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标题:【求助】PCR条带很暗,且杂带很多!怎么办?

伊莎贝拉[使用道具]
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【求助】PCR条带很暗,且杂带很多!怎么办?

我已经做了三个多月的PCR了,但条带一直都不好,目的条带很暗,而杂带却很多而且比较亮,什么原因呢?我调整了好几次条件都是这样的,杂带总是去不掉,而且目的条带很暗很暗,我都快急死了!
我用的体系是25 ul,各成分为:模板(浓度为60ng/ul)1ul,Mg2+1.5ul(终浓度是1.5mmol/l),buffer2.5ul,dNTPs0.5ul(终浓度为0.2mmol/l),引物各2.5ul(终浓度为0.5pmol/ul),Taq酶0.2ul(终浓度为1U),补充ddH2O至25ul。
PCR程序为:95度,5min;94度30s,58度(退火温度)30s,72度30s,35个循环;72度延伸7min;4度保持。
应该是条件还没摸好,但我的确不知该从哪里下手,还请各位不吝赐教,感激不尽!
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yyaxw84[使用道具]
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我和你的情况差不多,不过作统一战线得战友,我建议你1、设温度梯度2、增加Mg2+的浓度,设定浓度梯度,3、可能的话更换引物4、用别人作出来得的反应体系和你的引物试试5、引物设个梯度6、更换PCR仪
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yyaxw84[使用道具]
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还有加样要快,在冰上,祝你成功!
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mybioon[使用道具]
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目的条带很暗,而杂带却很多而且比较亮
1.依你所说,估计杂带都是比目的条带小,PCR倾向扩增小的片段,所以杂带比较亮.那莫你的问题应该出在引物设计上了,你所设计的引物在目的片段内产生了非特异配对,最好是重新设计一下.
2.优化一下也可以.可以试试退火温度60左右,再高一点也可以.模板,引物可以提高一些.Mg2可以试试1.0mmol/l
3.另外,要看你的实验目的,你目的是要克隆的话,其实没必要刻意去优化,有带就可以了,割胶回收就ok了.
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ending[使用道具]
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呵呵,你这个问题我以前遇到过,把一些经验贴上,可能不一定适合你,仅仅供参考
0.优先使用温度梯度,不过我觉得你已经做了3个月了,这个方法也一定适过了,呵呵,所以标为 0
1.如果杂带多,一个非常好的方法是TOUCHDOWN PCR,这种方法非常适合杂带多的PCR,主要步骤(比如你的退火温度为 56度)为你退火的温度设置为68度,每度降低0.5度,16个循环后到60度,再用56度扩增20个循环;
2.增加添加剂可能有所帮助,我们很多成功PCR都是这样加添加溶剂做出来的.你可以做平行样,分别添加1)8%DMSO 2)4%甲酰胺 3)5%甘油,其中加前2者效果尤其明显,最后选择最适合的方法.
3.把方法1和2结合起来.
4.引物设计,是不是能换一个更好的引物?你可以把你的引物和序列发上来给你分析一下
5.bty,你的体系没有什么问题的
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tewank[使用道具]
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你扩增的什么东东哦?30s?如果你的引物没问题,那你的问题就是一个提高特意性。提高复性温度,减少模板,引物,酶量都可以。
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伊莎贝拉[使用道具]
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杂带比目的条带大,我的目的条带是284bp,而杂带基本在1000 bp以上,而且都是两条,还很清楚!我优化了几次条件,但杂带还是在,还是两条,还挺漂亮的呢,好顽固哦!
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wanglaoshi[使用道具]
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引物设计有没有进行特性性比较?
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伊莎贝拉[使用道具]
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引物怎么进行特异性比较呢?我都不知道怎么比较?
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baidukk[使用道具]
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不要花费时间了,赶快更换特异性强的引物。祝你顺利!
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