生物质谱

由于目前很多物种的遗传学信息仍然十分欠缺,我们通过质谱鉴定的很多蛋白质搜索结果都是function unknown或putative proptein.在这里想请教一下各位经验丰富的高手,如果遇到这样的情况在写文章的时候应该怎样处理,是否应该去找他们的同源蛋白或者保守domain以推测他们的功能.请大家不吝赐教,非常感谢!

你的蛋白质的function都是在哪里搜到的？

是在NCBI上搜到的

如果你是做组学研究的，估计不需要对为未知蛋白作进一步的功能分析，如果是对这些未知蛋白还要深入研究，那就需要了解这些蛋白的功能了，可以做BLAST及一些功能预测软件分析，比如膜定位软件等！

非常感谢2dproteome 战友的意见!如果用BLAST分析的话氨基酸的同源性要到多少才算是一个可用的值呢?另外,如果找到了一个同源性足够高的蛋白,在文章中应该怎么描述呢,"该蛋白的功能未知,但却与某某同源性较高,很可能与其具有相同或相似的功能"这样的说法合适吗?

质谱数据的分析结果其实是蛋白质组学研究中非常重要的一环， 在质谱鉴定得到的结果怎么样处理， 这个根据个人不同的实验需求而定， 给大家提供一些分析软件和方法

1. NCBI中找不到相关功能和定位信息怎么办？

NCBI的数据库并不是最全的， 你可以辅以SWISS PROT（cuturl('www.expasy.org')） , 以及GO 数据库（cuturl('ftp://ftp.geneontology.org/pub/go/')）来查证你所鉴定的蛋白的信息。

2. 查找了目前所有的蛋白质数据库， 仍然没有定位信息？

那就只有借助相关软件进行预测了， 如果是做膜蛋白， 可以用跨膜结构域预测软件TMHMM(cuturl('http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM.')), 预测跨膜区和疏水性，如果是分泌蛋白类型的， 可以用SignalP软件进行信号肽预测 (cuturl('http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP-3.0/'))

3. 鉴定的蛋白质不知道如何分类？

利用GO TREE MATHINE(cuturl('http://bioinfo.vanderbilt.edu/gotm/')) 对所鉴定的蛋白进行biological process, cellular function, cell componets 分类， 进一步了解鉴定的各个蛋白的生物学意义。