小中大请教:1. 做半定量RT-PCR,是同管扩增还是异管扩增更被认可?
2.对人的正常和病变组织,是选择b-actin 还是GAPDH?
3. 因为目标基因是自己设计和引用文献的的,b-actin买的成品,没考虑是否有引物间的干扰。但同管能把两者都扩出来,是否还要再查一下的序列是否相互形成二聚体呢?
请各位高人指导。
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你的这些问题很多资料都有说明,包括权威的nature,science等,其实做半定量目前最值得看好和推崇的方法就是自己做内参,不要看家基因做,主要原因是考虑到所有的看家基因,包括你说的b-actin ,GAPDH,还有28S RNA都存在不同条件表达量会改变的结果,有几篇文献都描述了这几种看家基因作为内参的特点,比较了其优缺点,倒是大家都很推崇28SRNA它的“稳定”性!
刚才说了,自己做内参已经不是什么新鲜的事了,2001,02就有这样的文章发表了,这样的做法可以排除管与管间的差别,也能排除引物与引物间的差别,因为这种方法采用的竞争性的模板,用的是相同的引物,在同一个管内进行!这样的一个方法基本上不存在你问的问题!:)
这个方法相对比较麻烦一点,做的东西多一些,你实在不想这样做,也没所谓的,还是照老方法做吧,我想同管和异管都曾经实施过,你看看资料吧!
半定量不是很准,因为最终要确定还是要依赖Nothern!