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标题:[求助]谁能解释我测序的结果?

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[求助]谁能解释我测序的结果?

[求助]谁能解释我测序的结果?


gi|456502|dbj|D17800.1|POYFIMA7 Porphyromonas gingivalis (strain ATCC 49417) fimA gene for fimbrilin,
complete cds
Length = 1299

Score = 355 bits (179), Expect = 2e-95
Identities = 182/183 (99%)
Strand = Plus / Plus


Query: 3 taaccataagttcgacatcaacctgacgatcaccggtcctggtacgaataatcctgaaaa 62
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1117 taaccataaattcgacatcaacctgacgatcaccggtcctggtacgaataatcctgaaaa 1176


Query: 63 ccccattactgagtctgctaacctcaacgttaattgtgtggttgctgcctggaaaggtgt 122
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1177 ccccattactgagtctgctaacctcaacgttaattgtgtggttgctgcctggaaaggtgt 1236


Query: 123 tgtacaaaatgttatttggtaatcgacccgtcaaacgactaaaaaactttcatagtttgt 182
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1237 tgtacaaaatgttatttggtaatcgacccgtcaaacgactaaaaaactttcatagtttgt 1296


Query: 183 cta 185
|||
Sbjct: 1297 cta 1299

请问一下分别是什么意思?
Score = 355 bits (179), Expect = 2e-95
Identities = 182/183 (99%)
Strand = Plus / Plus

我的片段为210bp,请问比较结果同源性是99%, 还是86.7%?
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章鱼小丸子[使用道具]
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我觉得你测序的片段两端是没有同源性的,Blast 给出的结果是同源性高的部分,如果要算片段全场的同源性,当然应该加上两端的非同源序列,但有一个问题就是测序时两端测得不准的。  
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Score = 355 bits (179), Expect = 2e-95
Identities = 182/183 (99%)
Strand = Plus / Plus

这些是什么意思?
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椰子叶子[使用道具]
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这些是BLAST结果的重要组成,大概包括得分、期望值(Expect )、同源的一致性(Identities)、比较的两条链是正链(Plus)对正链还是负链(Minus)。
建议先买本生物信息学书(张成岗、贺福初的就不错),E文好的话,就多看看BLAST的Help好了,绝对的多、全、权威。
另外,测序结果决不是光看看序列比对就行了,最重要的是自己仔细的观察、分析、解读峰图中提供的所有信息,绝不能漏过所有的蛛丝马迹。千万不要相信机器帮你读出来的序列,那只是“二次文献”!
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怎么将测序结果翻译成氨基酸序列?有没有什么软件?又从那一个碱基开始作为起点呢?请赐教
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测序结果翻译成氨基酸序列?首先要保证你测定的是全长序列,然后用软件进行开放阅读框分析。这样的软件很多,比如DNASTAR,kodon,dsgene等。
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所谓ORF就是能通读的翻译序列。DNAMAN能很直观的图示分析ORF,NCBI上也有在线的ORF Finder,都挺好的。其实,观察测序峰图的Chromas软件就能直接显示翻译序列,我有一个汉化版,需要的话寄给你。
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另必须是全长才能翻译吗?ORF是open reading frame,那么不能翻译的序列就是内含子了吗?是调控序列吧?我的序列是原核生物的。
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另必须是全长才能翻译吗?ORF是open reading frame,那么不能翻译的序列就是内含子了吗?是调控序列吧?我的序列是原核生物的。
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@花开花落@[使用道具]
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ORF的问题,软件预测的仅供参考。未翻译区都不会预测的。
所以ORF不包括cDNA未翻译区,tRNA,rRNA,甚至miRNA等。
对于基因组序列,包括调控区、内含子等所有不转录的部分。
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