小中大【求助】Modeltest寻找建树模型求助
正在做DNA序列分析,用到modeltest寻找建树模型,操作步骤如下:(参考cuturl('http://blog.sina.com.cn/s/blog_43b74ed60100dexh.html'))
1、把序列使用ClustalX 1.83进行比对,然后保存成PAUP识别的格式Nexus,然后导入至PAUP。
2、导入序列之后,在Modeltest的文件夹中,有一个paupblock的文件夹,里面有一个文件叫“modelblockPAUPb10”,然后在paup软件中,file,open,就可以执行这个命令了。就是paup用ML计算不同model下的似然值。如果序列比较多,且长的话,需要计算一阵呢!
3、运行完这步之后,在paupblock文件夹中,会生成一个名为“model.scores”的文件。
4、安装MrMTgui,完成之后,打开界面,在下面会有MT path和PAUP path两个按钮,然后打开,找到Modeltest和paup所在的文件夹,双击他们的安装程序,就可以连接上两个软件了。
5、然后点击左边的按钮“select file”,找到“model.scores”,之后,点击按钮“Modeltest!!”,然后就会出现运行结果了。
6、会出现两个运行结果,一个是hLRT得出的结果,另一个是AIC给出的结果。
问题出在第5步,点击‘modeltest!!’之后,就出现了下面的提示,Execution of command ‘m.bat’ failed (error 2:the system cannot find the file specified.)
好像是说一个文件找不到,但我并没有改动文件夹里的东西啊,运行了好几次都是这样,不知道问题出在哪里