小中大近来国内外所用的DNA多态性检测手段还有：TaqMan方法、变性高效液相色谱技术(DHPLC)、质谱分析(Mass Spectrometry Assay)、DNA芯片、根据DNA列阵的微测序法、动态等位基因特异的杂交等。
但是,
Taqman方法针对SNP位点变异设计特异性的探针，探针标记成本较高；采用荧光淬灭及双末端标记技术，有淬灭难以彻底、本底较高的缺陷；采用酶外切活性，定量时受酶性能的影响。
DHPLC技术和质谱分析分别需要用到高效液相色谱仪与质谱仪，设备昂贵，难以在临床诊测中推广。
DNA芯片由于高通量等优点在SNP检测中得到大量应用，但其依靠野生型与突变型基因杂交动力学的差异对突变位点进行检测，由于不同位点之间的杂交动力学差异不同，在进行多位点同时检测时条件难以控制、可重复性差，易出现假阳性假阴性结果。
微测序作为一种基于阵列的突变分析，目前还面临着如何降低假阴性率和靶核苷酸序列组成的变异等关键问题。
