primer premier设计的吗？得分是多少？
我初略的看了一下，我觉得你的引物设计的有些问题：
首先，在你的三对引物正义链和反义链中存在着多聚现象TTT、aaa、ccc。这些都是在引物设计时应该注意的基本原则！
其次，在你的第一对引物内还存在正义链中的TTT和反义链中的aaa的互补现象，这极易形成引物二聚体，从而大大降低扩增的效率。
不知讲的对否，清高手指正！
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