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标题:[求助]5‘和3’RACE均无结果?

泉水叮咚[使用道具]
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[求助]5‘和3’RACE均无结果?

[求助]5‘和3’RACE均无结果?


我做的是已知一段EST序列,要扩出全长。用的是clonthch公司的试剂盒。试剂盒所提供的阳性对照(运铁蛋白受体,3‘端大约长2.3kb,5' 端大约长2.9BP)都可扩出来,但实验标本都扩不出来。现用takara LATaq ,不知是片段太长还是GC含量太高。反应条件:94度5秒,72度2分,5个循环;94度5秒,70度10秒,72度2分;5个循环;94度5秒,68度10秒,72度2分;27个循环。总是没有条带出现。马上就要开题了可什么都没做出来。各位有什么好的建议、想法请告知。不胜感激!
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SOS[使用道具]
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变性和退火时间是不是太短了?还有,也许你的样本丰度太低,可以考虑做巢式看看。最后一步的退火温度也可以再摸摸啊。
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庄梦蝶[使用道具]
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反应条件:94度5秒,72度2分,5个循环;94度5秒,70度10秒,72度2分;5个循环;94度5秒,68度10秒,72度2分;27个循环

你的反应条件是如何定的啊?感觉有点奇怪的。
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3N4G[使用道具]
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我做的是已知一段EST序列,要扩出全长。用的是clonthch公司的试剂盒。试剂盒所提供的阳性对照(运铁蛋白受体,3‘端大约长2.3kb,5' 端大约长2.9BP)都可扩出来,但实验标本都扩不出来。现用takara LATaq ,不知是片段太长还是GC含量太高。反应条件:94度5秒,72度2分,5个循环;94度5秒,70度10秒,72度2分;5个循环;94度5秒,68度10秒,72度2分;27个循环。总是没有条带出现。马上就要开题了可什么都没做出来。各位有什么好的建议、想法请告知。不胜感激!!!

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粗略看过你的反应条件,总感觉不够合理:首先没有预变性阶段,94度5秒似乎短了些,模板不能充分变性,72度2分也短了,其余的时间也都相对不够。此外,好象clonthch公司的试剂盒也未曾提供类似的参数。
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泉水叮咚[使用道具]
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sorry,我打错了。延伸时间是3分钟。我确实是照着clonthch公司的试剂盒说明书作的。昨天作出来3’端有一大约600BP左右的条带,用产物200倍稀释作模板行巢式PCR什么都没有。
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泉水叮咚[使用道具]
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请问楼上你是不是作过RACE,能问你一下,你做出的片段大概多长,用的哪家公司的试剂盒,有没有应文章发表,我也好去拜读一下。多谢!
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cute[使用道具]
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是的,我扩出过大约700bp的片段,不曾使用过试剂盒,实验仍在进行之中,因此文章还未成型,请见谅!
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#甜#[使用道具]
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晕死啊,反应条件:94度5秒,72度2分,5个循环;94度5秒,70度10秒,72度2分;5个循环;94度5秒,68度10秒,72度2分;27个循环。
这个条件是clontech RACE说明书上的吧,有没有看到它只适用于PE的PCR仪?比如9600
普通pcr仪能这样做的太少了
race kit内你用的这种是最好的了
别丢了它的pool
换几个条件再试试吧
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泉水叮咚[使用道具]
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我用的是PE的PCR仪(2400),我想问一下agct,在PE的PCR仪上可否要将变性时间延长,还是照说明书上的那样?
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泉水叮咚[使用道具]
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请问你用的是哪种酶,条件是怎样的?多谢了!
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