生物质谱

懂质谱的进来，说下质谱图都有以什么做纵坐标的？是不是都是按百分比作为纵坐标的、、？

m/Z核质比为横坐标，相对离子丰度为纵坐标。

相对离子丰度为纵坐标

丰度主要用于描述离子响应强度，即在某一质谱图中以离子响应强度最大的峰为基峰，以它的强度为100%，其他离子峰强与之的比例为相对丰度。实际图谱中也可以离子强度直观表示。
其实个人也只是半懂，上面是个人百度资料。
从个人质谱检测样品的图片来看，一般质谱图库里面下载的谱图是按照质谱图中以离子响应强度最大的峰为基峰，以它的强度为100%，其他离子峰强与之的比例为相对丰度。
如图1
而一般仪器检测出的图片，我看实验员们直接给的是以实际图谱中也可以离子强度直观表示。
如图2
因此一般文献上的质谱图我看只要注意峰型一致就可以了，纵坐标一般也没显示刻度。

谢谢，想进一步请问下，我的LCQ仪器上，做的质谱图，是以relative intensity 为纵坐标， 这个意思与某些质谱图纵坐标上的 intensity% 是一个意思吧？这是第一个问题，第二个问题想问，如果质谱图纵坐标是相对丰度，那可以在仪器上设置成 离子强度为纵坐标吗？ 再次谢谢

第一个问题：是的
第二个问题：我觉得应该可以，但是本人没做过，都是实验员代做的。

MALDI一般用Intensity, ESI用relative abundance

有的软件显示的是Intensity，有的软件显示的是relative abundance ，这跟你用的质谱厂家和软件有关。但是发论文的时候，如果软件不能显示relative abundance ，好多会将数据导出，然后将Intensity转化为relative abundance 。以前一直做质谱的，以后要做蛋白质组学了，出来晃晃，找点老师。

做过LTQ的人飘过，先确认下你的是热电的吧？如果是的话relative intensity 是以强度最大的峰如m/z279,为100，其他的峰的强度除以m/z279得到的相对强度。如果你想看他的绝对强度就点到这个峰上面，在右下角就会显示他的绝对强度是多少。至于能不能用这个软件直接转化到intensity 的图，我还没有试过。如果楼主找到合适的方法的话，麻烦告知，thanks！

我找到方法了 但还是决定用相对丰度