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标题:[求助]如何使用引物设计软件来设计引物?

zzzz[使用道具]
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1
 

[求助]如何使用引物设计软件来设计引物?

[求助]如何使用引物设计软件来设计引物?


如何使用引物设计软件来设计引物!!!
好象先要找到mRNA的序列,再来设计
请那位大侠详细点告诉我呀
我要做RTPCR
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@木木@[使用道具]
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2
 
第一步:进入cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov'),在SEARCH中选择“NUCLEOTIDE”在FOR后面输入你的基因名称,如HIF,进入搜索结果界面,如cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=nucleotide&cmd=search&term=HIF')所示,找到你所要的基因序列后下载。
然后在引物设计软件如DNACLUB中输入你的序列,软件会自动生成你需要的引物,并可以输出引物的evaluate result.
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@木木@[使用道具]
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很多软件如Oligo,primer5,dnastar等都带有引物设计的功能,我比较习惯于用Oligo6,很容易上手,我硕士博士所有的引物都是用它设计的,很好用
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duoduo[使用道具]
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4
 
我推荐使用primer3,一个很著名的在线引物设计,cuturl('http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3_www.cgi'),界面友好,程序简单,很容易上手!不知道怎么使用,可以再交流!
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bring[使用道具]
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5
 
请问高手,不同细胞来源的基因序列是不是不同,那设计引物时用哪个序列阿?  
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windy+++[使用道具]
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6
 
在ncbi中检索sequence时,如果是作RT-PCR,在所检索的序列名称后再加cds进行检索,所获结果会大大减少,省去了不少时间.
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##蒙奇奇[使用道具]
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7
 
有人用过DNAMAN么?
比较起来觉得怎么样
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大仙[使用道具]
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8
 
引物设计:
  一个基因设计的上下游引物分别是用来与基因的上下游序列中的特定片段匹配,进行PCR扩增后,得到富集了的目标片段。
  引物设计的原则就是要设计出合适的上下游引物与目的基因匹配,这包括
引物要针对目的基因,而与其它的基因在序列上没有同源性;
引物本身不能形成DIMER(这样引物就不能与基因序列结合扩增DNA了);
两条引物之间也不能形成DIMER;
两条引物的退火温度基因一致(在PCR时保证能有效地扩增);
GC含量在40~60%之间;

以primer priemer5为例设计一个mRNA的引物:
先在ncbi中找到这个基因的mRNA序列(通过输入基因名字查找),然后把序列粘贴到primer priemer5中,点击primer,输入你的要求(引物的碱基数,上游还是下游引物,想大概在序列的哪部分设计引物,)然后软件会自动生成一个表格,内有可选择的多个引物,你可以跟据自己的实际情况,进行上下游引物的选择。挑选后两个引物后,在界面中有一个表格,显示引物的位置,长度,退火温度,片段长度,GC含量等一些参数,把你要的引物拿到公司合成,就可以得到引物的粉末,溶解到合适的浓度,就可以开始PCR了。
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bohe221[使用道具]
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9
 
能不能也给我也发一个OLIGO6?不知怎么用?
请教:5’ race引物怎么设计?
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阿凡提[使用道具]
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引物设计:
  一个基因设计的上下游引物分别是用来与基因的上下游序列中的特定片段匹配,进行PCR扩增后,得到富集了的目标片段。
  引物设计的原则就是要设计出合适的上下游引物与目的基因匹配,这包括
引物要针对目的基因,而与其它的基因在序列上没有同源性;
引物本身不能形成DIMER(这样引物就不能与基因序列结合扩增DNA了);
两条引物之间也不能形成DIMER;
两条引物的退火温度基因一致(在PCR时保证能有效地扩增);
GC含量在40~60%之间;

以primer priemer5为例设计一个mRNA的引物:
先在ncbi中找到这个基因的mRNA序列(通过输入基因名字查找),然后把序列粘贴到primer priemer5中,点击primer,输入你的要求(引物的碱基数,上游还是下游引物,想大概在序列的哪部分设计引物,)然后软件会自动生成一个表格,内有可选择的多个引物,你可以跟据自己的实际情况,进行上下游引物的选择。挑选后两个引物后,在界面中有一个表格,显示引物的位置,长度,退火温度,片段长度,GC含量等一些参数,把你要的引物拿到公司合成,就可以得到引物的粉末,溶解到合适的浓度,就可以开始PCR了。

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引物应和CDNA结合,输入mRNA序列后得到的引物的模板就不是CDNA了。
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