PCR仪 » 讨论区 » 经验共享 » 【求助】设计引物时的基因保守序列

采购询价

点击提交代表您同意 《用户服务协议》 《隐私政策》

 12  1/2 12››
 
需要登录并加入本群才可以回复和发新贴
打印 | 推荐 | 订阅 | 收藏

标题:【求助】设计引物时的基因保守序列

jujuba[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 79697
精华 0
积分 612
帖子 903
信誉分 100
可用分 5331
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-12-14
状态 离线
1

发表于 2015-10-9 15:31 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】设计引物时的基因保守序列


设计引物时要求在基因保守区内设计，保守区是指什么？是基因的蛋白翻译区还是转录区呢？请高手指点下，谢谢！！
顶部
seagate[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 114508
精华 0
积分 601
帖子 922
信誉分 100
可用分 5343
专家分 0
阅读权限 255
注册 2013-9-25
状态 离线
2

发表于 2015-10-9 15:31 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我们所理解的保守区就是指mRNA外显子上的编码序列，也就是你说的蛋白翻译区。
顶部
yonger[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 74174
精华 0
积分 572
帖子 803
信誉分 100
可用分 4861
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-10-7
状态 离线
3

发表于 2015-10-9 15:32 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
应该是指 相关物种中 同源基因 蛋白氨基酸序列中的保守区
先找到 同源基因的 蛋白氨基酸序列，比对，找到高度同源区域，再回到cDNA序列设计引物
顶部
jujuba[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 79697
精华 0
积分 612
帖子 903
信誉分 100
可用分 5331
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-12-14
状态 离线
4

发表于 2015-10-9 15:32 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

哦，怎么找到高度同源序列呢？我用DNAMAN比对了大鼠、恒河猴、欧洲牛、小家鼠、智人的目标基因，出来的一致性（idendity）是39.90﹪，并且图示上一致的核苷酸很分散，没有连成片的区域，也就是保守区找不到了，怎么设计引物啊？？DNAMAN分析结果如附件图片所示，怎么办呢？


查看积分策略说明
附件
2015-10-9 15:32
71618754.snap.jpg (43.9 KB)
 
顶部
seagate[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 114508
精华 0
积分 601
帖子 922
信誉分 100
可用分 5343
专家分 0
阅读权限 255
注册 2013-9-25
状态 离线
5

发表于 2015-10-9 15:33 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

请比对大鼠、恒河猴、欧洲牛、小家鼠、智人的目标基因 的蛋白氨基酸序列（不是DNA序列，用软件翻译或上网查）
顶部
jujuba[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 79697
精华 0
积分 612
帖子 903
信誉分 100
可用分 5331
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-12-14
状态 离线
6

发表于 2015-10-9 15:33 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

氨基酸序列已经比对完毕，如附件所示，下一步怎么操作呢？一致的区域分好几段，选那段好些？现在是氨基酸序列，怎么变成核苷酸序列呢？有什么软件吗？


查看积分策略说明
附件
2015-10-9 15:33
97014627.snap.jpg (37.65 KB)
 
顶部
jujuba[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 79697
精华 0
积分 612
帖子 903
信誉分 100
可用分 5331
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-12-14
状态 离线
7

发表于 2015-10-9 15:33 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

哦，明白了，要回到cDNA序列才行，现在是氨基酸序列，如何才能回到cDNA序列呢，用什么软件呢？
顶部
sunnyB[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 77335
精华 0
积分 581
帖子 862
信誉分 100
可用分 5059
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-11-16
状态 离线
8

发表于 2015-10-9 15:34 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

pp5可以
顶部
jujuba[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 79697
精华 0
积分 612
帖子 903
信誉分 100
可用分 5331
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-12-14
状态 离线
9

发表于 2015-10-9 15:34 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 sunnyB 于 2015-10-9 15:34 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

pp5可以

pp5是primer primer5.0吗？我试试看，谢谢回答
顶部
jujuba[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 79697
精华 0
积分 612
帖子 903
信誉分 100
可用分 5331
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-12-14
状态 离线
10

发表于 2015-10-9 15:35 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

用primer primer5.0把蛋白序列翻译成DNA序列后，碱基怎么不是ATGC呢，还有R、Y、N、S、W等碱基呢？如图示：请高手解答下，谢谢


查看积分策略说明
附件
2015-10-9 15:35
40668667.snap.jpg (33.93 KB)
 
顶部
 12  1/2 12››