PCR仪 » 讨论区 » 经验共享 » [求助]请问PCR产物碱基突变的原因

采购询价

点击提交代表您同意 《用户服务协议》 《隐私政策》

 
需要登录并加入本群才可以回复和发新贴
打印 | 推荐 | 订阅 | 收藏

标题:[求助]请问PCR产物碱基突变的原因

douding66[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 74285
精华 1
积分 334
帖子 284
信誉分 102
可用分 2316
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-10-9
状态 离线
1

发表于 2011-10-9 09:39 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

[求助]请问PCR产物碱基突变的原因

[求助]请问PCR产物碱基突变的原因


我做病毒PCR，产物连了T载体后测序。
送了两个阳性克隆，测序结果：两次均在同一位点发现与genebank提供序列不同的碱基，推测编码的氨基酸将由亮氨酸变为蛋氨酸（均为疏水、非极性氨基酸）。
请问，该碱基的突变是由PCR造成的，还是由于不同病毒毒株本身的差异？我如何来确定呢？

谢谢诸位看我的帖子，请一定帮忙哦！谢谢！
顶部
冷太阳[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 70438
精华 0
积分 159
帖子 78
信誉分 100
可用分 1106
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-8-10
状态 离线
2

发表于 2011-10-9 09:41 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我觉得你既然测了两个阳性科隆都是一样的结果，病毒毒株自身变异的可能性大。（如果你的片断不长，由于taq酶的失真会更小）

病毒的变异是很快的，好多病毒经过几代传代培养后都会出现某几个碱基（氨基酸）的变异。
顶部
wu11998866[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 73743
精华 0
积分 569
帖子 797
信誉分 100
可用分 4850
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-9-27
状态 离线
3

发表于 2011-10-9 09:41 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我也觉得病毒本省的变异可能像较大。即使是taq酶， 历次在同一位置的错配也不太常见。
不过，要想得到确切的结论，你可以用高保真酶作， 然后再测序看一下，这样比较有说服力。
顶部
she[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 72165
精华 0
积分 242
帖子 184
信誉分 100
可用分 1731
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-9-5
状态 离线
4

发表于 2011-10-9 09:42 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
你的两个阳性克隆是用同一个PCR产物做的,还是 两次PCR的结果分别连接后,各自出来的阳性克隆,如果不是同一个,那就象楼上所说的那样,应该是病毒本身的问题,你可以在NCBI上blast一下,看一下有没有与之相应的
顶部
douding66[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 74285
精华 1
积分 334
帖子 284
信誉分 102
可用分 2316
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-10-9
状态 离线
5

发表于 2011-10-9 09:42 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我是用PFU+TAQ做的，因为单用PFU可能效率太低，无法拉出产物。
产物长度为937bp。
今天我去请教学校的高手，他的意见跟诸位的一致。
但是我觉得就凭两次测序结果就下定论，是不是草率了点？
另外，他说可以送genebank。 是开玩笑吗？  
顶部
SOS[使用道具]
二级
Rank: 2


UID 73219
精华 0
积分 113
帖子 25
信誉分 100
可用分 796
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-9-20
状态 离线
6

发表于 2011-10-9 09:43 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
有几个碱基就送genebank，我觉得没有多大的意义。要是这样就提交genebank，genebank早就爆炸了：）

我也想问同样的问题：你的两个阳性克隆是用同一个PCR产物做的,还是 两次PCR的结果分别连接后,各自出来的阳性克隆？
顶部
douding66[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 74285
精华 1
积分 334
帖子 284
信誉分 102
可用分 2316
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-10-9
状态 离线
7

发表于 2011-10-9 09:44 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
是同一PCR产物，接下来准备再做一次。
顶部
PCR[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 74238
精华 0
积分 414
帖子 448
信誉分 100
可用分 3201
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-10-8
状态 离线
8

发表于 2011-10-9 09:45 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我做病毒PCR，产物连了T载体后测序。
送了两个阳性克隆，测序结果：两次均在同一位点发现与genebank提供序列不同的碱基，推测编码的氨基酸将由亮氨酸变为蛋氨酸（均为疏水、非极性氨基酸）。
请问，该碱基的突变是由PCR造成的，还是由于不同病毒毒株本身的差异？我如何来确定呢？

谢谢诸位看我的帖子，请一定帮忙哦！谢谢！

================================================================================================================

我猜你说的情况就是病毒DNA的SNP吧。SNP是很正常的，人也有。比如许多公司都在做乙型肝炎病毒YMDD/YIDD/YVDD（这个是氨基酸代码）的SNP检测。
顶部
INK[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 73382
精华 0
积分 348
帖子 375
信誉分 100
可用分 2696
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-9-22
状态 离线
9

发表于 2011-10-9 09:45 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
病毒个别碱基变异太常见了,不用送genebank,网上搜索一下,可以写文章.
顶部