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标题:【讨论帖】普通PCR技术

IAM007[使用道具]
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【讨论帖】普通PCR技术

咖啡者,香甘醇酸苦五味俱全,原始而又粗犷,深邃而又耐人寻味。
早期“科学咖啡馆”的雏型为J.J.汤姆森在19世纪末建立的卡文迪许物理学会,科学家每天午后茶时漫谈,他们谈他们看到、听到、测试、观察到的现象和发生的事件。卢瑟福在领导这个实验室时把午后茶漫谈变成他领导的科学家们每天最重要时刻。后来传于世的剑桥风格——“在悠闲中治学”、“自由和独立的工作”便源于此。
卡文迪许实验室为国际顶尖实验室,在物理、分子生物学方面培养了20多位诺贝尔奖获得者,和数以百计的优秀科学家,被誉为"现代物理学的发源地"。
PCR版开此咖啡吧,绝非奢望能望顶尖实验室之项背。PCR版只是希望借咖啡之名,网络广大战友,一同来畅谈实验经验、实验感受和实验生活。既能探讨科学,又能交朋访友,岂不快哉!
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bojitu[使用道具]
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坐个沙发试试!!
在PCR专业版谈经验有点班门弄斧的味道,毕竟是新手上路。
暂且说一说自己将近一个月的PCR生活,希望和刚开始着手PCR的战友一起讨论一下
2008.4.1 自己经过几天的准备后终于开始了自己的pcr之旅,当时听师兄说过普通pcr其实难点就是提rna 和 引物退火温度摸索。漫漫pcr摸索苦旅即将开始,而且我需要测三个指标,着手前是相当的头疼啊。
不过很幸运的是经过三周多的试验,自己三个指标还算顺利的完成。如果非得说一下经验的话,或许自己最得意的还是rna的提取,前一段时间已经在本版发过应助贴,如下
1. 加trizol前PBS是否洗涤,去除死细胞
2. 震荡时避免应用斡旋振荡器,以防破坏RNA全长
3. 4度离心15分钟,12000g/分
4. 取上清(一定要小心,避免枪头碰到下面白色层)
5. 4度离心10分钟120000g/分
6. 上下颠倒使rna块悬浮,洗涤rna块
7.离心5min,12000g/分离心
8.倒掉EP管中液体,一般情况下,放置一会,肯定会有较多剩余乙醇,小心用枪头吸出,用不着非得等到干燥(个人意见)。
9加30ul DEPC水稀释
总RNA的提取
在一个就是引物的设计和退火温度的选择。引物设计方面奉劝一些和我一样的新手,千万不要轻信文献上的引物序列,包括国外的文献;当然对他们的不信任是一个方面,另外还要考虑,试验条件的不同所引起的误差。自己可以在引物设计软件上如oligo 和 priemer 下些功夫自己设计,再者可以找公司设计,但也需要自己对设计原理及一些原则熟悉,便于分析。 千万别忘了blast一下引物 ,看和你的基因序列匹配程度,及和其他基因非特异结合的情况。这些方法在园子里都可以搜索到
退火温度选择上,我是让takara合成的,由于我们实验室的pcr仪不能设梯度温度,一次只能取一个温度摸索,我就是取得合成报告单上两条引物退火温度的大约平均值的位置。结果全部出了结果,建议大家用takara合成的引物试一下。(师兄及其他高手说摸条件时一般情况是要比合成时报告的引物退火温度低4~5度,虽然有一定道理,不过我觉得并非定论)
一个和我一起跑的做了三次做出来,经验还是老一套,不过往往是在自己亲身经历后才能更理解:就是温度越低菲特异性就越高,特异性越低,但容易出目的条带;温度越高则相反。一旦没有目的条带,就得考虑降低温度(一般以2度左右为阶差),但非特异性条带出现的几率就更大了。
其他的除了操作方面规范,不要少加或多加了试剂(实验室里经常犯的毛病,毕竟pcr试剂盒的试剂种类还是有点炫目,呵呵),是不会出什么问题的。
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seagate[使用道具]
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本人前半年是做细胞培养的,现在就是提细胞的RNA,然后做反转录PCR。真是万事开头难啊。什么事都是不顺利的。首先准备配置去除RNA酶的DEPC水就够麻烦的。都说DEPC是剧毒物质,是致癌物,因为科里没有通风柜,为了减少危害只好在晚上人少的时候自己配制,把所有的窗户打开,白大衣,口罩,帽子,两层手套全副武装,但心里还是直打鼓。我第一次细胞RNA的结局以失败而告终。cuturl('http://www.dxy.cn/bbs/thread/11394759')。个人感觉做PCR真是比细胞培养的要求一点都不低啊,呵呵。现在想想,还是出了一些问题,例如我用的酒精就不是新启封的,而是前人剩下的,也不知是不是污染了,今后一定要换新的。对于PCR也是一头雾水啊,看了lanniaoxxx的帖子也是收益匪浅,引物是我参考的国外文献的,直接拿来就用了告诉公司合成,公司的速度也挺快,就是不知道质量怎么样,我也没有偶那个oligo 和 priemer 更不会blast,心里真的是没底啊,看来以后的路注定不平坦了,实验室里没有一个人做PCR,自己连PCR仪器的使用都还不熟悉,连编程都还不会,说起来真是惭愧啊。只能自己摸索了,以后会好好关注本版,努力向其他战友学习,把实验完成。
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bs4665[使用道具]
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支持开张!
