生物质谱

首先声明偶是质谱盲！请高手不要见笑。

我想比较一植物经微生物处理前和微生物处理后的成分变化情况。能不能将其先分别萃取分段，然后利用质谱观察其不同段的成分大致变化情况。以得知经微生物处理后到底是哪部分成分发生了改变，是否就可以避免盲目的分离？？？？

为啥直接做质谱？成分复杂的东西做质谱普图肯定很杂，处理结果很麻烦，到不一定作不出来，不过做GC， HPLC应该都更简单啊，如果是为了定性的话做LC-MS,GC-MS

先分段收集 然后走HPLC 在走质谱得到需要的信息
不然 分析起来太复杂
可以先制备出来 在走 TOF

采用LC-MS或GC-MS分析是比较理想的方法，有条件的话同时进行GC-MS和LC-MS分析将更全面。如果没有LC-MS或GC-MS，用普通GC、LC或IC等也是可以分析的，但需与标准品比较才能定性，受到较大限制，而且由于其检测器大多具有专一性，所能检测的化合物有限。

需要指出的是，样品经微生物处理前后，成分变化会非常复杂，任何一种分析方法都不可能对所有的变化组分进行分析，样品前处理的不同、色谱柱的选择差异等也会导致检测到的组分发生改变。

实际操作时，最好是结合样品的特点，选择有意义感兴趣的组分，有针对性地选择相应的方法进行比较分析。LZ说的萃取分段后再检测，也是一种根据样品中化合物的特点进行分类分析的方法。

好多文献都是先做红外，对比看看，看看是不是有官能团的变化，然后再作GC-MS或者HPLC-MS。 许多微生物，会产酸，

由于样品有限没有办法继续分离了 又不是很纯 没有办法做氨基酸序列分析，请问这两种方法（或其中一种）得到的结果怎么能通过软件分析得到肽段对应的是蛋白的那一段序列呢（很着急 请多多帮助 先多谢了啊）？

首先MALDI-TOF-MS/MS分析酶解产物不需要纯化。
两个仪器出来的结果对肽段分子量分析结果差别很大。这个问题可能是你仪器没有校正，尤其是MALDI。
由于样品有限没有办法继续分离了 又不是很纯 没有办法做氨基酸序列分析，请问这两种方法（或其中一种）得到的结果怎么能通过软件分析得到肽段对应的是蛋白的那一段序列呢（很着急 请多多帮助 先多谢了啊）？把你的二级质谱数据上网搜库就行。

感谢啊 不知道是哪个二级质谱数据库 我刚开始做 对该体系不是很了解 还望不厌其烦 多谢了

1. 你说的nMALDI和LC-ESI-MSMS分子量不一样，是正常的，MALDI上肽是单电荷，将质荷比减去1就是肽的分子量，ESI上肽会带2个或3个电荷，分子量应该是质荷比乘以2或3再减去2或3.你方便的话可以把质谱图贴上来给你看看。
2. 无论MALDI还是ESI应该主峰是一样的（看分子量，不是质谱图上的质荷比），然后要选择出来做二级，通过二级质谱就可以推断其系列。或者你可以参考楼上说的做个数据库检索就知道了。
3.你把问题弄复杂化了，最简单的方法是跑SDS-PAGE，然后把目标条带切下来做酶解，上MALDI做一级质谱（肽指纹谱），然后将这个蛋白的序列做理论酶解和MALDI测出来的一级图进行匹配，看质谱出来的是不是你的目标蛋白。网上有专门的工具来计算一个蛋白质的理论酶解肽，SwissProt上有。

首先非常感谢大家的热心帮助 wonder2011您说的3.跑SDS-PAGE 我跑过 分子量小于10KD 的基本上没分开 再者 条带比较多 另外 分子量较小的是否就无法鉴定了呢 下面我把我的谱图上传 请帮助分析一下 非常感谢啊 另外可否请wonder2011和hello-gzr留个联系方式给我 我电话或邮箱联系你们 多谢了啊 我的email：wenzi88888@126.com QQ:43520485