小中大将我的protocol写上:
1. length:64bp
PCR BUFFER 10* (5mM Mgcl2) 3ul
Mgcl2 25mM 3,5ul
dNTP 25mM 0,35ul
sense primer 10pmol/ul 2,5ul
antisense primer 10pmol/ul 2,5ul
probe 10pmol/ul 2ul
hotstar 0,25ul
water up to 20ul
cDNA or DNA 10ul
2. length:94bp
PCR BUFFER *10 15mM Mgcl2 3ul
Mgcl2 25mM 3ul
dNTP 25mM 0,35ul
sense primer 10pmol/ul 2,5ul
antisense primer 10pmol/ul 2,5ul
probe 10pmol/ul 2ul
普通Taq(Roche ) 0,25ul
water up to 20ul
cDNA or DNA 10ul
Program: 95oc 600s
94oc 15s
62oc 60s
40cycles
我的内参用的是ABL,protocol与1。一样,program也一样。
事实上,除了镁离子之外,到现在我也没有算过其他成分的终浓度,但是体系很好很稳定,可能是我的幸运之处。
近两个多月,我一直在做RT-PCR系统优化,这个工作真是很痛苦,跑了都有上百遍realtime PCR了。而且当系统扩增不好时,有时自己也不知道是哪里出了问题。体会最深的:1.镁离子的优化,当从2mM做到5.5mM时,可以很明显看到扩增效率从低到高再到低的过程。但是工作量很大。
2. Taq 酶,没有任何一种taq适用于全部。我的l两个体系刚开始都用hotstar,结果一个体系怎么优化扩增效率只有0.7左右,换了taq后,扩增效率一下提高到0.95以上。
3. 退火温度: 两种基因taqman系统我从56做到64度,有点失之毫厘谬以千里的感觉,温度相差一两度,扩增效率可以有天壤之别。
4.对于引物和探针,两个引物只要能扩增出目的基因就算是符合基本要求了。事实上我的两个引物设计不是太好,Tm相差有点大,在Taqman系统没有太大麻烦,但是在SYBRGREEN系统中寻找退火温度时遇到不少困难,但是只要有耐心,是可以找到最优的体系的。
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