小中大变绿色我也是有碰到过的，主要还是发酵添加的微量元素盐PTM1/4里的亚铁离子，而且你也说了静置后会变为深黄色，这都属于正常情况；毕赤酵母进入诱导阶段，染菌的可能性是比较小的，可以大胆做，当然在有怀疑的时候还应该做做镜检（但这个主要是在BMGY阶段做）。
我有次做500L罐时，甲醇加多了直接加自来水照样发酵做，过滤除菌都没有，直接桶接了从入料口倒进去，也不会染菌。
做实验不要怕，了不起就是重复，听你的描述应该还在摇瓶阶段，大胆做。另外甲醇诱导阶段应该没有加抗生素的必要了。
至于你说的出现绿色时间不同，这个我猜测性的说下，每个摇瓶毕竟不同，且毕赤酵母发酵时产酸的，那菌的生长状态和时期不同，发酵液的pH值也都是不同的，那么呈现颜色时间有差别也比较正常。
