【求助】MSP的阳性对照问题

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标题:【求助】MSP的阳性对照问题

铜雀[使用道具]
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发表于 2016-2-10 16:44 资料个人空间短消息加为好友

小中大

之前都是用细胞的DNA来做BSP的，最近要做MSP，样本是人外周血DNA，阳性对照的问题，有的protocol是要先将人外周血白细胞genomic DNA酶切后用M.SSS1 酶处理得到阳性对照，有的没有酶切直接用M.sss1处理，然后NaHSO3修饰的，我的问题是：
1.到底酶切这步是不是必要的呢？？
2.阳性对照的DNA一定得是白细胞的genomic DNA么？我得理解是只要这段DNA得CpG位点被甲基化后，甲基化得引物能结合扩增就可以了，不知我得理解对不？
之前做BSP，没有酶切，直接用genomic DNA做的，一样是成功的，MSP是不要要求更高，请做过的大侠指点迷津啊，谢谢了^_^

qqshepherd[使用道具]
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发表于 2016-2-10 16:44 资料个人空间短消息加为好友

小中大

BSP，MSP是什么啊？

milkdog[使用道具]
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发表于 2016-2-10 16:44 资料个人空间短消息加为好友

小中大

酶切应该不是必要的。
脐带血dna好像也可以的。
msp的引物中含有是可能的甲基化的CG岛，如果引物序列对应的dna序列中的CG出现部分甲基化的话，引物是不能结合的，我是这样理解的。
想请问一下，我的msp做完了，正在做bsp，你bsp的上下游引物的TM值相差大吗？

铜雀[使用道具]
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发表于 2016-2-10 16:45 资料个人空间短消息加为好友

小中大

我也考虑到了用血中的DNA会有半甲基化的情况，但是阳性对照用M.sss1处理后，应该是CpG位点都是甲基化了啊，而且我认为阳性对照用来自单克隆的细胞系的genomic DNA比较好吧，单个位点的甲基化情况是确定的，不知这样理解对不对？
BSP的上下游引物的差别用methprimer计算不大，相差大概两度吧，可公司合成的出来的报告的Tm差别很大有5度以上了，最后证明最适退火温度在Methprimer给的Tm值附近。当然你的如果相差太大的话，估计不好括，理论上在最适退火温度时，两个引物应都能和模板结合，差别太大了，可能有影响，不过你可以试试

101010[使用道具]
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发表于 2016-2-10 16:45 资料个人空间短消息加为好友

小中大

细胞系化很麻烦，单克隆的gDNA也不容易获得。
msp的阳性对照好像是有试剂盒出售的。
另外，要谢谢你给我的建议

铜雀[使用道具]
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发表于 2016-2-10 16:45 资料个人空间短消息加为好友

小中大

不客气
细胞株就是来自单克隆得啊，每个细胞得genomic DNA是一样得基因信息

小游abc[使用道具]
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