小中大我的做法就是提取细胞株的RNA,用takara一步逆转录试剂盒逆转录。然后用自己设计的引物PCR,PCR产物条带杂带很多,原因可能是因为LNCRNA存在polyA尾,有连续5个A,而我又需要克隆全长,引物基本没有什么选择的余地,导致引物比较差。但是最亮的条带大小是对的。然后接下来的步骤就是常规的割胶,酶切,连接。转化。。。可是测序结果送回来之后blast一下完全不对。
原因目前我分析可能是由于takara这种普通的一步逆转录试剂盒很难逆转录cDNA全长。特别是容易在5’段或者3‘段出现丢失或者错误。所以我克隆编码蛋白的基因的CDS基本不会失败,但是要克隆这种cDNA全长可能就存在难度。
解决办法目前我准备采用takara的3’RACE试剂盒进行尝试。据说可以逆转录出cDNA全长。
请问各位高手有没有什么经验或者意见?或者用过3‘RACE,效果如何?
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好像clontech的race试剂盒比较厉害~
目前也在做LncRNA 的研究,看来你显然比我厉害多了已经做到RACE了,真是羡慕哇~
不过我也有点不明白的地方,做了RACE之后得到了cDNA的全长,你接下去计划怎么研究呢?如何得到DNA全长呢?或者做RACE的最终目的是什么?