生物质谱

请问做MRM，需要通氩气，在参数设置上需要注意什么，（我用的是Masslynx4.0的软件）？

不知你用的是Waters哪款质谱。氩气是碰撞气，碰撞气的压力通常是固定的(≈2-3×10-3 mbar)，而通常用碰撞能量来调节断裂的程度。注意在MS scan时Analyser项下的Entrance和Exit设定值较高（比如说50），Collision较低（比如0）；而在做MRM scan时则相反，Entrance和Exit值较低（0），Collision较高（30），具体的参数值当然需要你自己去优化。

我用的是Quattro micro ,现在主要做的是合成分子的化学结构鉴定,我该使用那种分析方法较好?

楼主问的问题有点笼统，不知道你指的分析方法是哪些范围，不知该怎么回答才好

我的意思是使用LC/MS/MS,还是MRM或者是其他的方法?

我认为你如果就是做化学结构鉴定，那样你只做MASS SCAN就可以拉，首先确定分子量，然后可以增加椎孔电压，看看有没有合理的离子碎片产生，从而可以帮助你推断你的化合物的结构。
Good Luck！

说实话我对定性没有太多经验，主要做定量。同意楼上的观点，通过特征碎片离子来对化合物的结构做推断，不需要做MRM（这是定量常用的），只需进行母离子（MS scan）和子离子扫描（MS2 scan）就行了，不过我觉得只是通过质谱来做化学结构鉴定肯定是不够的，只能是“推断”，还要做核磁、红外、紫外等多种方法综合解析才能最终确定化合物的结构。定性常用的质谱是采用EI（电子轰击电离质谱）和HR-ESI（高分辨电喷雾质谱），我觉得你用的Quattro Micro不是这两种质谱，应该主要是用来做定量检测的。核磁共振要做一维谱（1HNMR和13CNMR）和二维谱（H-H-COSY、C-H-COSY、HMBC、NOESY等）。总之，定性还是比较复杂的，需要丰富的结构解析知识和经验，反正对于我来说挺难的。

请问shenkai,你说的母离子，和子离子扫描，是不是就是ms/ms二级质谱？该如何做呀？

寡糖做质谱对分子量的大小要求是多少

分子量的大小是根据所用质谱检测的最大M/Z来决定的，可能做到1000——2000，但是如果产生的是分子离子，就是带多电荷，那M/Z就会小些。