生物质谱

我所做蛋白，说明书上说分子量为70KD。发表的文章上作出的分子量也不是很一致，有的在80KD，有的90KD，还有100KD，样本都是大鼠的。师姐用细胞样品做现出来的条带在70-100KD间属于正常范围内，我做是大鼠样本，每次WB显影出的条带分子量都稍微小于70KD，与实际分子量有点不符，我跟师姐所用抗体浓度一样，不知道所显出来的条带是不是我的目的条带呢？

有钱的话，可以送去测氨基酸序列，不过费用特别高，不是一般实验室能接受的。

是不是蛋白发生变性造成的？

是不是蛋白发生变性造成的？

用肽谱分析也可以，如果两者蛋白质的主链相同，但是一者侧链存在修饰，可以用肽谱分析方法大致知道修饰位点在一级结构的哪段，这样可以有针对性对该段序列进行精确测定，可以用质谱分析，也可以用化学分析方法。具体实验的Protocols，包括:Peptide mapping,请见：T.E.Creighton edit, Protein structure-----A Practical Approach,Oxford University Press,1997.

用肽谱分析也可以，如果两者蛋白质的主链相同，但是一者侧链存在修饰，可以用肽谱分析方法大致知道修饰位点在一级结构的哪段，这样可以有针对性对该段序列进行精确测定，可以用质谱分析，也可以用化学分析方法。具体实验的Protocols，包括Peptide mapping,请见：T.E.Creighton edit, Protein structure-----A Practical Approach,Oxford University Press,1997.

这个可能和胶的浓度有关啊

这个会跟分离胶啊浓缩胶的浓度有关系么？我也在怀疑这个，可是又没有依据

不可能与胶浓度有关系就能够达到80-100KD的分子量差异，一个氨基酸残基才110D，差20KD的分子量的蛋白质的一级结构肯定不同，一般不可能有如此大分子量的侧链修饰。除非是糖蛋白，有可能糖分子的含量能够到达30%，而在不同的提取过程中，很可能糖链的保留情况很不相同，或者在细胞中糖链就呈现极大的多样性，因此无法认定那种糖蛋白质是标准蛋白质，如果不是糖蛋白，那么即使SDS-PAGE测定的蛋白质的分子量达到80-100KD的分子量差异，这是SDS-PAGE测定该蛋白质的线型分子量规律已经被打破，也就是不能用电泳在测定分子量了，那么也就必须用质谱重新测定分子量，质谱测定同种蛋白质不可能出现如此的差异。

WB出的结果比理论值小的情况很常见啊
送样做个MALDI—TOF吧~