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质谱数据的分析结果其实是蛋白质组学研究中非常重要的一环, 在质谱鉴定得到的结果怎么样处理, 这个根据个人不同的实验需求而定, 给大家提供一些分析软件和方法
1. NCBI中找不到相关功能和定位信息怎么办?
NCBI的数据库并不是最全的, 你可以辅以SWISS PROT(cuturl('www.expasy.org')) , 以及GO 数据库(cuturl('ftp://ftp.geneontology.org/pub/go/'))来查证你所鉴定的蛋白的信息。
2. 查找了目前所有的蛋白质数据库, 仍然没有定位信息?
那就只有借助相关软件进行预测了, 如果是做膜蛋白, 可以用跨膜结构域预测软件TMHMM(cuturl('http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM.')), 预测跨膜区和疏水性,如果是分泌蛋白类型的, 可以用SignalP软件进行信号肽预测 (cuturl('http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP-3.0/'))
3. 鉴定的蛋白质不知道如何分类?
利用GO TREE MATHINE(cuturl('http://bioinfo.vanderbilt.edu/gotm/')) 对所鉴定的蛋白进行biological process, cellular function, cell componets 分类, 进一步了解鉴定的各个蛋白的生物学意义。