生物质谱

在说到质谱的离子源时，人们常提的是EI，CI，FD，FAB， ESI， APCI，APPI，MALDI那在做蛋白组的时候，常常还提到 ETD，CID，那它们属于质谱的什么部分呢。

TD: 热电从弗吉尼亚大学获得电子转移解离裂解(ETD)专利技术,在线性离子阱液质LTQ上开发出创新的ETD裂解源
CID: 碰撞诱导解离
二者都不是离子源，是二级质谱MS/MS裂解的不同方式
网上看到的一小段东西：
蛋白质组学研究的新利器：ETD 电子转移解离裂解源
王勇为 SID
热电从弗吉尼亚大学获得电子转移解离裂解(ETD) 专利技术，在线性离子阱液质LTQ 上开发出创新的ETD 裂解源。ETD 是由电子捕获解离ECD 发展而来，其裂解方式可
以提供蛋白质翻译后修饰的重要序列信息，但ECD 仅能在高端的FT ICR 高分辨质谱上使用，而ETD 的诞生，可以较为经济的方式在低分辨的离子阱质谱上实现同样的功能。
ETD 技术的发明者，弗吉尼亚大学Don Hunt 博士实验室说：“ETD 将极大有助于当今许多重要和未解决的生物学问题”，“ETD 代表了蛋白组学领域的里程碑进步，是完成复杂蛋白质鉴定的有效分析方案”。ETD 除用于PTM 外，其得到的信息与CID 补充，提高蛋白检索的可信度。更可以与CID裂解源组合的数据关联采集，用于高分子量肽和小分子量全蛋白的序列分析。有关结果已经在重要学术会议上报告和发表。
热电和弗吉尼亚大学Don Hunt 实验室经过多年的紧密合作，共同努力将ETD 技术商品化并用于现有的线性离子阱质谱。相关的ETD 裂解源根据在热电气质联用DSQ上使用的CI 源设计，由于2D 线性离子阱独特的径向检测方式，允许肽正离子和反应气负离子水平地从前后两个方向注入，并可对正负离子数量、反应时间等参数作精确控制。热电San Jose 工厂蛋白质组市场部说“弗吉尼亚大学DonHunt 实验室和热电是ETD 技术实用发展的先驱”。 ETD 裂解源可以在现有的高性能LTQ 上升级或作为最新的LTQXL 的选配件，将在2006 年底前发货。ETD 的使用将为蛋白质组学研究工作者的水平提高一个新的台阶。

中文的看看这个，或许有更好的理解，里面说到
《中国科学院研究生院（成都生物研究所）》 2007年
有机质谱裂解规律及智能解析方法研究
李锐  
【摘要】： 本学位论文分为四个部分，第一部分报道了用串联质谱快速分析合成药物中的微量杂质成分以及分析中药材中的化学成分。第二部分报道了通过质谱和串联质谱发现并合成新型的PdPincer催化剂，同时对其活性进行测试。第三部分为串联质谱自动解析软件的设计及应用。第四部分概述了应用在质谱中的各种碎裂方式。 第一部分首先总结了5-溴粉防己碱及其类似物的裂解规律，并以此为根据推测出2个微量杂质的结构。随后针对无患子(Sapindus mukurossi Gatren．)中的皂苷成分，由ESI-QTOF得到各个皂苷成份的高分辨质量数据进而得到其分子式，然后利用ESI-IT电喷雾串联质谱对无患子总皂苷中各皂苷成分的结构进行进一步的鉴定。进而以同样的方式，先通过ESI-QTOF得到黄山药(Dioscorea panthaica)总皂苷中各个组分化合物的分子式，然后对已有的薯蓣皂苷标准品做串联质谱分析，以得到该类化合物的裂解规律并给出解析该类化合物的流程图。在此利用计算化学的方法讨论了离子的丰度与裂解活化能之间的关系。然后应用APCI-MS／MS方法探讨了四对同分异构体和几个已知的化合物，并最后用液质联用对其进行确认，同时还给出了4个未知化合物的可能结构。 第二部分报道通过质谱和串联质谱发现并合成新型的PdPincer催化剂，同时对其活性进行测试。钯催化的交联反应是有机合成中C-C键形成的最有效的方法，且硫脲是一类对空气和水都稳定的化合物，因此我们设计并合成了一系列的硫脲钯催化剂并得到了很好的催化活性。我们在对其中一类环状双硫脲化合物进行质谱实验的时候，在正离子模式下发现了反常的~+，通过串联质谱进一步确定了它是一种新型的PdPincer结构。我们将其合成出来并通过X-ray衍射实验确定了它的结构。同时测定其催化活性并与未形成pincer的类似物进行比较发现该类化合物具有较宽的底物适用性。 第三部分为串联质谱自动解析软件的设计及应用。通过前面两部分的启示，独立设计开发了AuMass(1．0)。其算法是：先通过查找特殊的碎片离子，中性丢失或碎片离子质量差来确定某类化合物的骨架结构，然后利用该类化合物的自动解析流程来对其周边取代基进行确认。通过它快速地对白芍中的化学成分进行解析，并对未知的化合物进行了推测。为了增加它的解析能力，我又对其它类型的化合物裂解规律进行总结，并给出了自动解析流程。实践证明该软件具有相当好的应用价值。 第四部分综述了应用在质谱上的各类母离子的碎裂技术。这里包括了碰撞诱导裂解(CID)、光诱导碎裂(LID)、电子捕获裂解／电子转移裂解(ECD／ETD)、红外多光子解离(IRMPD)、黑体辐射解离(BIRD)和PQD裂解技术。
【关键词】：5-溴粉防己碱 无患子 黄山药 白芍苷 PdPincer 串联质谱 ESI-QqTOF ESI APCI 合成 AuMass 串联质谱自动解析 软件
【学位授予单位】：中国科学院研究生院（成都生物研究所）
【学位级别】：博士
【学位授予年份】：2007
我下不下来全文，要不要就挂上来给大家分享一下

还有一个PSD，MALDI-TOF独有的。
另：早期有人叫CID为CAD，现在也有人这么叫，不过已经很少了。

研究两个蛋白之间的相互作用一般都要先做Pull down实验，你可以先从这方面着手，先看看一些做Pull down技术方面的文献和书籍！

做deletion 的contruct 然后做co-IP 验证是哪一段序列在interaction

好像用酵母双杂交也可以

酵母双杂交（yeast two-hybrid）
*GST pull-down
*免疫共沉淀（co-immunoprecipitation）
*细胞内共定位（co-localization）
*蛋白复合物的沉淀和质谱分析
以上是常用的。。。下面几个不常用。。。
*表面离子共振
    （surface plasmon resonance,Biacore）
* Fluorescence Resonance Energy Transfer (FRET)
*蛋白质芯片
*噬菌体显示（phage display）
*ELISA  ……

还是用PULL DOWN的实验方法验证,首先针对其中一个蛋白做突变分析,分成N端,C端做PULL DOWN,确定是哪一段后,在细一点分几个结构域做PULL DOWN,找到是哪个结构域后在突变几个核心氨基酸做PULL DOWN,如果突变后没有相互作用了,就说明你找到他的作用位点了.
然后再找另一个蛋白的,方法同上.

双分子荧光互补！！！！！！！！能发好文章！！！！！！！！