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标题:[求助]RNA电泳:最前面的带是5S还是降解带?

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[求助]RNA电泳:最前面的带是5S还是降解带?

[求助]RNA电泳:最前面的带是5S还是降解带?


请问各位大侠,我在跑电泳观察RNA完整性的时候,跑出了5s,18s,28s,其中5s条带最暗,但是28s比18s稍亮并为达到2倍程度,请问原因是什么?多谢

===============================================================================================================

我认为所谓5s带,实际上是降解带。我电泳的体会是,RNA降解越厉害,这条带越强。似乎所有降解后的小分子RNA,都集中到了这个位置。

不知道我说的对不对,希望大家探讨。
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请问各位大侠,我在跑电泳观察RNA完整性的时候,跑出了5s,18s,28s,其中5s条带最暗,但是28s比18s稍亮并为达到2倍程度,请问原因是什么?多谢

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我认为所谓5s带,实际上是降解带。我电泳的体会是,RNA降解越厉害,这条带越强。似乎所有降解后的小分子RNA,都集中到了这个位置。

不知道我说的对不对,希望大家探讨。

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好意思,我是新手,在鉴定RNA提取情况时,如何知道是多少S,今天我也将RNA电泳了一下,但是,不清楚,是多少S???请赐教!!!
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S是大分子在超速离心中的沉降系数,不仅仅与大分子的分子量有关,还跟大分子的形状有关。RNA具体有多少S,除了超速离心外,我不清楚有其他什么确定方法。其实我们在鉴定RNA质量的时候,不需要知道RNA是多少S。因为只要提取人或哺乳动物的RNA,电泳一般可以看到两条很亮的电泳带,在溴酚蓝的后面。前面的是18S,后面的是28S。如果是细菌RNA电泳,有类似的两条带,前面的是16S,后面的是23S。前后带的亮度比均为1:2,而且溴酚蓝附近的小分子带(也就是所谓5S带)很弱,说明提取的RNA质量很好。如果溴酚蓝附近是一大团,后面两条带相对较弱,或比例失调,说明RNA降解严重。
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S是大分子在超速离心中的沉降系数,不仅仅与大分子的分子量有关,还跟大分子的形状有关。RNA具体有多少S,除了超速离心外,我不清楚有其他什么确定方法。其实我们在鉴定RNA质量的时候,不需要知道RNA是多少S。因为只要提取人或哺乳动物的RNA,电泳一般可以看到两条很亮的电泳带,在溴酚蓝的后面。前面的是18S,后面的是28S。如果是细菌RNA电泳,有类似的两条带,前面的是16S,后面的是23S。前后带的亮度比均为1:2,而且溴酚蓝附近的小分子带(也就是所谓5S带)很弱,说明提取的RNA质量很好。如果溴酚蓝附近是一大团,后面两条带相对较弱,或比例失调,说明RNA降解严重。

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多谢,我现在明白了,我提取的RNA是病毒,我得到的两条带一条很亮,一条近在其前方很细的一条带,28s和18s的两条带是不是很靠近。谢谢赐教
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韩梅梅[使用道具]
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5s带,并不是降解带。众所周知真核生物rRNA由5s,5.8s,18s,28srRNA组成。总RNA抽的好,则电泳时28s/18s达到2倍,且前方可见清晰的5s电泳条带;总RNA抽的不是很好,电泳时5s处表现为弥散状,但是如果此时28s比18s稍亮并为达到2倍,则做RT没问题!
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冷眼相对[使用道具]
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28S、18S和5S是由一个转录本剪接的,在细胞内分子数相等。分子的nt数之比等于电泳时亮度之比。

28S≈3500nt
18S=1869nt
5S≈120nt

28S:18S≈2:1
18S:5S≈15:1

所以我认为,在点样量不足够大时,5S是看不清楚的。

我不知道为什么,不管RNA降解到什么程度,总是在5S附近形成一条约半厘米宽的条带,而不是whr75所说的弥散状。

在一般琼脂糖凝胶电泳时,RNA多少有些降解,5S往往掩盖在降解带中。所以我认为我们认为的"5S带",大多情况下是降解带。
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多谢,我现在明白了,我提取的RNA是病毒,我得到的两条带一条很亮,一条近在其前方很细的一条带,28s和18s的两条带是不是很靠近。谢谢赐教!!

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28s和18s的两条带是不是很靠近?
回答:没错
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阿拉蕾[使用道具]
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典型的例子,下面网页的第二幅图:
cuturl('http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=67&id=1452319&sty=1&tpg=1&age=0')
(即bbcodeurl('http://www.dxy.cn/bbs/upload/2004/08/03/40132947.jpg', '%s'))

五个点样孔的最前面一条带位置都差不多。如果左边第一个泳道的最前面一条带是5S还说得过去的话,中间泳道的最前面一条带说什么也不能算5S,只能算降解带。
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sunshine039[使用道具]
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我跑的胶28s和18s两条带都很亮,但18s好像比28s还要亮!是降解了吗?5s看不清,一片较淡影!请各位老师给予指教,本人才提取两次!
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白鸟之翼[使用道具]
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一片较淡影?
不明白。

是什么RNA?18S比28S还亮?如果是人的总RNA,肯定不正常。最好把照片发过来看一看。
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