HELP！genbank中的信息！

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标题:HELP！genbank中的信息！

911[使用道具]
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发表于 2011-9-24 12:59 资料个人空间短消息加为好友

小中大

HELP！genbank中的信息！ [转载]

如何识别外显子，内含子；编码区，启动子？
为何基因全长远远大于基因克隆时的DNA的bp数？
PCR；RT-PCR在引物设计时有什么区别？
从基因组DNA中扩增目的基因时，设计引物有什么要求？有何特点？
谢谢！

韩梅梅[使用道具]
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发表于 2011-9-24 13:00 资料个人空间短消息加为好友

小中大

在GENBANK中promoter 为启动子，exon 为外显子，intron 为内含子，由于有内含子，所以基因全长远远大于DNA数，RT-PCR可利用polyA，也就是用oligodt
作引物

按秒计算[使用道具]
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发表于 2011-9-24 13:00 资料个人空间短消息加为好友

小中大

何基因全长远远大于基因克隆时的DNA的bp数？

要扩增的目的基因长度为300bp,而GENEBANK给出的mRNA序列为500bp,你问的是这个问题吧。CDS前面那段好象是（Ψ序列）RNA聚合酶结合启动子序列，以及基因转录起始位点等等。

拿RT-PCR来打比方，如果你要设计一对引物，目的是要扩增一个基因的全序列，也就是为了将来能方便做下一步的真核转染及其其他的后续工作，那么你设计引物的时候就要考虑CDS序列，也就是这个基因完全能翻译成蛋白质的那部分，设计的时候要从CDS开始，ATG开头，TAA等终止密码子结尾。根据要采用的载体你还要添加酶切位点和保护碱基。
以我个人喜好，我喜欢选择3'端碱基为G或C。
之后要用一些软件验证引物/

椰子叶子[使用道具]
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发表于 2011-9-24 13:01 资料个人空间短消息加为好友

小中大

如何找出外显子、内含子、启动子的起始？
如何知道在一个基因的几个外显子中，哪个为非翻译区、翻译区、编码区？
DNA complete cds 与cDNA complete cds 的用途区别？
misc feature 是意思？

小米虫子[使用道具]
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发表于 2011-9-24 13:02 资料个人空间短消息加为好友

小中大

NC_000004. Homo sapiens chro...[gi:42406221] Links

LOCUS NC_000004 882 bp DNA linear CON 20-FEB-2004
DEFINITION Homo sapiens chromosome 4, complete sequence.
ACCESSION NC_000004 REGION: 75313047..75313928
VERSION NC_000004.8 GI:42406221
KEYWORDS HTG.
SOURCE Homo sapiens (human)
ORGANISM Homo sapiens
Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
Mammalia; Eutheria; Primates; Catarrhini; Hominidae; Homo.
REFERENCE 1 (bases 1 to 882)
AUTHORS International Human Genome Sequencing Consortium.
TITLE The complete sequence of Homo sapiens
JOURNAL Unpublished (2003)
COMMENT GENOME ANNOTATION REFSEQ: Features on this sequence have been
produced for build 34 version 3 of the NCBI's genome annotation
[see documentation].
On Feb 4, 2004 this sequence version replaced gi:42406068.
The DNA sequence is part of the second release of the finished
human reference genome. It was assembled from individual clone
sequences by the Human Genome Sequencing Consortium in consultation
with NCBI staff.
FEATURES Location/Qualifiers
source 1..882
/organism="Homo sapiens"
/mol_type="genomic DNA"
/db_xref="taxon:9606"
/chromosome="4"
misc_feature <1..>882
/standard_name="RP11-6L13"
/note="FISH-mapped clone"
misc_feature <1..>882
/standard_name="RP11-94K4"
/note="FISH-mapped clone"
misc_feature <1..>882

小米虫子[使用道具]
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发表于 2011-9-24 13:03 资料个人空间短消息加为好友

