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标题:【求助】关于高通量测序

leifengta[使用道具]
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发表于 2016-1-14 16:07 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】关于高通量测序

第一次送样做高通量测序，很多地方不懂，我想分析古菌和细菌的多样性，引物要自己选么，一般选择什么引物呢，是把16S全长测出来还是测某个可变区，有木有大神跟我讲一讲，万分感谢
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ladyhuahua[使用道具]
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发表于 2016-1-14 16:07 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
引物的话，一般的测序公司都已经确定好了，可以选择的扩增区域不是很多，要看你选择哪个测序公司，不过，目前用的平台大都是Illumina 的，由于读长的限制，扩增区域也是比较有限的。另外，也有用三代测序Pacbio测序的，测的是16S的全长，楼主可以检索一些相关文献，学习一下。不是很懂的时候，可以多跟测序公司的技术支持聊聊，多咨询一下慢慢的就知道啦。
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zhenxin[使用道具]
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发表于 2016-1-14 16:08 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
对细菌而言一般用通用引物扩增出16sRNA，再测序比对。
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49888[使用道具]
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发表于 2016-1-14 16:08 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
引物不需要自己设计
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bojitu[使用道具]
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发表于 2016-1-14 16:10 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
直接找公司给你做吧 全套 800一个样品
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taoshengyijiu[使用道具]
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发表于 2016-1-14 16:10 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

通用引物就可以了。
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yayya[使用道具]
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发表于 2016-1-14 16:11 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
引物有taget V3,V4,V5,V3+V4,V4+V5等。
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