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标题:引物的Tm值计算要不要包括不与模板配对的碱基啊

mooon[使用道具]
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发表于 2011-9-20 13:33 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

引物的Tm值计算要不要包括不与模板配对的碱基啊

引物的Tm值计算要不要包括不与模板配对的碱基啊 [转载]


由于在引物的5‘端设计酶切位点，但是这部分碱基不与模板配对，那么在计算引物的Tm值时还要不要把这些碱基考虑在内呢？
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blueeye[使用道具]
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发表于 2011-9-20 13:33 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
应该是要的吧
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发表于 2011-9-20 13:36 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
看了很多关于引物设计方面的文章，但关于这个方面却几乎都没有涉及，所以也就很糊涂了。我要在和模板配对的部分前边加上9个碱基，这些不与模板配对。包不包含这9个碱基，其Tm值相差有将近20度，所以想请教大家，拜托！
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发表于 2011-9-20 13:37 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我不知道你设计的引物有多长，因为引物的长度超过20个bp计算公式就不能利用了。建议你使用软件设计。
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@花开花落@[使用道具]
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发表于 2011-9-20 13:37 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
你可以前五个循环不包括前边的9个碱基，后边的25个循环再加上，但就像楼上说的，引物太长不适用(G+C)*4+(A+T)*2.
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zhezhe[使用道具]
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发表于 2011-9-20 13:38 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我觉得还是要算上哪9个碱基  
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发表于 2011-9-20 13:38 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
一般来说5’端飘悬的序列对退火温度的影响是不大的，关键看配对区的TM，在引物设计时只要充分考虑了非配对区对配对区的影响，在计算TM时可不考虑非配对区影响。当然，如果非配对区过长的话就得考虑其错配影响了。  
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麻瓜[使用道具]
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发表于 2011-9-20 13:39 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
就我所知是不算的。（实验室的老师同我说的）
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@花开花落@[使用道具]
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发表于 2011-9-20 13:39 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我所知，不用考虑前面的非配对碱基
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韩梅梅[使用道具]
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发表于 2011-9-20 13:40 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
短于25bp的双链寡核苷酸
Tm = 2 (A + T) + 4 (G + C)
长于25bp的双链寡核苷酸
Tm = 81.5 + 16.6 ( lg[J+] ) + 0.41 (%GC) - (600/N) - 0.63 (%formamide)
N -- 引物的长度(以碱基数计算)
J+ -- 单价阳离子浓度
这样算下来，加不加前面的碱基确实不会差太多。
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