小中大

/gene="PF4"
/note="Derived by automated computational analysis using
gene prediction method: BestRefseq. Supporting evidence
includes similarity to: 1 mRNA"
/db_xref="GeneID:5196"
/db_xref="LocusID:5196"
/db_xref="MIM:173460"
mRNA complement(join(1..213,339..465,785..882))
/product="platelet factor 4 (chemokine (C-X-C motif)
ligand 4)"
/note="unclassified transcription discrepancy; Derived by
automated computational analysis using gene prediction
method: BestRefseq. Supporting evidence includes
similarity to: 1 mRNA"
/transcript_id="NM_002619.1"
/db_xref="GI:4505732"
/db_xref="GeneID:5196"
/db_xref="LocusID:5196"
/db_xref="MIM:173460"
STS 66..198
/standard_name="SHGC-50926"
/db_xref="UniSTS:72804"
CDS complement(join(126..213,339..465,785..875))
/note="go_component: extracellular [goid 0005576]
[evidence IC];
go_function: chemokine activity [goid 0008009] [evidence
TAS];
go_function: heparin binding [goid 0008201] [evidence
IDA];
go_process: chemotaxis [goid 0006935] [evidence IEA];
go_process: immune response [goid 0006955] [evidence IEA];
go_process: negative regulation of angiogenesis [goid
0016525] [evidence IDA];
go_process: cytokine and chemokine mediated signaling
pathway [goid 0019221] [evidence IDA];
go_process: immune cell chemotaxis [goid 0030595]
[evidence IDA];
go_process: platelet activation [goid 0030168] [evidence
IDA];
go_process: negative regulation of megakaryocyte
differentiation [goid 0045653] [evidence IDA]"
/codon_start=1
/product="platelet factor 4 (chemokine (C-X-C motif)
ligand 4)"
/protein_id="NP_002610.1"
/db_xref="GI:4505733"
ORIGIN
1 gatttatttt gtttatttaa aatcataagg ataacacaaa tatcagaagt tctttcacag
61 ttagattgaa actggaaaaa agaagtatgc tatatagcaa atgcacacac gtaggcagct
121 agtagctaac tctccaaaag tttcttaatt attttcttgt acagcggggc ttgcaggtcc
181 aagcaaattt tccttccatt cttcagcgtg gctctggcag ggaaaagaga agagatgtga
241 ctttcagtcc ttgggtttgc aaatggcatt agaaggggga gggttgggca gaggaggcac
301 ggagcgggag cactgacaga tgcagtgcaa ggactcacat cagttgggca gtggggcagt
361 ggggtccggc cttgatcacc tccaggctgg tgatgtgcct gggacggacc tgggaggtgg
421 tcttcacaca caggcactgc aggtccccat cttcttcagc ttcagctgag ggggaaatgg
481 agagggtaag agaggaggag gggagggagt ggtgactcca tgagtagcca gaggtacttt
541 agggactttt tccactacct tcagccttct tttccttacc ataaatcaca cctcccccag
601 acagaagttg ttctaaccag gtgggaggtg caggtgcagc gcctggcact gtggccagac
661 actcagcagg ctctccgtta agtgtggctg tgatcatgat cctagaggat tcctccccag
721 ccccagggct tcccggactc cccctcgccg ctgccagccc tcacagcctg gcttctgctc
781 tcaccgctgg cgaaggcgac cacaagtggc aggagcagca accccaggaa cagcagcccg
841 gggcgtgagg cgcagaaccc ggctgcggag ctcatgctgc gg

怎么看？没写外显子、内含子及启动子呀！设计引物用那段？

小米虫子[使用道具]
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发表于 2011-9-24 13:04 资料个人空间短消息加为好友

小中大

mRNA complement(join(1..213,339..465,785..882))

1到213，339到465，785到882应该是内含子

胖小妮子[使用道具]
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发表于 2011-9-24 13:04 资料个人空间短消息加为好友

小中大

区分内含子和外显子的最简单的方法就是对比基因库中的cDNA的序列和染色体测序的结果,在ATG和终止密码之间,内含子只在后者上出现,那么在两个内含子之间就是一个外显子.启动子的位置在真核和原核细胞上是不同的,最简单的方法是在 CLONETECH GONG 公司的产品目录上寻找有标注的序列,应该有几种.
编码区是在cDNA上ATG和终止密码之间序列,非编码区包括5'端的核糖体结合位点和3'端的与翻译终止有关的以及mRNA稳定有关的序列.
至于后两个问题也就是我回答的第一个问题的另一种提问形式.当然在DNA complete cds 中可能还包括一些基因表达的调控序列.

阿拉蕾[使用道具]
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发表于 2011-9-24 13:04 资料个人空间短消息加为好友

小中大

不知道你要查哪个基因，但是有一个方法你可以去试试，很好用。查到该基因的NM号码，然后在点击这个号码以后可以看到下拉菜单里面有GRAFICS的选项，点击后就非常清楚的看得到这个基因的详细情况了，包括启动子，内含子，编码区，非编码区，外显子之类的，你需要哪一段都可以的找到，里面还有一些选项可以自己去摸索！