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标题:关于RNA溶液的纯度和浓度问题

ha111[使用道具]
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关于RNA溶液的纯度和浓度问题

关于RNA溶液的纯度和浓度问题 [转载]


把结果总结了一下,请大家分析分析

前天把冻存的RNA溶液拿出来又测纯度和浓度,结果如下

药物组
OD260 0.460 (前天刚提出来测为0。360)
OD280 0.259 ( 前天刚提出来测为0。208)
比值为 1.76 (比值为1。73)
浓度为 9。2 UG/UL (浓度为7。24 UG/UL)
什么原因造成这一组浓度差距这么大?看到有的战友说,试剂盒提RNA的量可在OD260的值在0。15--0。5,但没有提到稀释倍数,如果按稀释500倍的话,RNA溶液浓度可在3-10微克之间,我这个值还算正常。试剂盒提RNA测OD值时,稀释的倍数是不是500倍呢?

另外,两次测的值的差距有2UG/UL之多,我都是用同一批DEPC水调的零,单纯是机器误差,会差这么多吗?我应该以哪一次的测量值为标准进行定量开始逆转录呢 ? 有的战友说比值大于2,说明RNA降解了成单核苷酸了,但是我的可能也不属于这种情况吧?

阳性对照
OD260 0.239 (前天刚提出来测为0。229))
OD280 0.139 ( 前天刚提出来测为0。130))
比值 为 1。72 (比值为1。76)
浓度 为 4。7 UG/UL (浓度为4.58 UG/UL)
这一组好象还好,变化不大。

昨天用以上两组的RNA液(各加了1UL进行RT)逆转录后做了B-ACTIN的PCR,做了一个25UL体系,(两组上样量均为1UL,岂不是加的模板量不一样多?)做了一个50UL体系,(两组上样量均为2UL),做了一管PCR产物再PCR(因为上次B-ACTIN的PCR产物没有条带出现)
结果25UL体系B-ACTIN都跑出来了,亮度差不多;也没有杂带
50UL体系B-ACTIN也跑出来了,亮度比25UL亮很多,且出现两条非特异条带;
PCR产物再PCRB-ACTIN也跑出来了,亮度和25ul体系的一致,但是有一条杂带出现。

今天,又用以上两组的RNA液(各加了1UL进行RT)逆转录后做目的基因的PCR,
其它参数都没有变,只有退火温度变了,但是都没有特异条带出现。
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#甜#[使用道具]
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是不是降解了?如果比值大于2。2 就说明RNA变成单核苷酸了;
不过好像你的不属于这种情况。  
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阿拉蕾[使用道具]
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用分光光度计时,测量误差也是原因之一。
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阿拉蕾[使用道具]
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你用marker (都为50ng/ul)在凝胶的亮度和你的模板进行对比,可大致知道浓度。再重新进行模板稀释,重新做pcr.  
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ha111[使用道具]
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模板是MRNA集合呀,跑出来可能是很多条带,有强有弱,该对比哪一条呢?
要是调B-ACTIN的亮度成一致,是不是才说明模板一致呢?
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ha111[使用道具]
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模板是MRNA集合呀,跑出来可能是很多条带,有强有弱,该对比哪一条呢?
要是调B-ACTIN的亮度成一致,是不是才说明模板一致呢?
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丸子妹[使用道具]
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我也遇到过你类似的情况,第一天和第二天比的RNA OD比值相差不一,后来又注意到同一管RNA不同次的OD比值也会不一样。一方面,仪器的精确度、稳定性是一个问题,一方面RNA放置中可能缓慢降解,所以明天的和今天的比会有一定差异。但是,应该看到,我们测OD值的目的只是大概估算RNA的纯度于浓度,不可能做到非常精确。
另外,我做RT-PCR的痛心教训就是,如果做RTPCR的话,最好一气呵成,最可能成功。因为我的RNA放-70度后再批,效果绝对不如当天的,如果逆成CDNA的话,也不能放置太久。曾经根据某些人的经验之谈,把CDNA放-20度过了个年,全都不行了。还有PCR产物也最好及时跑。
另外我觉得你PCR体系还需要摸,尤其是退火温度
不知有没有用。另请注意,凡是经验之谈,都仅供参考!一切靠自己摸索!
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ha111[使用道具]
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感谢 丸子妹 经验之谈,RT-PCR要一气呵成,是个不错的建议。
我现在的情况是,药物组和正常组B-ACTIN的PCR产物电泳,两条带亮度不一样,差别较大,而目的基因的PCR产物试了几个退火温度都没有产物,现在用TDPCR拉出来了,同样是正常组目的带很亮,而药物组目的带很弱,就是整条电泳道很弥散。但是我现在没法拍照分析比值,这种结果能不能说明药物起作用了呢?

是不是BACTIN的亮度一致,比较目的条带的亮度才说明问题;
若BACTIN的亮度不一致,只能根据目的条带与B
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ha111[使用道具]
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感谢 丸子妹 经验之谈,RT-PCR要一气呵成,是个不错的建议。
我现在的情况是,药物组和正常组B-ACTIN的PCR产物电泳,两条带亮度不一样,差别较大,而目的基因的PCR产物试了几个退火温度都没有产物,现在用TDPCR拉出来了,同样是正常组目的带很亮,而药物组目的带很弱,就是整条电泳道很弥散。但是我现在没法拍照分析比值,这种结果能不能说明药物起作用了呢?

是不是BACTIN的亮度一致,比较目的条带的亮度才说明问题;
若BACTIN的亮度不一致,只能根据目的条带与BACTIN的光密度比值来说明问题?
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丸子妹[使用道具]
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“是不是BACTIN的亮度一致,比较目的条带的亮度才说明问题;
若BACTIN的亮度不一致,只能根据目的条带与BACTIN的光密度比值来说明问题? ”
要注意,本身半定量就是一个不太准的方法。即使同一块胶,不同次扫描的光密度也不同。同一PCR产物,跑两次,值也不同。
肉眼看到BACTIN的亮度一致,并不能说明它们光密度值就是一致,一般都需要

目的条带与内参的光密度比值来说明问题。
还有,半定量的话,不要等到到了平台期,内参、目的基因都一样。所以需要摸索循环次数,找到辉度变化最明显时对应的循环数,才能用于比较。
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