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标题:【求助】蛋白酶把胰岛素A链和B链进行酶切

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发表于 2015-10-18 12:47 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】蛋白酶把胰岛素A链和B链进行酶切

有两个蛋白酶把胰岛素A链和B链进行酶切，通过质谱来分析剪切位点。
想搞明白，质谱是如何分析这些剪切位点的。
求帮忙，谢了。


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2015-10-18 12:47
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PP熊[使用道具]
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发表于 2015-10-18 12:48 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

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一般是用酶去消化后，将消化终止，将消化后的样品做LC-MS或者MS/MS，就会得到一系列的片段，再比对理论片段的大小，得出酶切的位点
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发表于 2015-10-18 12:48 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

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假设你知道蛋白质的序列，
MS/MS可以用de veno的方法得到多肽序列，然后比对。
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发表于 2015-10-18 12:49 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

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问题是不知道蛋白序列
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发表于 2015-10-18 12:49 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

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楼主的问题有点没看懂。按我的理解的话“质谱是如何分析这些剪切位点的。”质谱在做MS/MS分析的时候是可以把肽链打碎的，碎裂成为一些更小的肽片段，通过碎片m/z分析可以基本确定每个片段的氨基酸组成，然后进行碎片拼接可以得出肽段序列。不知道有没有表达清楚
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发表于 2015-10-18 12:50 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

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楼主的问题有点没看懂。按我的理解的话“质谱是如何分析这些剪切位点的。”质谱在做MS/MS分析的时候是可以把肽链打碎的，碎裂成为一些更小的肽片段，通过碎片m/z分析可以基本确定每个片段的氨基酸组成，然后进行碎片拼接可以得出肽段序列。不知道有没有表达清楚
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发表于 2015-10-18 12:50 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

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你的问题不清楚，2个蛋白酶是同时使用，还是分开使用？
不知道蛋白质序列，那只能从多肽序列来推导，多肽序列现在比较多的是从MS/MS中推导（b and y ions)。
但是如果你没有参考序列，根本不可能从多肽序列推导到蛋白质序列，比如我有2个多肽AAAA和LLLL，你不知道酶切位点，那可能是AAAALLLL也可能是LLLLAAAA。而一个蛋白质可以很大，比如1000个以上的氨基酸，太难了。
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发表于 2015-10-18 12:51 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

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我对质谱有点不是很明白。想问的问题的确是“质谱是如何分析这些剪切位点”。感谢你的回答，简单明了，谢谢
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发表于 2015-10-18 12:52 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

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是单独分开使用蛋白酶消化已知序列的多肽。
我想问的是问题是，怎么使用MS来分析这些被消化后的片段氨基酸，从而来确定剪切位点。
据我所知，可以通过数据库来分析，不知道是不是这样？
谢谢你的回答，好人一生平安，祝福。
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 小中大

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