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AMDIS自动化质谱图解卷积和鉴定软件在GC/MS数据处理的初步应用 (3) –部分常见问题讨论小汇集
1 发现对同一个数据文件同一个时间点，AMDIS会得到的峰个数居然比峰纯度的多，几个数据文件都这样，不知道相信哪个??
可以通过analyze菜单下面的settings, 即Analyze Settings中的minimum match factor(最小匹配度）设置较大时，就只能看到匹配度较大的单一的化合物。这是一种过滤方法（匹配度筛选，即匹配度越高，准确性可能越高）。但对于相似结构的化合物，匹配度可能相差不是很大，就需要用保留指数或内标校对时间等来校对了。
2 在setting中选择不同的库，是否会对分析结果又影响。
在setting中选择库（libraries)有目标化合物库（Target compound library），内标库及保留指数校正库（RI calibration library）等。当选用目标化合物库，只是未知峰和目标化合物库离子对比。如果同时加入保留指数校正库的化合物的保留指数进行校正，鉴定的准确性会更准确。选择不同的库是会对分析结果有影响，当然一般要选择含分析目标化合物的库。
3 分析结果中保留时间后面的数字代表什么意思呢？我结果中发现有很多化学名后会出现0-3个疑问号，疑问号表示什么意思，疑问号的多少是否有特别的含义？
分析结果中保留时间后面的数字代表对比库鉴定出的可能化合物的个数。如果数字大，可以通过设置匹配度值大一点来设置门槛过滤。疑问号和净化后的匹配度有关，>80, 无问号，75-79 一个？，70-74 ？？， <70 ？？？
4 AMDIS相较于普通的谱库检索有什么样的优越性吗？
经过AMDIS处理后，让目标化合物从基质和干扰物分离出来。这样干净而纯的质谱图非常有利于PBM质谱谱库检索或其它谱图检索解析工具。这样对共流出的度组分，大峰中小成分，基质掩盖的痕量组分分析都很有利。
5 对于AMDIS来说，如果是单个峰，它提取出来的应该和工作站检索出来的物质是一样吧？amdis检索出来的结果如何和工作站做对比那？amdis检索出来的结果就是工作站检索不出来的吗？(就是tic右边的结果窗口检索出来的就是解卷积出来的物质结果吗，也就是说工作站比如岛津的检索不到的吗）。目标离子轮廓图表示什么意思那？
如果是单个峰，它提取出来的应该该和工作站检索出来的物质是一样，这时Amdis就可能失去优势。amdis对共流出组分，大峰干扰的组分和本底干扰时候处理，就会得到更多的信息。在工作站上面可能有的化合物看不到。所以在amdis上面看到化合物一般要比工作站上面多。目标离子轮廓图就是在Amdis库中所选择的三个目标离子的质谱图。
6 我感觉一张农药的纯品质谱图，手动检索nist05库马上就出来了，结果我用amdis换了几个库都没有认出来，包括drug，有害物质等等库。
可能是你的Amdis库（MSL）库的目标化合物数目太少了。
7 如果自建库是不是说自己进一下标样，然后加到新建的库里面？我是做刑侦技术的，那不是要进10000多种标样啊？
自检库是需要先进标样，然后加到新建库里，如果要加10000多种的工作站量就很大了。8 有没有现成的库卖啊？或者能否把nist05库的东西导入到amdis 形成一个MSL后缀的库呢？
好像有drug, 有害物的商业库，不能直接从其它数据库生成MSL库。
9 如何把库里面的英文名称改为中文吗？难道只有自建库里面的才能加中文名？
打开MSL 库，把里面的英文换出中文，并储存，但建议不要这样做，有时候会出现乱码或软件出错。即是在自建库时，也最好使用英文名。
10 很多关于amdis的文章里面看见他们把最总离子色谱图，第二是目标离子轮廓图，第三是原始色谱图和提取色谱图，第四个是数据谱库和提取色谱图这几个图分别转成剪切板的格式，粘贴在文章里面，但是我在amdis里面没有找到这个功能在哪里啊？
用屏幕拷贝（Print Screen），然后再画图类软件编辑。在File菜单下的print spectra
选Print Ion Chromatogram, Profile Scan, Extracted Spectrum, library spectrum。可以利用虚拟打印或屏幕打印等形式。
[ 本帖最后由 duchy 于 2015-12-19 14:47 编辑 ]
