生物质谱

我所做蛋白，说明书上说分子量为70KD。发表的文章上作出的分子量也不是很一致，有的在80KD，有的90KD，还有100KD，样本都是大鼠的。师姐用细胞样品做现出来的条带在70-100KD间属于正常范围内，我做是大鼠样本，每次WB显影出的条带分子量都稍微小于70KD，与实际分子量有点不符，我跟师姐所用抗体浓度一样，不知道所显出来的条带是不是我的目的条带呢？

有钱的话，可以送去测氨基酸序列，不过费用特别高，不是一般实验室能接受的。

是不是蛋白发生变性造成的？

做个质谱测两者分子量，再分别用用红外和紫外测一下两者的二级和三级结构，比较一下就可以知道。以Ediman降解为原理的自动多肽测序仪一般无法直接测定多肽的氨基酸侧链修饰，用质谱测序能够测出，但是那样测序比用自动测序仪还贵，用质谱测蛋白质的分子量并不贵。

用肽谱分析也可以，如果两者蛋白质的主链相同，但是一者侧链存在修饰，可以用肽谱分析方法大致知道修饰位点在一级结构的哪段，这样可以有针对性对该段序列进行精确测定，可以用质谱分析，也可以用化学分析方法。具体实验的Protocols，包括:Peptide mapping,请见：T.E.Creighton edit, Protein structure-----A Practical Approach,Oxford University Press,1997.

用肽谱分析也可以，如果两者蛋白质的主链相同，但是一者侧链存在修饰，可以用肽谱分析方法大致知道修饰位点在一级结构的哪段，这样可以有针对性对该段序列进行精确测定，可以用质谱分析，也可以用化学分析方法。具体实验的Protocols，包括Peptide mapping,请见：T.E.Creighton edit, Protein structure-----A Practical Approach,Oxford University Press,1997.

这个可能和胶的浓度有关啊

这个会跟分离胶啊浓缩胶的浓度有关系么？我也在怀疑这个，可是又没有依据

不可能与胶浓度有关系就能够达到80-100KD的分子量差异，一个氨基酸残基才110D，差20KD的分子量的蛋白质的一级结构肯定不同，一般不可能有如此大分子量的侧链修饰。除非是糖蛋白，有可能糖分子的含量能够到达30%，而在不同的提取过程中，很可能糖链的保留情况很不相同，或者在细胞中糖链就呈现极大的多样性，因此无法认定那种糖蛋白质是标准蛋白质，如果不是糖蛋白，那么即使SDS-PAGE测定的蛋白质的分子量达到80-100KD的分子量差异，这是SDS-PAGE测定该蛋白质的线型分子量规律已经被打破，也就是不能用电泳在测定分子量了，那么也就必须用质谱重新测定分子量，质谱测定同种蛋白质不可能出现如此的差异。

WB出的结果比理论值小的情况很常见啊
送样做个MALDI—TOF吧~