生物质谱

各位高手，我第一次应用液质联用仪探究人血清白蛋白与药物作用的分子量解析，打出质谱后用MassLynx分析软件求出了分子质量，可是和HSA对比最高峰的分子量没有增加到我们药物的分子量，可以从那相对丰度的小峰里找吗？我从小峰里找到了药物加上蛋白的分子量，可以说明问题吗？到底怎么解析药物与HSA作用后的质谱图呢？下边有图，还有我参考的一些文献。请各位高手帮忙回一下，就这点家当都拿来了。

质谱上即使测出蛋白质与药物分子量的累加又能说明什么？能说明药物对蛋白质起到了活性作用吗？能起活性作用的药物首先要对蛋白质结构的活性中心起到选择性激活或锁死作用。具体就是蛋白质活性部分的空间结构由此发生选择性变化，从而引起其他体内连锁活性反应。怎么变化呢？可能性有许多种，比如总体上由大分子几聚体变化成单体或另外几聚体，或者局部结构由一种特定构象转化成另一种构象，比如某间断的阿尔法螺旋体转变成β-折叠等等构象。这些很难用质谱的分子量的量化来说明的。一般要从某一活性构象的质谱图分布变化的结构Profile做为标记来识别。但能使蛋白质质谱图分布发生变化的未必就是活性药物，比如某些金属离子也能与蛋白质的表面氨基酸形成盐桥而使分子构象发生变化，但未必是活性构象变化。所以单靠质谱的分子量测定是不够的。还要结合2,3维NMR辅助计算机结构计算判断立体结构的改变，更主要的通过建立In vitro，In vivo的一系列体外细胞和动物实验来建立质谱标记图谱。有了这个平台的建立，才能进行活性药物的筛选。

如果只是简单的从结合角度考虑的话，分子量的累加是否能说明蛋白质和药物小分子是以某种作用力键合结合在一起了呢？我们只是想从一个简单的角度，去探讨药物小分子与蛋白质的结合，还没深入到蛋白质活性中心及构象的角度。

我们是这么想的，我用液质联用，药物和蛋白作用后，通过液相色谱分离，在进行质谱分析，若药物和蛋白是非共价结合或者键合会一起流出，在利用质谱检测信号。我只想初步判断药物和蛋白的相互作用模式。活性我们在检测。

加入药物后，HSA与药物的复合物的EIC出现不同程度的增加，说明有结合。。但是具体情况就不知道了。。你的图太小了，完全看不清楚额。。

既然是用计算机算出的分子量，估计你是用的LC-ESI-MS做的，然后计算机进行deconvolution计算结果。从Control-HSA的位置看，你的药物没有与绝大部分HSA起到Binding作用。如果在很明显的一小群峰的最高峰找到了药物与HSA的加和分子量，而HSA的control 谱上又没有这个小加和峰，说明有可能很少量的药物与HSA起到Binding作用。当然需要重复试验反复能看到这个加入前没有，与加入药物后出现的小峰。

利用荧光光谱法研究药物与血清白蛋白相互作用的模型，检测方法和数据分析都很成熟了，不知道楼主为什么还在用质谱法这个结论相对模糊而且计算繁琐的手段

重组蛋白表达，表达之后也有目的条带，但是就是分子量比理论值要偏大。我的质粒是经过测序的，没有碱基的缺失和突变。另外，我做的是SDS-PAGE.偏大5-50都不等，各位大师帮帮忙，解决下...  着急啊！！！

SDS-PAGE确定的分子量不是很准确的，有些蛋白的疏水性强，等电点高，在胶上跑得慢也不足为奇。只要确定表达的蛋白正确就可以了。

有些偏大很常见的，可以通过表达测试时设置阴性对照来初步确认。
进一步确认可以通过活性检测。