正好做PCR,一起聊聊。
1.不要偷懒,实验尽量独立完成,我试过让别人帮忙的,但是似乎每个人手法不同,导致最后误差很大哦。但是我一个人做的结果还是蛮平行的。
2.关于污染,这种实验一定要戴口罩,手套,尽量有条件在超净台上工作。
3.离心的时候一定要配平,不然离心完了,实验也就完了Big Smile,本人见过离心机内一股青烟升上天空……
4.注意保护自己。
5.尽量固定试剂公司,有条件的实验室可以一次多买些,毕竟不同批号的也有一些差异。
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langlang[使用道具]
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本人前期做了2个多月的普通PCR,主要是做PCR-RFLP及AS-PCR测基因多态性SNP的,由于一切都是自己从头摸索的所以还是有一些心得和感受的,在此与大家分享一些。
1。首先是标本的收集和DNA的提取,我收集的是病人外周血标本,为了节省时间我将所收集的标本显放在-20摄氏度保存,最后将所有的标本一起提的DNA,最长的标本放置了有4个多月,但提取的DNA的质和量均较满意。
2。其次是做PCR了,个人感觉引物的设计和反应条件至关重要,我得经验是参考国外影响因子较高的文献中的引物和反应条件较可靠也省时,参考国内的还不如自己设计。
3。至于操作细节,个人感觉以下几点很重要:1.先加总体系后分装 2.取试剂前将试剂摇均 3.加入试剂后用枪头吹打数次 4.最后全部加完后放在振荡器上稍振荡一下(使体系混均),然后在离心机上离心数秒钟。5。使用PCR仪之前每次都要检测一下自己的程序有没有被改动。
4。至于污染问题,我感觉普通PCR的要求还是很松的,我用的均是进口的材料,所以无论枪头还是ep管均打开后直接用的,也没有戴口罩,帽子,更没有在超净台上操作,但跑出来的条带还是比较满意的。
在此声明,以上均为个人试验总结,若有不对的地方,也请大家给我提出宝贵意见。谢谢
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我觉得PCR过程中,防止污染是很重要的一个工作。PCR只需几个DNA分子作模板就可大量扩增,应注意防止反应体系被痕量DNA模板污染和交叉污染,这是造成假阳性最大的可能。
(1)DNA处理最好用硅烷化塑料管以防粘附在管壁上,所有缓冲液吸头、离心管等用前必须高压处理,常规消耗用品用后作一次性处理,避免反复使用造成污染。
 (2)PCR在超净台内进行,操作前后紫外灯消毒。超净台内设内供PCR用微量离心机、一次性手套、整套移液器和其它必须品;移液品用一次性吸头和活塞的正向排液器,防止移液器基部污染。
(3)PCR操作应戴手套并勤于更换,必要时应戴好帽子和口罩,就像做手术一样,要有“无菌观念”。
(4)成套试剂,小量分装,专一保存,防止它用。配制试剂用新器具,用后作一次性处理。
(5)试剂管用前先瞬时离心(10s),使液体沉于管底,减少污染手套与加样器机会。
(6)最后加模板DNA(包括在石蜡油后),马上盖好,混匀,瞬时离心(10s),使水相与有机相分开。加入模板且忌喷雾污染,所有非即用管都应盖严。加模板DNA后应更换手套。
(7)实验设阳性、阴性对照。
还有诸如:移液枪用完要放到最大计量位置,防止久了弹簧失活;防止RNA酶污染标本;低温下操作,防降解;试剂有致癌致畸作用,做好个人防护;头脑中各操作布骤要清楚,不要加错试剂;作完实验后水浴要关,冰盒里的冰要倒掉,不然漏电,发水灾的可能。暂时就想到这么多。
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1、做DNA的话标本不用-20℃保存也可,因为DNA很稳定,4℃甚至室温保存很长时间的标本都可以很好地提取出高质量的DNA。
2、做微量DNA提取时(如口腔粘膜、血斑等标本),用过国产的几种微量DNA提取的柱子,普遍效果不好。用伯乐的Chelex树脂提取方便又好用,用过国产的Chelex试剂盒效果不好,看起来颗粒明显的较伯乐的大,所以效果不好。
3、想省心的话可用Primer3在线设计软件,成功率比较高。专业点可用Oligo和Primer premier一起设计,尤其使用Oligo设计成功率高。
4、预防或消除污染可用稀酸擦拭试验台等,但注意不要用酸性液体擦拭移液器的金属部分和金属的实验台,以防腐蚀。
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有个问题请教,不知道在这里问得是否合适。
如果想做PCR-RFLP试验,是否一定要做巢式PCR,如果普通PCR做出的条带很亮,是否不用再做巢式PCR?
请教各位高手了!
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wood533[使用道具]
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1.设计实验时要想清楚,要做好各种准备
2.记得做对照
3.样品多的话标签很重要,一旦弄错了,后果可能很严重
4.操作的时候尽量少说话或者不说话,保持头脑清醒,一旦多加了少加了某种试剂后果也可能很严重。
5.做RNA的话,RT之前都要千万小心无处不在的RNA酶。
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不论做什么,都要认认真真的亲力亲为。
试过一次偷懒,提取RNA的时候请了一个外行的人帮忙研磨,结果那批结果都不好,也许说起来有点牵强,但自那以后我都是自己认认真真亲力亲为,就不再出现这种情况了。
总结了这么多次实验,只要是匆忙做的都结果不理想,只要是慢慢认认真真做的都基本上结果很好。
不要同一时间做两个不相干的实验,以为可以节省时间,实际上到头是吃力不讨好。也不要在自己状态不好的时候做这种精细的实验,很容易出错的。
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