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标题:请教管家基因

雪花子[使用道具]
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请教管家基因

请教管家基因 [转载]


请教:1. 做半定量RT-PCR,是同管扩增还是异管扩增更被认可?
2.对人的正常和病变组织,是选择b-actin 还是GAPDH?
3. 因为目标基因是自己设计和引用文献的的,b-actin买的成品,没考虑是否有引物间的干扰。但同管能把两者都扩出来,是否还要再查一下的序列是否相互形成二聚体呢?

请各位高人指导。
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=菓子=[使用道具]
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请教:1. 做半定量RT-PCR,是同管扩增还是异管扩增更被认可?
2.对人的正常和病变组织,是选择b-actin 还是GAPDH?
3. 因为目标基因是自己设计和引用文献的的,b-actin买的成品,没考虑是否有引物间的干扰。但同管能把两者都扩出来,是否还要再查一下的序列是否相互形成二聚体呢?

请各位高人指导。

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你的这些问题很多资料都有说明,包括权威的nature,science等,其实做半定量目前最值得看好和推崇的方法就是自己做内参,不要看家基因做,主要原因是考虑到所有的看家基因,包括你说的b-actin ,GAPDH,还有28S RNA都存在不同条件表达量会改变的结果,有几篇文献都描述了这几种看家基因作为内参的特点,比较了其优缺点,倒是大家都很推崇28SRNA它的“稳定”性!
刚才说了,自己做内参已经不是什么新鲜的事了,2001,02就有这样的文章发表了,这样的做法可以排除管与管间的差别,也能排除引物与引物间的差别,因为这种方法采用的竞争性的模板,用的是相同的引物,在同一个管内进行!这样的一个方法基本上不存在你问的问题!:)
这个方法相对比较麻烦一点,做的东西多一些,你实在不想这样做,也没所谓的,还是照老方法做吧,我想同管和异管都曾经实施过,你看看资料吧!
半定量不是很准,因为最终要确定还是要依赖Nothern!
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purrr[使用道具]
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补充一下ALEX的说法,有的表达丰度低的mRNA 要信赖定量PCR,因为Northern 敏感度不够。我们就在这个问题上栽过,试了好久也试不出,上多少样也不成。
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purrr[使用道具]
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补充一下ALEX的说法,有的表达丰度低的mRNA 要信赖定量PCR,因为Northern 敏感度不够。我们就在这个问题上栽过,试了好久也试不出,上多少样也不成。
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金手指[使用道具]
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选内参要谨慎啊。这些所谓的看家基因分别在某些疾病会有表达差异的。我用actin就栽了跟斗啦。
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微笑的海豚[使用道具]
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补充一下ALEX的说法,有的表达丰度低的mRNA 要信赖定量PCR,因为Northern 敏感度不够。我们就在这个问题上栽过,试了好久也试不出,上多少样也不成。

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同意你的看法!用real-time是最好的!
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雪花子[使用道具]
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谢谢各位指导。
real-time PCR 成本太高了,未敢问津。:p

to Duke_SM
请问如何发现b-actin在疾病中的变化的?我在比较炎症和正常组织中某种多肽的表达,用actin作内参。:p

thanks
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长发piaopiao[使用道具]
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比较难,也根本不可能去做因为那将与你的课题相离太远,可以查查相关的文献,另外可以参考文献中类似的研究所用的内参照:p
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回眸[使用道具]
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我是搞肿瘤的。用actin做内参,发现所有的靶基因在肿瘤中都低表达,有点怀疑,然后把癌组织连同癌旁正常组织切一块下来,免疫组化,就知道actin在肿瘤高表达。我当然不是说在所有肿瘤中,actin都高表达,只是我研究的这种。
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喵咪[使用道具]
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半定量real-time PCR(使用Sybr green,Roche)价格相对便宜.

具体见cuturl('http://www.wzw.tum.de/gene-quantification/')
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