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标题:紧急请教:珍贵样品P不出

zhezhe[使用道具]
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紧急请教:珍贵样品P不出

紧急请教:珍贵样品P不出[转载]


珍贵样品模板:是有限的别人提供的少量pcr产物(96孔板那种)长约4kb
pcr system:roche expand high fidelity
老板预先将样品稀释了n倍,给我,让我扩出来(预先将原样品1ul跑胶,无带)
我做了nested pcr
first round 50ul
standerd roche expand high fidelity pcr system
template dna 1ul
primer 260nM
Mg++ 1.5uM
95 4'
94 1'
45/50 1.5'
68 5'
40cycles
结果 jin仅见很亮的引物二聚体带
second round
standerd roche expand high fidelity pcr system
template dna 5ul the products of first round
primer 260nM
Mg++ 1.5uM
95 4'
94 1'
48/52 1.5'
68 3'
40cycles
结果:成片长长的很亮的拖带
请高手指教
样品 仅剩5ul
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+田田+[使用道具]
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稀释n倍,再反复摸条件(保证每次有1000个分子)
条件好,引物好,一次就出来了
何必nest
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8黑眼圈8[使用道具]
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稀释n倍,再反复摸条件(保证每次有1000个分子)
条件好,引物好,一次就出来了
何必nest

=================================================

现在问题在于,根本无法知道模板的量,又不敢去定量(太少)
而且就怀疑是模板太少了
高手指点
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Darcy[使用道具]
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用类似的序列当模版来摸条件

如果时间允许
合成两边引物的两段,中间连加点废物,来构建类似序列
来膜条件---------------当然前提是你的模版足够珍贵,值得摸条件
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=菓子=[使用道具]
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请问:像第二轮反应后,跑胶,泳道出现很亮的拖带的主要原因是什么?
有什么方法解决
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zhezhe[使用道具]
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可以试试第2轮扩增用比较高的退火温度
偶一般首轮扩增就是看不到带
也要稀释100倍才做第2轮扩增
要是你用5ul原液
阴性对照都有可能出带
还有你的引物是哪里合成的?
都说博亚合成的不错
上次也给我合成错了
测序居然少一个建基
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zhezhe[使用道具]
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可以试试第2轮扩增用比较高的退火温度
偶一般首轮扩增就是看不到带
也要稀释100倍才做第2轮扩增
要是你用5ul原液
阴性对照都有可能出带
还有你的引物是哪里合成的?
都说博亚合成的不错
上次也给我合成错了
测序居然少一个建基
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8黑眼圈8[使用道具]
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8
 
今天又试了一次
更奇怪的事出现了
我将nest pcr 产物取1ul做10倍和100倍稀释,再从中分别取1ul 做模板
退火55度,10倍和100倍稀释的模板未出现带,而60度的却出现了亮的smear
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zhezhe[使用道具]
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不好意思
以上用了同实验室人的名

有没有人帮忙分析一下呀
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飞天小鹿[使用道具]
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你的引物的tm值是多少?
你看到没有你的退火温度一高就有了非特异性条带:两次了吧
那么你可以试着把你的退火温度提高一度或着4度
你也可以把你的mgcl的量提高到2.0
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