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标题:【求助】因为想做LncRNA,所以需要克隆cDNA全长,...

ending[使用道具]
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【求助】因为想做LncRNA,所以需要克隆cDNA全长,...


我的做法就是提取细胞株的RNA,用takara一步逆转录试剂盒逆转录。然后用自己设计的引物PCR,PCR产物条带杂带很多,原因可能是因为LNCRNA存在polyA尾,有连续5个A,而我又需要克隆全长,引物基本没有什么选择的余地,导致引物比较差。但是最亮的条带大小是对的。然后接下来的步骤就是常规的割胶,酶切,连接。转化。。。可是测序结果送回来之后blast一下完全不对。
原因目前我分析可能是由于takara这种普通的一步逆转录试剂盒很难逆转录cDNA全长。特别是容易在5’段或者3‘段出现丢失或者错误。所以我克隆编码蛋白的基因的CDS基本不会失败,但是要克隆这种cDNA全长可能就存在难度。
解决办法目前我准备采用takara的3’RACE试剂盒进行尝试。据说可以逆转录出cDNA全长。
请问各位高手有没有什么经验或者意见?或者用过3‘RACE,效果如何?
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jiushikeshui371[使用道具]
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你进展咋样了?我是lncRNA新手,碰到和你一样的问题了
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那你 可以选择不要polyA尾巴啊 你是做表达载体不要尾巴也行的(个人意见)
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我也是,做了梯度都没有扩增出来。郁闷。看文献说是用RACE5或3能够得到全长。
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有没有找lncRNA全长的方法呀!我只知道lncRNA中的一个转录本,全长怎么搜?并且转录本还没有NCBI中的accession。怎么办?难呀!
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我的做法就是提取细胞株的RNA,用takara一步逆转录试剂盒逆转录。然后用自己设计的引物PCR,PCR产物条带杂带很多,原因可能是因为LNCRNA存在polyA尾,有连续5个A,而我又需要克隆全长,引物基本没有什么选择的余地,导致引物比较差。但是最亮的条带大小是对的。然后接下来的步骤就是常规的割胶,酶切,连接。转化。。。可是测序结果送回来之后blast一下完全不对。
原因目前我分析可能是由于takara这种普通的一步逆转录试剂盒很难逆转录cDNA全长。特别是容易在5’段或者3‘段出现丢失或者错误。所以我克隆编码蛋白的基因的CDS基本不会失败,但是要克隆这种cDNA全长可能就存在难度。
解决办法目前我准备采用takara的3’RACE试剂盒进行尝试。据说可以逆转录出cDNA全长。
请问各位高手有没有什么经验或者意见?或者用过3‘RACE,效果如何?
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好像clontech的race试剂盒比较厉害~
目前也在做LncRNA 的研究,看来你显然比我厉害多了已经做到RACE了,真是羡慕哇~
不过我也有点不明白的地方,做了RACE之后得到了cDNA的全长,你接下去计划怎么研究呢?如何得到DNA全长呢?或者做RACE的最终目的是什么?
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西子[使用道具]
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我的做法就是提取细胞株的RNA,用takara一步逆转录试剂盒逆转录。然后用自己设计的引物PCR,PCR产物条带杂带很多,原因可能是因为LNCRNA存在polyA尾,有连续5个A,而我又需要克隆全长,引物基本没有什么选择的余地,导致引物比较差。但是最亮的条带大小是对的。然后接下来的步骤就是常规的割胶,酶切,连接。转化。。。可是测序结果送回来之后blast一下完全不对。
原因目前我分析可能是由于takara这种普通的一步逆转录试剂盒很难逆转录cDNA全长。特别是容易在5’段或者3‘段出现丢失或者错误。所以我克隆编码蛋白的基因的CDS基本不会失败,但是要克隆这种cDNA全长可能就存在难度。
解决办法目前我准备采用takara的3’RACE试剂盒进行尝试。据说可以逆转录出cDNA全长。
请问各位高手有没有什么经验或者意见?或者用过3‘RACE,效果如何?
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不知道您的问题解决了么?能分享一下做qPCR的流程和注意事项么?我让takara给设计引物,他们说之前没有人做过!谢谢!
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ending[使用道具]
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QUOTE:
原帖由 西子 于 2016-2-9 21:38 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
我的做法就是提取细胞株的RNA,用takara一步逆转录试剂盒逆转录。然后用自己设计的引物PCR,PCR产物条带杂带很多,原因可能是因为LNCRNA存在polyA尾,有连续5个A,而我又需要克隆全长,引物基本没有什么选择的余地,导致引物比较差 ...

qPCR引物自己设计就好,最好跨外显子,TM60左右,一般都问题不大
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standbyme[使用道具]
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定量的引物设计应该是要跨内含子,除非没有内含子。我的问题是克隆lncRNA时,引物只能从两端设计,选择余地没有,所以引物比较难设计。有没有哪位大师有合适的方法?
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zhenxin[使用道具]
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你好,想问一下我想通过realtimePCR验证lncRNA的差异,应该怎样做
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