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标题:【求助】Modeltest寻找建树模型求助

bohe221[使用道具]
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【求助】Modeltest寻找建树模型求助

正在做DNA序列分析,用到modeltest寻找建树模型,操作步骤如下:(参考cuturl('http://blog.sina.com.cn/s/blog_43b74ed60100dexh.html'))
1、把序列使用ClustalX 1.83进行比对,然后保存成PAUP识别的格式Nexus,然后导入至PAUP。
2、导入序列之后,在Modeltest的文件夹中,有一个paupblock的文件夹,里面有一个文件叫“modelblockPAUPb10”,然后在paup软件中,file,open,就可以执行这个命令了。就是paup用ML计算不同model下的似然值。如果序列比较多,且长的话,需要计算一阵呢!
3、运行完这步之后,在paupblock文件夹中,会生成一个名为“model.scores”的文件。
4、安装MrMTgui,完成之后,打开界面,在下面会有MT path和PAUP path两个按钮,然后打开,找到Modeltest和paup所在的文件夹,双击他们的安装程序,就可以连接上两个软件了。
5、然后点击左边的按钮“select file”,找到“model.scores”,之后,点击按钮“Modeltest!!”,然后就会出现运行结果了。
6、会出现两个运行结果,一个是hLRT得出的结果,另一个是AIC给出的结果。

问题出在第5步,点击‘modeltest!!’之后,就出现了下面的提示,Execution of command ‘m.bat’ failed (error 2:the system cannot find the file specified.)
好像是说一个文件找不到,但我并没有改动文件夹里的东西啊,运行了好几次都是这样,不知道问题出在哪里


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2016-1-13 14:15
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hdmi[使用道具]
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m.bat这个文件不见了,,你到官网或找售后咨询下一个应该就可以了    是批处理文件,补丁基本都是这种文件
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建议还是使用win的版本,配合paup使用还是很方便的。祝好
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bohe221[使用道具]
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原帖由 49888 于 2016-1-13 14:16 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
建议还是使用win的版本,配合paup使用还是很方便的。祝好

我是用的win版本哪,现在还是一直这个问题,真是醉了。一模一样的东西,在别人电脑上就行,我的电脑就是运行不了。。。
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想想是不是做了什么败人品的事了,哈哈哈。最简单的方法就是直接用 jmodeltest
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bohe221[使用道具]
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原帖由 7437654 于 2016-1-13 15:22 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
想想是不是做了什么败人品的事了,哈哈哈。最简单的方法就是直接用 jmodeltest

已经用过 Jmodeltest 了!但是 Jmodeltest 只能算出来适合最大似然法的模型,没法算贝叶斯的模型,我欲哭无泪。。。要用贝叶斯建树,还是得用 MrMTgui算模型啊。。。
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原帖由 bohe221 于 2016-1-13 15:22 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

已经用过 Jmodeltest 了!但是 Jmodeltest 只能算出来适合最大似然法的模型,没法算贝叶斯的模型,我欲哭无泪。。。要用贝叶斯建树,还是得用 MrMTgui算模型啊。。。 ...

看来咱们的建树思路完全不一致,以前建个Bayes树用mrmodeltest就ok,现在jmodeltest一样有这个功能。Beast更是可以很好的解决问题,我确实不明白你为什么一直纠结在MrMTgui这个软件上......
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原帖由 911 于 2016-1-13 15:23 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

看来咱们的建树思路完全不一致,以前建个Bayes树用mrmodeltest就ok,现在jmodeltest一样有这个功能。Beast更是可以很好的解决问题,我确实不明白你为什么一直纠结在MrMTgui这个软件上...... ...

不明白,谁对你说的,Jmodeltest不能用贝叶斯,BEAST一样用这些参数设定啊,而且算出来的ESS都很好啊,另外在用Mrbayes时候根本不用模型的,只用分段就好了,软件会自动搜索最适合模型的,你见过别人用这个软件还要算Model的吗? 反正我是没见过。另外你说的那个什么的MrMTgui有必要用吗,直接在c盘下运行dos命令窗口,不就算出来你想要的模型了?有那么麻烦吗?甚至自己可以自己做个bat文件,想什么时候用都行啊。。
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建议还是使用win的版本,配合paup使用还是很方便的。祝好

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你好,我用的就是WIN版本,配合PAUP使用的,可是当打开在Modeltest的文件夹中paupblock的文件夹的文件叫“modelblockPAUPb10”时总显示图片中这样,这是什么原因呢


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yizhi[使用道具]
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我用的 mrmodeltest2.3  用你的方法很容易就出来了   Nst     Rates
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