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标题:【求助】ployA加尾法PCR U6引物加什么?

dotaaa[使用道具]
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【求助】ployA加尾法PCR U6引物加什么?


相关疾病:
白血病

各位老师,前辈,学生生首次做microRNA,遇到一个问题,特来求助。我做的是白血病细胞株的microRNA,首先用traka 的triziol 提取了细胞的总RNA,OD260/280 是1.83,浓度大概2.5ug/ul,用ployA加尾法做逆转录(也是traka的试剂盒 D035A),加尾和逆转录的过程是在一起的,没有加任何的特异引物,试剂盒有通用的逆转录引物,逆转录完成后就用染料法做定量,待测的microRNA用特异性的正向引物,反向引物也是试剂盒配的通用引物。内参选用U6,现在的问题是我的U6的引物应该只加正向引物然后反向用通用的引物吗?
实验的过程中发现待测的miRNA曲线都有出来,我的U6加特异性正向引物和通用反向引物,曲线跑不出来,当我改成U6加正反向都是U6的引物后就可以跑出来了,但是CT值一直不高,30以后。这是为什么?
还有一个问题是U6在ployA加尾的过程中应该也会一起加尾吧,按这个道理来说,U6也加尾了,我定量的时候应该是用特异性正向引物+通用反向引物的,为什么这样就跑不出来了?而改成特异性的下游引物后就可以跑出来了。
希望各位老师、前辈帮忙解答,**。
我的U6引物是:
U6-F :5-GCGCGTCGTGAAGCGTTC-3
U6-R :5-GTGCAGGGTCCGAGGT-3
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乌贼老弟[使用道具]
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我用的U6引物序列是① U6snRNA F Primer 5‘ATTGGAACGATACAGAGAAGATT
② U6snRNA R Primer 5’ GGAACGCTTCACGAATTTG
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dotaaa[使用道具]
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上下游都加 还是可以出来的,但是想不通,还没有来得及进一步看
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wanglaoshi[使用道具]
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你好,请问你的实验中 待测的microRNA所用特异性的正向引物是如何设计的?
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dotaaa[使用道具]
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QUOTE:
原帖由 wanglaoshi 于 2015-11-7 11:56 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

你好,请问你的实验中 待测的microRNA所用特异性的正向引物是如何设计的?

因为序列比较短,我的基本上是按照原microRNA序列的,效果蛮好的。
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dotaaa[使用道具]
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和试剂公司探讨过 只加上游,下游用通用的,
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QUOTE:
原帖由 dotaaa 于 2015-11-7 11:56 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

因为序列比较短,我的基本上是按照原microRNA序列的,效果蛮好的。

我也是按照原microRNA序列设计的,但是用primer 5检测发现Tm值,二聚体,GC含量基本都不符合标准~~不知道你有没有这方面的经验?谢谢~~
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5'端修饰一下呗 这么短的序列 没有什么好的办法,PCR的条件苛刻一点了 说不定特异性会好一点,我也注意到你说的这些情况,但是没有管他,直接去跑了 ,没有想象中的糟糕,都还可以,有些有杂带的就估计是引物不好的原因(下面那个,考虑就是引物的原因,结果就不可靠了)


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dotaaa[使用道具]
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我也是按照原microRNA序列设计的,但是用primer 5检测发现Tm值,二聚体,GC含量基本都不符合标准~~不知道你有没有这方面的经验?谢谢~~

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上面双峰的图可能就是引物不好引起来的
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hyuu[使用道具]
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你好,我也要做miRNA的染料法荧光定量,也打算用takara的试剂盒,但是对有些东西还不够了解,想请教一下。
1.逆转录时需要设计miRNA的茎环引物吗?看你上面的回复,好像用polyA法似乎不用合成茎环引物啊。用的是通用引物吗?
2.逆转录之后的PCR,这一步只需要设计特异性的上游引物就行了吗?下游引物也是通用的吗?
谢谢回复。
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